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- EMDB-18499: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18499
タイトルStructure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba - Map A
マップデータMap A, sharpened.
試料
  • 複合体: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
キーワードTranscription / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase
生物種Sinapis alba (シロガラシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者do Prado PFV / Ahrens FM / Pfannschmidt T / Hillen HS
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)PF323-7 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase.
著者: Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen /
要旨: Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression.
履歴
登録2023年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18499.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map A, sharpened.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å		1.05 Å/pix.
x 440 pix.
= 462. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.216
最小 - 最大-0.6956059 - 1.4140964
平均 (標準偏差)0.00044020175 (±0.03412467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18499_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map A, unsharpened.

ファイルemd_18499_additional_1.map
注釈Map A, unsharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map A, half map A.

ファイルemd_18499_half_map_1.map
注釈Map A, half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map A, half map B.

ファイルemd_18499_half_map_2.map
注釈Map A, half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)

全体名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
要素
  • 複合体: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)

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超分子 #1: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)

超分子名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
0.1 mMEDTA
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
0.1 mMSodium fluorideNaF
0.1 mMPMSF
1.0 mM2-mercapto ethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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