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- EMDB-18496: Structure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18496
タイトルStructure of the plastid-encoded RNA polymerase complex (PEP) from Sinapis alba
マップデータComposite Map (Map G).
試料
  • 複合体: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 3種
キーワードTranscription / Chloroplasts / Gene Expression / RNA / Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime ...DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
類似検索 - 構成要素
生物種Sinapis alba (シロガラシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者do Prado PFV / Ahrens FM / Pfannschmidt T / Hillen HS
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1190 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)PF323-7 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of the multi-subunit chloroplast RNA polymerase.
著者: Paula F V do Prado / Frederik M Ahrens / Monique Liebers / Noah Ditz / Hans-Peter Braun / Thomas Pfannschmidt / Hauke S Hillen /
要旨: Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase ...Chloroplasts contain a dedicated genome that encodes subunits of the photosynthesis machinery. Transcription of photosynthesis genes is predominantly carried out by a plastid-encoded RNA polymerase (PEP), a nearly 1 MDa complex composed of core subunits with homology to eubacterial RNA polymerases (RNAPs) and at least 12 additional chloroplast-specific PEP-associated proteins (PAPs). However, the architecture of this complex and the functions of the PAPs remain unknown. Here, we report the cryo-EM structure of a 19-subunit PEP complex from Sinapis alba (white mustard). The structure reveals that the PEP core resembles prokaryotic and nuclear RNAPs but contains chloroplast-specific features that mediate interactions with the PAPs. The PAPs are unrelated to known transcription factors and arrange around the core in a unique fashion. Their structures suggest potential functions during transcription in the chemical environment of chloroplasts. These results reveal structural insights into chloroplast transcription and provide a framework for understanding photosynthesis gene expression.
履歴
登録2023年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18496.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite Map (Map G).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.05553045 - 2.7619514
平均 (標準偏差)0.025998646 (±0.051533367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)

全体名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
要素
  • 複合体: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)
    • タンパク質・ペプチド: PAP4
    • タンパク質・ペプチド: PAP5
    • タンパク質・ペプチド: PAP8
    • タンパク質・ペプチド: PAP9
    • タンパク質・ペプチド: PAP10
    • タンパク質・ペプチド: PAP11
    • タンパク質・ペプチド: PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)
    • タンパク質・ペプチド: PTAC18
    • タンパク質・ペプチド: PAP6
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: PAP1
    • タンパク質・ペプチド: PAP3
    • タンパク質・ペプチド: FLN2
    • タンパク質・ペプチド: PAP7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE

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超分子 #1: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP)

超分子名称: Plastid-encoded DNA-dependent RNA polymerase (PEP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 1 MDa

+
分子 #1: PAP4

分子名称: PAP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 30.404408 KDa
配列文字列: MASCVVTTSS FCTLSDSNIR LKSSKLVHLS NQQRRRFPLG SRGGLKVEAY YGLKTPPYPL DALEPYMSRR TLEVHWGKHH RGYVDNLNK QLGKDDKLYG YTMEELIKAT YNNGNPLPEF NNAAQVYNHD FFWESMQPGG GDMPQKGVLE QIEKDFGSFT N FREKFTNA ...文字列:
MASCVVTTSS FCTLSDSNIR LKSSKLVHLS NQQRRRFPLG SRGGLKVEAY YGLKTPPYPL DALEPYMSRR TLEVHWGKHH RGYVDNLNK QLGKDDKLYG YTMEELIKAT YNNGNPLPEF NNAAQVYNHD FFWESMQPGG GDMPQKGVLE QIEKDFGSFT N FREKFTNA ALTQFGSGWV WLVLKREERR LEVVKTSNAI NPLVWDDIPI ISLDVWEHSY YLDYKNERGK YINTFLNHLV SW NAAMSRM ARAEAFVNLG EPNIPIA

+
分子 #2: PAP5

分子名称: PAP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 60.884246 KDa
配列文字列: MASISTTSWL YRDKLCTESG KLGTCILQRP VKCGFPVKRL YVGITSKDVL MRDCIKCKKD DDDDDASEGS SKKDGQGYEY VSVERAPYY SYMDSTSGKM EPASGARASI PGEDYWPEGT SSRVRAARAP QPAGESSSFP SYGKNPGSRR KKNRKATEGN A AVETYDEV ...文字列:
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+
分子 #3: PAP8

分子名称: PAP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 38.039504 KDa
配列文字列: MASSAASPSL SLLSLTPKPP PSPSTASATS HRLFPSFRTN GCFAPLTLKP RRGRSIIVKV DDGDADGGGQ DEYDMDDEEV EEVDNKKDY DVEYDPLAAA MAAASGGGGD GDIAFVQSKS FISTQGWDSE MVVDYRINED EFHKISLLDC DFFIRKPPDP D NDVYDFRE ...文字列:
MASSAASPSL SLLSLTPKPP PSPSTASATS HRLFPSFRTN GCFAPLTLKP RRGRSIIVKV DDGDADGGGQ DEYDMDDEEV EEVDNKKDY DVEYDPLAAA MAAASGGGGD GDIAFVQSKS FISTQGWDSE MVVDYRINED EFHKISLLDC DFFIRKPPDP D NDVYDFRE MYVTPPDTDI YSVPRVLAPM PQKYIRCAMS DYGCYDVTEP PIDAPRDPLY KSEREISKVF LTKHYRNRRL ND PEFVLDF EEIYVIDSKT KSITRARVLV TVPGGRKRDR KDDLLVIRDN GNSFKIIHVG ERDDPTTVIE REEWTKTRED MEK HLRKLR DFSVSNWF

+
分子 #4: PAP9

分子名称: PAP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 34.008883 KDa
配列文字列: MMTSTCSFLS SCSLLPSQEP NQRMQWKRHE KRQFSRKVAV SGVIRAGFEL KPPPYPLDAL EPHMSRETLD YHWGKHHKTY VENLNKQIV GTDLDGLSLE EVVLLSYNRG NMLPAFNNAA QAWNHEFFWE SIQPGGGGKP SGDLLRLIER DFGSFSDFVE R FKAAAASN ...文字列:
MMTSTCSFLS SCSLLPSQEP NQRMQWKRHE KRQFSRKVAV SGVIRAGFEL KPPPYPLDAL EPHMSRETLD YHWGKHHKTY VENLNKQIV GTDLDGLSLE EVVLLSYNRG NMLPAFNNAA QAWNHEFFWE SIQPGGGGKP SGDLLRLIER DFGSFSDFVE R FKAAAASN FGSGWTWLAY KANRLDVANA VNPLPKEEDK KLVIVKTPNA VNPLVWDYSP LLTIDTWEHA YYLDFENRRI EY INTFMEK LVSWETVSTR LESAMARAAQ REQEGSDTEA EENPDDEEPE VYLDDASEVD

+
分子 #5: PAP10

分子名称: PAP10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 20.851234 KDa
配列文字列:
MALVQSIALL PHLNVPLSPI LSTLHAPSSL FLRKENRPVT SPFLSSTSGN SHFSPLTHPR KLLCTPPRGK FVREDYLVRK LTAEELQEL VKGERKVPLI VDFYATWCGP CILMAQELEM LAVEYESNAM IVKVDTDDEY EFARDMQVRG LPTLFFISPD P SKDAIRTE GLIPLQMMRD IIDNDM

+
分子 #6: PAP11

分子名称: PAP11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 85.061648 KDa
配列文字列: MAFTFFSPHP VFLPLGRTTS SFSYKPVYSP FPRNSRNLQL AAGPARRNSY PNPADDDPPE APEDSMHGVS KFQQIQRQAA RARKLEEED FEKNRNTYLS AIADVEDAPE TGRDDVESGG DLFSDIDRAI SMKRSEFVKK GLLQPNPPKT TSSKKLDEEE D DVTDVVDE ...文字列:
MAFTFFSPHP VFLPLGRTTS SFSYKPVYSP FPRNSRNLQL AAGPARRNSY PNPADDDPPE APEDSMHGVS KFQQIQRQAA RARKLEEED FEKNRNTYLS AIADVEDAPE TGRDDVESGG DLFSDIDRAI SMKRSEFVKK GLLQPNPPKT TSSKKLDEEE D DVTDVVDE LDEEEVVDLD EIDKLTGLTE VSDEEDWVDE EGNPRINKKK ETGSDHHFEF DLDDFGGSKA RIVEPKFRLS LA ELLDESK VVPISVYGDL DVEITGIQHD SRGVSSGDLF VCCENEGDSV LSEADKRGAV AVVASKEIDI EDTLGCRALV IVE DTEAVL AALASSFYRH PSKNMAVIGV TGTNGKTTTT YLIKSLYEAM GVRTGMFSTV SCYVHGDNKM DSPTTTSPDA VLVQ SMMAK MLHNGTEALV MEASPQELAS GKCDEVDFDI AVFTNLTRED SDFRGTDEEY RDAEAKLFAR MVDPERHRKV VNIDD PNAA FFVQQGNPDV PVVTFAMENT KADVHPLKFE LSLFETQVLV NTPQGILEIS SGLLGRHNIC NILAAVAVGI AVGAPL EDI VRGVEEVDAV PGRCELIDEE QAFGVIVDHA NTPDGLSRLL DSVRELKPRR IITVIGCAGE NERGKRPVMT KIATEKS DV TMLTSDNPGN EDPLDILDDM LSGIGWTMQE YLKHGEHDYY PPLSNGHRLF LHDVRRVAVR CAVAMGEEGD MVVVAGKG H ESYQLEGDKK EFYDDREECR EALQYVDELH QAGIDTSEFP WRLPESH

+
分子 #7: PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega)

分子名称: PAP12 (DNA-directed RNA polymerase subunit omega) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 18.835195 KDa
配列文字列:
MFCSSFTSSI SRIGDARSGN SRASSFTFQT QVSCGIQRDD NGRRIWRRRT LTKKDDMLRY KLQRVPFVEE QVRKIKEVGK VMTMDIERL LLSEDNRFEF VNSVAAEATE YVEKNRDEYG GTKKAIFHVL SNRVNDLGFD RPEAYAESDP YKPGPGYLKE Y YT

+
分子 #8: PTAC18

分子名称: PTAC18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 16.430916 KDa
配列文字列:
MASLIMTTPF SGSLTQCKKK TNNLSVNRAF FKVTCSMQTP LEELYNVKVE RKVSQRRLDE LGVSRWSVWK TGKCKLPWDW QVDQLVYIE EGEVRVVPEG SKRFMQFLAG DLVRYPKWLE ADLFFNAPYS ERYCFKAYAD D

+
分子 #9: PAP6

分子名称: PAP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 52.435281 KDa
配列文字列: MASLHLFPHL HHFDSIIHRR EIAAHSRRQF LSPKASINGG VVTNGASAAE TAKPSRKGRN KKKQTEETNP DSDPALVDYD DGIDFPYDD PPLVCCFGAV QKEFVPVVRV HDNPMHPDIY SQWKMLQWDP PEFGRAPGGP PSNVAISHVR LGGRAAFMGK V GGDDYGEE ...文字列:
MASLHLFPHL HHFDSIIHRR EIAAHSRRQF LSPKASINGG VVTNGASAAE TAKPSRKGRN KKKQTEETNP DSDPALVDYD DGIDFPYDD PPLVCCFGAV QKEFVPVVRV HDNPMHPDIY SQWKMLQWDP PEFGRAPGGP PSNVAISHVR LGGRAAFMGK V GGDDYGEE LVLMMNKERV QTRGVKFDEG ASTACTRVKI KFEDGKMKAE TVKEPPEDSL LASELNLAVL KEARIFHFNS EV LTSPTME STLFKAIQWS KKFGGLIFFD LNLPLPLWRS RNETRKLIKK SWDEANIIEV SQQELEFLLD EEYYERRRNY TPQ YFAEDF EQTKNRRDYY HYTPEEIKPL WHDDLKLLVV TDGTLRLHYY TPKFDGVVVG TEDVLITPFT CDRTGSGDAV VAGI MRKLT TCPEMFEDQD VLERQLRFAV AAGIISQWTI GAVRGFPTES ATQNLKEQVY VPSMW

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分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 121.163047 KDa
配列文字列: MLGDGKEGTS TIPGFNQIQF EGFYRFIDQG LIEELSKFPK IEDIDHEIEF QLFVETYQLV EPLIKERDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK TNRNMQEQRI FIGNIPLMNS LGTSIVNGIY RVVINQILQS PGIYYQSELD HNGISVYTGT IISDWGGRLE L EIDKKARI ...文字列:
MLGDGKEGTS TIPGFNQIQF EGFYRFIDQG LIEELSKFPK IEDIDHEIEF QLFVETYQLV EPLIKERDAV YESLTYSSEL YVSAGLIWK TNRNMQEQRI FIGNIPLMNS LGTSIVNGIY RVVINQILQS PGIYYQSELD HNGISVYTGT IISDWGGRLE L EIDKKARI WARVSRKQKI SILVLSSAMG SNLREILENV CYPEIFLSFL TDKEKKKIGS KENAILEFYQ QFSCVGGDPI FS ESLCKEL QKKFFHQRCE LGRIGRRNIN WRLNLNIPQN NIFLLPRDIL AAADHLIGMK FGMGTLDDMN HLKNKRIRSV ADL LQDQLG LALARLENVV KGTIGGAIRH KLIPTPQNLV TSTPLTTTYE SFFGLHPLSQ VLDRTNPLTQ IVHGRKLSYL GPGG LTGRT ANFRIRDIHP SHYGRICPID TSEGINVGLI GSLSIHARIG DWGSLESPFY ELVEKSKKAQ IRMLFLSPSQ DEYYM IAAG NSLALNRGIQ EEQVVPARYR QEFLTIAWEE VHLRSIFPFQ YFSIGASLIP FIEHNDANRA LMSSNMQRQA VPLSRS EKC IVGTGLERQV ALDSGVPAIA EHEGKILYTD TEKIILSGNE NTLSIPLIMY QRSNKNTCMH QKPQVRRGKC IKKGQIL AD GAATVGGELA LGKNILVAYM PWEGYNFEDA VLISECLVYG DIYTSFHIRK YEIQTHVTTQ GPERITKEIP HLEGRLLR N LDKNGIVMLG SWVETGDILV GKLTPQVAKE SSYAPEDRLL RAILGIQVST SKETCLKLPI GGRGRVIDVR WVQKKGGSS YNPEIIRVYI SQKREIKVGD KVAGRHGNKG IISKILPRQD MPYLQDGRPV DMVFNPLGVP SRMNVGQIFE CSLGLAGSLL DRHYRIAPF DERYEQEASR KLVFSELYEA SKQTANPWVF EPEYPGKSRI FDGRTGDPFE QPVIIGKPYI LKLIHQVDDK I HGRSSGHY ALVTQQPLRG RSKQGGQRVG EMEVWALEGF GVAHILQEML TYKSDHIRAR QEVLGTTIIG GTIPKPEDAP ES FRLLVRE LRSLALELNH FLVSEKNFQI NRKEV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 156.388719 KDa
配列文字列: MAERANLVFH NKVIDGTAIK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QVKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYATSE YLRQEMNPNF RMTDPFNPVH MMSFSGARGN ASQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN ...文字列:
MAERANLVFH NKVIDGTAIK RLISRLIDHF GMAYTSHILD QVKTLGFQQA TATSISLGID DLLTIPSKGW LVQDAEQQSL ILEKHHHYG NVHAVEKLRQ SIEIWYATSE YLRQEMNPNF RMTDPFNPVH MMSFSGARGN ASQVHQLVGM RGLMSDPQGQ M IDLPIQSN LREGLSLTEY IISCYGARKG VVDTAVRTSD AGYLTRRLVE VVQHIVVRRT DCGTIRGISV SPRNKSRMMS ER IFIQTLI GRVLADDIYI GSRCVAFRNQ DLGIGLVNRF ITFGTQSISI RTPFTCRSTS WICRLCYGRS PTHGDLVELG EAV GIIAGQ SIGEPGTQLT LRTFHTGGVF TGGTAEHVRA PYNGKIKFNE DLVHPTRTRH GHPAFLCYID LSVIIESEDI IHSV TIPPK SFLLVQNDQY VESEQVIAEI REGTYTFHFK ERVRKYIYSD SEGEMHWSTD VSHAPEFTYS NVHLLPKTSH LWILS GGSC GSSLILFSIH KDQDQMNIPF LSVERKSISS LSVNNDQVSQ KFFSSDFSDK KKSGIPNYSE LNGIVGTSHY NFIYSA IFH ENSDLLAKRR RNRFLIPFQS IQEQEQEKEF IPHSGISVEI PINGIFRRNS IFAFFDDPRY RRKSSGILKY GTLKADS II QKEDMIEYRG VQKFKTKYEM KVDRFFFIPE EVHILPESSA IMVENYSIIG VDTRITLNIR SQVGGLIRVE RKKKRIEL K IFSGDIHFPD KTDKISRHSG ILIPPGRGKT NSKESKNLKN WIYVQRITPT KKKFFVLVRP VATYEIADSI NLATLFPKD LFREKDNIQL RVFNYILYGN GKPTRGISDT SIQLVRTCLV LNWDQDNKNS SLEEVRAFFV EVNTKGLIRD FIRIGLVKSH ISYIRKRNN PPDSGLISAD SMNPFYSISP KAGILHQSLR QNHGTIRMFL NRNKESQSLL ILSSSNCFRI GPFNHVKYHN V INQSIKKK PLITIKNSSG PLGTAIQISN FYSFLPLLTY NQISVIKYLQ LDNFKYIFQV IHSYLIDENG RIFNLDPYSN LV LNPFKLN WYFLHQNYNN NYCEETSTII SLGQFFCENV CIAKKEPYLK SGQVLIVQRD SVVIRSAKPY LATPGAKVHG HYR EILYEG DTLVTFIYEK SRSGDITQGL PKVEQVLEVR SIDSISLNLE KRIKGWNRCI TRILGIPWGF LIGAELTIVQ SRIS LVNKI QKVYRSQGVQ IHNRHIEIIV RQITSKVLVS EEGMSNVFLP GELIGLLRAE RTGRALEEAI CYRAVLLGIT RASLN TQSF ISEASFQETA RVLAKAALRG RIDWLKGLKE NVVLGGVIPA GTGFNKGLVH CSRQHTNILL EKKTKNLSLL EGDMRD ILF YHREFCDSSI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''

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分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 37.885652 KDa
配列文字列: MVREKVKVST RTLQWKCVES RRDSKRLYYG RFILSPLMKG QADTIGIAMR RALLGEIEGT CITRAKSENI PHDYSNIVGI QESVHEILM NLNEIVLKSN LYGTRNALIC VQGPGYITAR DIILPPSVEI VDNTQHIATL TEPINLCIGL KIERNRGYSL K MSNNFEDR ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #13: PAP1

分子名称: PAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 103.467867 KDa
配列文字列: MSLFFLNPAL PSNSIHPIPR RAAGISSIRC SISAPEKKPR RRRKQQQKRE NEDSSSFGSS EAVSALERSL RLTFMDELME RARNRDPSG VSEVIYDMIA AGLSPGPRSF HGLVVAHALN GDEQGAMHSL RKELGAGQRP LPETMIALVR LSGSKGNAQR G LELLAAME ...文字列:
MSLFFLNPAL PSNSIHPIPR RAAGISSIRC SISAPEKKPR RRRKQQQKRE NEDSSSFGSS EAVSALERSL RLTFMDELME RARNRDPSG VSEVIYDMIA AGLSPGPRSF HGLVVAHALN GDEQGAMHSL RKELGAGQRP LPETMIALVR LSGSKGNAQR G LELLAAME KLNYDIRQAW LILVEELVRT NHLEEANKVF LKGARGGMRA TDQLYDLMIE EDCKAGDHSN ALDISYEMEA AG RFATTFH FNCLLSVQAT CGIPEVAYAT FENMEYGEDF MKPDTETYNW VIQAYTRADS YDRVQDVAEL LGMMVEDYKR VQP NVKTHA LLVECFTKYC VVKEAIRHFR ALKNFEGGTK VLHNAGNFED PLSLYLRALC REGRIVELID ALDAMRRDNQ PIPP RAMIM SRKYRTLVSS WIEPLQEEAE LGYEIDYLAR YVEEGGLTGE RKRWVPRRGK TPLDPDAAGF IYSNPIETSF KQRCL EDWK VHHRKLLRTL QSEGLPVLGD ASESDYMRVM ERLRNIIKGP AQNLLKPKAA SKMVVSELKE ELEAQGLPID GTRNVL YQR VQKARRINKS RGRPLWVPPI EEEEEEVDEE VDELICRIKL HEGDTEFWKR RFLGEGLIET TAETKETDES SVATGEI EN KTEVVAKEAD DDEDDEEEEQ EGDEDDDENE EEEEAVVVEP ENRAEGEDLI KNKAADAKRH LQMIGVQLLK ESDEANRT K KRGKRASRMT LEDDADEDWF PEEPFEAFKE MRERKVFDVS DMYTIADVWG WTWEKDFKNK TPRRWSQEWE VELAIVLMA KVIELGGVPT IGDCAVILRA AIRAPMPSSF LKILQTTHSL GYAFGSPLYD EIITLCLDLG ELDAAIAIVA DMETTGITVP DQTLDKVIS ARQSNEIPKS EHEEPPSSSE SS

+
分子 #14: PAP3

分子名称: PAP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 79.815469 KDa
配列文字列: MQICQATLTT FTFTNPSNPN FCKPKPLFPS FQPPRRVTLP PCRGFSSDEF PVDETFLEKF GPKDKDTEDE ARRRNWIERG WAPWEEILT PEADFARKSL NEGEEVPLQS PEAIEAFKML RPSYRKKKIK EMGITEDEWY AKQFEIRGDK PPPLDTSWAG P LVVRQIPP ...文字列:
MQICQATLTT FTFTNPSNPN FCKPKPLFPS FQPPRRVTLP PCRGFSSDEF PVDETFLEKF GPKDKDTEDE ARRRNWIERG WAPWEEILT PEADFARKSL NEGEEVPLQS PEAIEAFKML RPSYRKKKIK EMGITEDEWY AKQFEIRGDK PPPLDTSWAG P LVVRQIPP RDWPPKGWEV DRKELEFIRE AHKLMAERVW LEDLDKDLKV GEDATVDKMC LERFKVFLKQ YNEWVEANKD RL EEDSYKY DQDFYPGRRI RGKDYKEGMY ELPFYYPGMI CEGTVTTLHL YQGAFVDIGG VHEGWVPIKG NDWFWIRHFI RVG MHVIVE ITAKRDPYRF RFPLELRFVH PNIDHMIFNK FDFPPIFHRD GDTNPDEIRR DCGRPPEPRK DPGSKPEEEG LLSD HPYVD KLWQLHVAEQ MILDDYEANP EKYKGKKLSE LSDDEGFDER KEIEHGEAYY KKTKLPKVIL KTSVKELDLE AALIE RKYH NKLMMEAKAR GEGYKIEKLR RNIEMDEYDS LHWRRSLEER EALLRDISSR QALGLPLEEP GRYKPGSFFG KDQYDP TSA LYQYDYWGEP KNSEISKQER MKDAHNKSIV GKGNVWYDMS YDDAIKQTIE RRKAESNVVT QKEEETESKE EEEDDDD EY EFDDFDYSIL SDESSIGYSE QQPLVNGTQV FTD

+
分子 #15: FLN2

分子名称: FLN2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 68.527102 KDa
配列文字列: MASLSFTQFL PFPRCSVDVP CLQPHGFVKF RGERWKGKHS FLMVAGRRKL SESAPLDEDD GGNGAVGGKK PTKVPKKSGA RTAKKKVVA KDEPLEESSQ LLVDSDNVSD NESDTKEPVR RTRKKAAASS DVNEGKTEKK VRRKRTVKKD KEVEDGLVTY D EASDVEEA ...文字列:
MASLSFTQFL PFPRCSVDVP CLQPHGFVKF RGERWKGKHS FLMVAGRRKL SESAPLDEDD GGNGAVGGKK PTKVPKKSGA RTAKKKVVA KDEPLEESSQ LLVDSDNVSD NESDTKEPVR RTRKKAAASS DVNEGKTEKK VRRKRTVKKD KEVEDGLVTY D EASDVEEA LTVEATDADS EGEEIDLSKH ESEDISHTYG WPPLVCCFGS AQHAFVPSGR PANRLLDYER QERMKDAVWA PE KYIRAPG GCAGGVAIAL ASLGGKAAFM GKLGDDDFGQ AMLYYLNVCQ VQTRSVKIDS KRVTACSTMK ISKRGRLKST CVK PCAEDS LSKSEINVDV LKEAKMFYFT THSLLDKKMM STTLQAIKIS KQLGNVIFYD LNLPLPLWQS LEETKSLIQE VWDL ADVIE VTKQELEFLC GIEPTEEFDT KNNDSSKFVH YEPETVEPLW HENLKILFVT NGTSKIHYYT KEHNGAVLGM EDVPI TPFT RDMSASGDGI VAGLIRMLTV QPDLMNDKGY LERTARYAIE CGVVDQWLLA QTRGYPPKDD MEEEEDDDEE EEMESD PNG IRSITEREYR TSKPYDEPDG PYVMKPVEER EYRKLELVGS MGEDDDSS

+
分子 #16: PAP7

分子名称: PAP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 55.675461 KDa
配列文字列: MASPVSLHYL INTFISKPQG FCNGTVSSPR PRSSFVRERQ NSVKPIKVAS LETQPFPLFQ SPASEESSSS ELESADPDFY KIGYVRRVR AYGVEFKEGP DGFGIYASKD IEPRRRARVI MEIPHELMIT IRQKHPWMFF PDIVPIGHPI FDIINSTDPE R DWDLRLAC ...文字列:
MASPVSLHYL INTFISKPQG FCNGTVSSPR PRSSFVRERQ NSVKPIKVAS LETQPFPLFQ SPASEESSSS ELESADPDFY KIGYVRRVR AYGVEFKEGP DGFGIYASKD IEPRRRARVI MEIPHELMIT IRQKHPWMFF PDIVPIGHPI FDIINSTDPE R DWDLRLAC LLLFSFDRED HFWRLYGDFL PAADECSSLL LATEEDLAEL QDPQLVSTIR QQQKRVLEFW EKNWHSGVPL KI KRLAEDA ERFIWAVSIA QTRCISMKTR IGALVQDLNM MIPYADMLNH SFEPNCFLHW RPKDRILEVM SNAGQAIKKG EEM TINYMP GQKNNMLMER YGFSTPVNPW DAIPFSGDSR IHLNSFLSVF NIFGLPEEYY HDSELSGDDS FVDGAVIAAA RTLP TWSDI DLPPIPSAER KAVKELQDEC RKMLAEYPTT SEQDQKLLDS LSEARTTFAT AVKYRMHRKM FIGKIIKALD IYQER LLF

+
分子 #17: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
分子量理論値: 78.761867 KDa
配列文字列: MIDRYKHQQL RIGLVSPQQI SAWATKKIPN GEIVGEVTKP YTFHYKTNKP EKDGLFCERI FGPIKSGICA CGNYRVIGDE KEDPKFCEQ CGVEFVDSRI RRYQMGYIKL TCPVTHVWYL KRLPSYIANL LDKPLKELEG LVYCDFSFAR PITKKPTFLR L RGSFEYEI ...文字列:
MIDRYKHQQL RIGLVSPQQI SAWATKKIPN GEIVGEVTKP YTFHYKTNKP EKDGLFCERI FGPIKSGICA CGNYRVIGDE KEDPKFCEQ CGVEFVDSRI RRYQMGYIKL TCPVTHVWYL KRLPSYIANL LDKPLKELEG LVYCDFSFAR PITKKPTFLR L RGSFEYEI QSWKYSIPLF FTTQGFEIFR NREISTGAGA IREQLADLDL RIIIENSLVE WKQLGEEGPT GNEWEDRKIV RR KDFLVRR MELAKHFIRT NIEPEWMVLC LLPVLPPELR PIIQIEGGKL MSSDINELYR RVIYRNNTLT DLLTTSRSTP GEL VMCQEK LVQEAVDTLL DNGIRGQPMR DGHNKVYKSF SDVIEGKEGR FRETLLGKRV DYSGRSVIVV GPSLSLHRCG LPRE IAIEL FQTFVIRGLI RQHLASNIGV AKSQIREKKP IVWEILQEVM QGHPVLLNRA PTLHRLGIQS FQPILVEGRT ICLHP LVCK GFNADFDGDQ MAVHVPLSLE AQAEARLLMF SHMNLLSPAI GDPISVPTQD MLIGLYVLTS GTRRGICANR YNPCNR KNY QNERIYETNY KYMKEPFFCN SYDAIGAYRQ KRINLDSPLW LRWQLDQRVI ASKEVPIEVH YESFGNYHEI YAHYLIV RS VKKETLYIYI RTTVGHISFY REIEEAIQGF SQACSYDT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #18: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #20: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
0.1 mMEDTA
10.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
0.1 mMSodium fluorideNaF
0.1 mMPMSF
1.0 mM2-mercapto ethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.7 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123874
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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