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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18484 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Herpes simplex virus 1 nuclear egress complex (WT) determined in situ from perinuclear vesicles | ||||||||||||||||||
マップデータ | Herpes simplex virus-1 nuclear egress complex determined in situ | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Capsid / capsid vertex specific component / in situ / virus | ||||||||||||||||||
生物種 | Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Mironova Y / Prazak V / Vasishtan D | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NECing goes: flexibility of the herpesvirus nuclear egress complex 著者: Prazak V / Mironova Y / Vasishtan D / Hagen C / Laugks U / Jensen Y / Sanders S / Heumann JM / Bosse JB / Klupp B / Mettenleiter TC / Grange M / Grunewald K | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18484.map.gz | 677.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18484-v30.xml emd-18484.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18484_fsc.xml | 2.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18484.png | 43.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18484.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_18484_additional_1.map.gz emd_18484_half_map_1.map.gz emd_18484_half_map_2.map.gz | 4.2 MB 697.8 KB 697.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18484 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18484_validation.pdf.gz | 656.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18484_full_validation.pdf.gz | 656.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18484_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18484_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18484 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 768.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Herpes simplex virus-1 nuclear egress complex determined in situ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.484 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unfiltered map at bin4
ファイル | emd_18484_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered map at bin4 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_18484_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_18484_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human alphaherpesvirus 1
全体 | 名称: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human alphaherpesvirus 1
超分子 | 名称: Human alphaherpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human alphaherpesvirus 1 / Sci species strain: 17 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 310.15 K 詳細: Vitrified samples were milled using dual beam cryo-FIB-SEM (Aquilos). |
詳細 | Vero cells were infected with HSV1 (strain 17) at MOI 30 and incubated for 15 h |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 26000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |