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- EMDB-18464: Cryo-EM structure of MmpL3 from Mycobacterium smegmatis reconstit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18464
タイトルCryo-EM structure of MmpL3 from Mycobacterium smegmatis reconstituted into peptidiscs
マップデータPrimary map. Map from non-uniform refinement and density modification (resolution 3.23 Angstrom)
試料
  • 複合体: monomer structure of MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3
キーワードmycobacterium / trehalose monomycolate / TMM / peptidisc / MmpL3 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cell septum / phospholipid transport / cardiolipin binding / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose monomycolate exporter MmpL3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Couston J / Guo Z / Wang K / Gourdon PE / Blaise M
資金援助 フランス, デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)CNRS-UCPH joint program フランス
LundbeckfondenR313-2019-774 デンマーク
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0008-01 フランス
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the trehalose monomycolate transporter, MmpL3, reconstituted into peptidiscs.
著者: Julie Couston / Zongxin Guo / Kaituo Wang / Pontus Gourdon / Mickaël Blaise /
要旨: Mycobacteria have an atypical thick and waxy cell wall. One of the major building blocks of such mycomembrane is trehalose monomycolate (TMM). TMM is a mycolic acid ester of trehalose that possesses ...Mycobacteria have an atypical thick and waxy cell wall. One of the major building blocks of such mycomembrane is trehalose monomycolate (TMM). TMM is a mycolic acid ester of trehalose that possesses long acyl chains with up to 90 carbon atoms. TMM represents an essential component of mycobacteria and is synthesized in the cytoplasm, and then flipped over the plasma membrane by a specific transporter known as MmpL3. Over the last decade, MmpL3 has emerged as an attractive drug target to combat mycobacterial infections. Recent three-dimensional structures of MmpL3 determined by X-ray crystallography and cryo-EM have increased our understanding of the TMM transport, and the mode of action of inhibiting compounds. These structures were obtained in the presence of detergent and/or in a lipidic environment. In this study, we demonstrate the possibility of obtaining a high-quality cryo-EM structure of MmpL3 without any presence of detergent through the reconstitution of the protein into peptidiscs. The structure was determined at an overall resolution of 3.2 Å and demonstrates that the overall structure of MmpL3 is preserved as compared to previous structures. Further, the study identified a new structural arrangement of the linker that fuses the two subdomains of the transmembrane domain, suggesting the feature may serve a role in the transport process.
履歴
登録2023年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18464.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map. Map from non-uniform refinement and density modification (resolution 3.23 Angstrom)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 232. Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 232. Å		0.73 Å/pix.
x 320 pix.
= 232. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-2.8968923 - 4.3449755
平均 (標準偏差)0.00023006967 (±0.07212121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 232.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18464_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map from non-uniform refinement (resolution 3.4 Angstrom)

ファイルemd_18464_additional_1.map
注釈map from non-uniform refinement (resolution 3.4 Angstrom)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18464_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18464_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : monomer structure of MmpL3

全体名称: monomer structure of MmpL3
要素
  • 複合体: monomer structure of MmpL3
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

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超分子 #1: monomer structure of MmpL3

超分子名称: monomer structure of MmpL3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

分子名称: Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 85.465344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGFAWWGRTV YQFRYIVIGV MVALCLGGGV YGISLGNHVT QSGFYDEGSQ SVAASLIGDE VYGRDRTSHV VAILTPPDDK KVTDKAWQK KVTEELDQVV KDHEDQIVGW VGWLKAPDTT DPTVSAMKTQ DLRHTFISIP LQGDDDDEIL KNYQVVEPEL Q QVNGGDIR ...文字列:
MGFAWWGRTV YQFRYIVIGV MVALCLGGGV YGISLGNHVT QSGFYDEGSQ SVAASLIGDE VYGRDRTSHV VAILTPPDDK KVTDKAWQK KVTEELDQVV KDHEDQIVGW VGWLKAPDTT DPTVSAMKTQ DLRHTFISIP LQGDDDDEIL KNYQVVEPEL Q QVNGGDIR LAGLNPLASE LTGTIGEDQK RAEVAAIPLV AVVLFFVFGT VIAAALPAII GGLAIAGALG IMRLVAEFTP VH FFAQPVV TLIGLGIAID YGLFIVSRFR EEIAEGYDTE AAVRRTVMTS GRTVVFSAVI IVASSVPLLL FPQGFLKSIT YAI IASVML AAILSITVLA AALAILGPRV DALGVTTLLK IPFLANWQFS RRIIDWFAEK TQKTKTREEV ERGFWGRLVN VVMK RPIAF AAPILVVMVL LIIPLGQLSL GGISEKYLPP DNAVRQSQEQ FDKLFPGFRT EPLTLVMKRE DGEPITDAQI ADMRA KALT VSGFTDPDND PEKMWKERPA NDSGSKDPSV RVIQNGLENR NDAAKKIDEL RALQPPHGIE VFVGGTPALE QDSIHS LFD KLPLMALILI VTTTVLMFLA FGSVVLPIKA ALMSALTLGS TMGILTWMFV DGHGSGLMNY TPQPLMAPMI GLIIAVI WG LSTDYEVFLV SRMVEARERG MSTAEAIRIG TATTGRLITG AALILAVVAG AFVFSDLVMM KYLAFGLLIA LLLDATII R MFLVPAVMKL LGDDCWWAPR WMKRVQEKLG LGETELPDER KRPTVRESET DQRENLYFQ

UniProtKB: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris pH7.5. 150 mM NaCl
糖包埋材質: peptidiscs
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10004 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Falcon 4i
粒子像選択選択した数: 1909486
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7k7m

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 348157
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k7m


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8qkk:
Cryo-EM structure of MmpL3 from Mycobacterium smegmatis reconstituted into peptidiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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