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万見
- EMDB-18412: Neck of phage 812 after complete genome ejection (C12) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18412
タイトルNeck of phage 812 after complete genome ejection (C12)
マップデータNeck of phage 812 after complete genome ejection (C12)
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein
キーワードphage / neck / portal / connector / VIRUS
機能・相同性Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / symbiont entry into host cell / Portal protein / Neck protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Cienikova Z / Bardy P / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genome anchoring, retention, and release by neck proteins of Herelleviridae phage 812
著者: Cienikova Z / Novacek J / Siborova M / Popelarova B / Fuzik T / Benesik M / Bardy P / Plevka P
履歴
登録2023年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Neck of phage 812 after complete genome ejection (C12)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.0729792 - 0.09253579
平均 (標準偏差)0.00049003767 (±0.003793944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18412_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_18412_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_18412_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified phage virion was incubated in urea to induce tail contraction and genome ejection, then exchanged to final buffer by centrifugation/pelleting. Vitrified particles were aggregating ...詳細: Purified phage virion was incubated in urea to induce tail contraction and genome ejection, then exchanged to final buffer by centrifugation/pelleting. Vitrified particles were aggregating through their base-plates.
NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / Sci species strain: K1-420 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: CCM 8428
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1100.0 Å

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Dodecameric complex / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
配列文字列: MADLFKQFRL GKDYGNNSTI AQVPIDEGLQ ANIKKIEQDN KEYQDLTKSL YGQQQAYAEP FIEMMDTNPE FRDKRSYMKN EHNLHDVLKK FGNNPILNAI ILTRSNQVAM YCQPARYSEK GLGFEVRLRD LDAEPGRKEK EEMKRIEDFI VNTGKDKDVD RDSFQTFCKK ...文字列:
MADLFKQFRL GKDYGNNSTI AQVPIDEGLQ ANIKKIEQDN KEYQDLTKSL YGQQQAYAEP FIEMMDTNPE FRDKRSYMKN EHNLHDVLKK FGNNPILNAI ILTRSNQVAM YCQPARYSEK GLGFEVRLRD LDAEPGRKEK EEMKRIEDFI VNTGKDKDVD RDSFQTFCKK IVRDTYIYDQ VNFEKVFNKN NKTKLEKFIA VDPSTIFYAT DKKGKIIKGG KRFVQVVDKR VVASFTSREL AMGIRNPRTE LSSSGYGLSE VEIAMKEFIA YNNTESFNDR FFSHGGTTRG ILQIRSDQQQ SQHALENFKR EWKSSLSGIN GSWQIPVVMA DDIKFVNMTP TANDMQFEKW LNYLINIISA LYGIDPAEIG FPNRGGATGS KGGSTLNEAD PGKKQQQSQN KGLQPLLRFI EDLVNRHIIS EYGDKYTFQF VGGDTKSATD KLNILKLETQ IFKTVNEARE EQGKKPIEGG DIILDASFLQ GTAQLQQDKQ YNDGKQKERL QMMMSLLEGD NDDSEEGQST DSSNDDKEIG TDAQIKGDDN VYRTQTSNKG QGRKGEKSSD FKH

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Adaptor protein

分子名称: Adaptor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Dodecameric complex / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 株: K1-420
配列文字列: MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERAL DISILPDTQH EMRDYHETEF NSYMFVHAYR KPILQVENLQ LQFNGRPIYK YPANWWKVEH LAGHVQLFPT ALMQTGQSMS ...文字列:
MVNSMFGGDL DPYEKSLNYE YPYHPSGNPK HIDVSEIDNL TLADYGWSPD AVKAYMFGIV VQNPDTGQPM GDEFYNHILE RAVGKAERAL DISILPDTQH EMRDYHETEF NSYMFVHAYR KPILQVENLQ LQFNGRPIYK YPANWWKVEH LAGHVQLFPT ALMQTGQSMS YDAVFNGYPQ LAGVYPPSGA TFAPQMIRLE YVSGMLPRKK AGRNKPWEMP PELEQLVIKY ALKEIYQVWG NLIIGAGIAN KTLEVDGITE TIGTTQSAMY GGASAQILQI NEDIKELLDG LRAYFGYNMI GL

UniProtKB: Neck protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMCaClcalcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified phage virion was incubated in urea to induce tail contraction and genome ejection

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 3 / #0 - 実像数: 18337 / #0 - 平均露光時間: 1.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 100.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 6983 / #1 - 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
詳細Frame alignment and dose-weighting with MotionCor2, then contrast inversion and normalization. Data from detectors FalconII and FalconIII were merged after this step.
粒子像選択選択した数: 8484
詳細: Manual picking of non-overlapping particles with intact necks
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8209

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: Focused reconstruction of neck sub-particle. / 使用した粒子像数: 7055
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Selection of classes containing empty capsids with aligned necks.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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