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- EMDB-18367: RNA polymerase II bound to Alu RNA left arm -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18367
タイトルRNA polymerase II bound to Alu RNA left arm
マップデータLocally filtered, unsharpened map
試料
  • 複合体: RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: Alu RNA Left Arm
      • RNA: x 1種
キーワードtranscription inhibition / noncoding RNA / RNA polymerase II / Alu RNA / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / nuclear lumen / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / fibrillar center / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily ...DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tluckova K / Bernecky C
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP34185 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Mechanism of mammalian transcriptional repression by noncoding RNA.
著者: Katarína Tlučková / Beata Kaczmarek / Anita Salmazo / Carrie Bernecky /
要旨: Transcription by RNA polymerase II (Pol II) can be repressed by noncoding RNA, including the human RNA Alu. However, the mechanism by which endogenous RNAs repress transcription remains unclear. Here ...Transcription by RNA polymerase II (Pol II) can be repressed by noncoding RNA, including the human RNA Alu. However, the mechanism by which endogenous RNAs repress transcription remains unclear. Here we present cryogenic-electron microscopy structures of Pol II bound to Alu RNA, which reveal that Alu RNA mimics how DNA and RNA bind to Pol II during transcription elongation. Further, we show how distinct domains of the general transcription factor TFIIF control repressive activity. Together, we reveal how a noncoding RNA can regulate mammalian gene expression.
履歴
登録2023年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_18367.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 299.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally filtered, unsharpened map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 428 pix.
= 427.52 Å		1 Å/pix.
x 428 pix.
= 427.52 Å		1 Å/pix.
x 428 pix.
= 427.52 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99888 Å
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表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.023132062 - 0.07356925
平均 (標準偏差)0.00009071394 (±0.0013172047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ428428428
Spacing428428428
セルA=B=C: 427.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18367_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_18367_additional_1.map
注釈8A-filtered, unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map (auto B-factor)

ファイルemd_18367_additional_2.map
注釈Sharpened map (auto B-factor)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_18367_additional_3.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_18367_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_18367_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm

全体名称: RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm
要素
  • 複合体: RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA Polymerase II subunit POLR2A
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2B
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2C
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2D
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2E
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2F
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2G
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2H
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2I
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2L
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2J
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2K
    • 複合体: Alu RNA Left Arm
      • RNA: Alu RNA Left Arm

+
超分子 #1: RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm

超分子名称: RNA Polymerase II bound to Alu RNA left arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 36 KDa

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)

+
超分子 #3: Alu RNA Left Arm

超分子名称: Alu RNA Left Arm / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13 / 詳細: In vitro transcribed RNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA Polymerase II subunit POLR2A

分子名称: DNA-directed RNA Polymerase II subunit POLR2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIEL AKPVFHVGFL VKTMKVLRCV CFFCSKLLVD SNNPKIKDIL AKSKGQPKKR LTHVYDLCKG KNICEGGEEM DNKFGVEQPE ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIEL AKPVFHVGFL VKTMKVLRCV CFFCSKLLVD SNNPKIKDIL AKSKGQPKKR LTHVYDLCKG KNICEGGEEM DNKFGVEQPE GDEDLTKEKG HGGCGRYQPR IRRSGLELYA EWKHVNEDSQ EKKILLSPER VHEIFKRISD EECFVLGMEP RYARPEWMIV TVLPVPPLSV RPAVVMQGSA RNQDDLTHKL ADIVKINNQL RRNEQNGAAA HVIAEDVKLL QFHVATMVDN ELPGLPRAMQ KSGRPLKSLK QRLKGKEGRV RGNLMGKRVD FSARTVITPD PNLSIDQVGV PRSIAANMTF AEIVTPFNID RLQELVRRGN SQYPGAKYII RDNGDRIDLR FHPKPSDLHL QTGYKVERHM CDGDIVIFNR QPTLHKMSMM GHRVRILPWS TFRLNLSVTT PYNADFDGDE MNLHLPQSLE TRAEIQELAM VPRMIVTPQS NRPVMGIVQD TLTAVRKFTK RDVFLERGEV MNLLMFLSTW DGKVPQPAIL KPRPLWTGKQ IFSLIIPGHI NCIRTHSTHP DDEDSGPYKH ISPGDTKVVV ENGELIMGIL CKKSLGTSAG SLVHISYLEM GHDITRLFYS NIQTVINNWL LIEGHTIGIG DSIADSKTYQ DIQNTIKKAK QDVIEVIEKA HNNELEPTPG NTLRQTFENQ VNRILNDARD KTGSSAQKSL SEYNNFKSMV VSGAKGSKIN ISQVIAVVGQ QNVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQLR YGEDGLAGES VEFQNLATLK PSNKAFEKKF RFDYTNERAL RRTLQEDLVK DVLSNAHIQN ELEREFERMR EDREVLRVIF PTGDSKVVLP CNLLRMIWNA QKIFHINPRL PSDLHPIKVV EGVKELSKKL VIVNGDDPLS RQAQENATLL FNIHLRSTLC SRRMAEEFRL SGEAFDWLLG EIESKFNQAI AHPGEMVGAL AAQSLGEPAT QMTLNTFHYA GVSAKNVTLG VPRLKELINI SKKPKTPSLT VFLLGQSARD AERAKDILCR LEHTTLRKVT ANTAIYYDPN PQSTVVAEDQ EWVNVYYEMP DFDVARISPW LLRVELDRKH MTDRKLTMEQ IAEKINAGFG DDLNCIFNDD NAEKLVLRIR IMNSDENKMQ EEEEVVDKMD DDVFLRCIES NMLTDMTLQG IEQISKVYMH LPQTDNKKKI IITEDGEFKA LQEWILETDG VSLMRVLSEK DVDPVRTTSN DIVEIFTVLG IEAVRKALER ELYHVISFDG SYVNYRHLAL LCDTMTCRGH LMAITRHGVN RQDTGPLMKC SFEETVDVLM EAAAHGESDP MKGVSENIML GQLAPAGTGC FDLLLDAEKC KYGMEIPTNI PGLGAAGPTG MFFGSAPSPM GGISPAMTPW NQGATPAYGA WSPSVGSGMT PGAAGFSPSA ASDASGFSPG YSPAWSPTPG SPGSPGPSSP YIPSPGGAMS PSYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPNYSP TSPNYTPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYTPTS PNYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPSSPR YTPQSPTYTP SSPSYSPSSP SYSPTSPKYT PTSPSYSPSS PEYTPTSPKY SPTSPKYSPT SPKYSPTSPT YSPTTPKYSP TSPTYSPTSP VYTPTSPKYS PTSPTYSPTS PKYSPTSPTY SPTSPKGSTY SPTSPGYSPT SPTYSLTSPA ISPDDSDEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2B

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列: MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFEQ IYLSKPTHWE RDGAPSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TVIKEGEEQL QTQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLLNGLTDRD ...文字列:
MYDADEDMQY DEDDDEITPD LWQEACWIVI SSYFDEKGLV RQQLDSFDEF IQMSVQRIVE DAPPIDLQAE AQHASGEVEE PPRYLLKFEQ IYLSKPTHWE RDGAPSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TVIKEGEEQL QTQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLLNGLTDRD LCELNECPLD PGGYFIINGS EKVLIAQEKM ATNTVYVFAK KDSKYAYTGE CRSCLENSSR PTSTIWVSML ARGGQGAKKS AIGQRIVATL PYIKQEVPII IVFRALGFVS DRDILEHIIY DFEDPEMMEM VKPSLDEAFV IQEQNVALNF IGSRGAKPGV TKEKRIKYAK EVLQKEMLPH VGVSDFCETK KAYFLGYMVH RLLLAALGRR ELDDRDHYGN KRLDLAGPLL AFLFRGMFKN LLKEVRIYAQ KFIDRGKDFN LELAIKTRII SDGLKYSLAT GNWGDQKKAH QARAGVSQVL NRLTFASTLS HLRRLNSPIG RDGKLAKPRQ LHNTLWGMVC PAETPEGHAV GLVKNLALMA YISVGSQPSP ILEFLEEWSM ENLEEISPAA IADATKIFVN GCWVGIHKDP EQLMNTLRKL RRQMDIIVSE VSMIRDIRER EIRIYTDAGR ICRPLLIVEK QKLLLKKRHI DQLKEREYNN YSWQDLVASG VVEYIDTLEE ETVMLAMTPD DLQEKEVAYC STYTHCEIHP SMILGVCASI IPFPDHNQSP RNTYQSAMGK QAMGVYITNF HVRMDTLAHV LYYPQKPLVT TRSMEYLRFR ELPAGINSIV AIASYTGYNQ EDSVIMNRSA VDRGFFRSVF YRSYKEQESK KGFDQEEVFE KPTRETCQGM RHAIYDKLDD DGLIAPGVRV SGDDVIIGKT VTLPENEDEL EGTNRRYTKR DCSTFLRTSE TGIVDQVMVT LNQEGYKFCK IRVRSVRIPQ IGDKFASRHG QKGTCGIQYR QEDMPFTCEG ITPDIIINPH AIPSRMTIGH LIECLQGKVS ANKGEIGDAT PFNDAVNVQK ISNLLSDYGY HLRGNEVLYN GFTGRKITSQ IFIGPTYYQR LKHMVDDKIH SRARGPIQIL NRQPMEGRSR DGGLRFGEME RDCQIAHGAA QFLRERLFEA SDPYQVHVCN LCGIMAIANT RTHTYECRGC RNKTQISLVR MPYACKLLFQ ELMSMSIAPR MMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2C

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCTC EEFCPECSVE FTLDVRCNED QTRHVTSRDL ISNSPRVIPV TSRNRDNDPS DYVEQDDILI VKLRKGQELR LRAYAKKGFG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCTC EEFCPECSVE FTLDVRCNED QTRHVTSRDL ISNSPRVIPV TSRNRDNDPS DYVEQDDILI VKLRKGQELR LRAYAKKGFG KEHAKWNPTA GVAFEYDPDN ALRHTVYPKP EEWPKSEYSE LDEDESQAPY DPNGKPERFY YNVESCGSLR PETIVLSALS GLKKKLSDLQ TQLSHEIQSD VLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2D

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQK KLHKFELACL ANLCPETAEE SKALIPSLEG RFEDEELQQI LDDIQTKRSF QY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKVY CQRMQEENIT RALIVVQQGM TPSAKQSLVD MAPKYILEQF LQQELLINIT EHELVPEHVV MTKEEVTELL ARYKLRENQL ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKVY CQRMQEENIT RALIVVQQGM TPSAKQSLVD MAPKYILEQF LQQELLINIT EHELVPEHVV MTKEEVTELL ARYKLRENQL PRIQAGDPVA RYFGIKRGQV VKIIRPSETA GRYITYRLVQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDPL LIAMKELKAR KIPIIIRRYL PDGSYEDWGV DELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2G

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVVT QVNKVGLFTE IGPMSCFISR HSIPSEMEFD PNSNPPCYKT MDEDIVIQQD DEIRLKIVGT RVDKNDIFAI GSLMDDYLGL VS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2H

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFEY VMYGKVYRIE GDETSTEAAT RLSAYVSYGG LLMRLQGDAN NLHGFEVDSR VYLLMKKLAF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2I

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKCG HKEAVFFQSH SARAEDAMRL YYVCTAPHCG HRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2L

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2J

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTNA ITDLISELSL LEERFRVAIK DKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2K

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit POLR2K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: Thymus
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II, I and III subunit K

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分子 #13: Alu RNA Left Arm

分子名称: Alu RNA Left Arm / タイプ: rna / ID: 13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GGCCGGGCGC GGUGGCUCAC GCCUGUAAUC CCAGCACUUU GGGAGGCCGA GGCGGGCGGA UCACAAGGUC AGGAGAUCGA GACCAUCCUG GCUAACACAG UGAAACCCCG UCUCUACU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.25
構成要素:
濃度名称式
5.0 mMHEPES
50.0 mMNaClNaCl
0.01 mMZnCl2ZnCl2
10.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.07 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16470 / 平均露光時間: 2.14 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1402832
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3218

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 152647
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化温度因子: 40.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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