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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/-sterol (DOPC, DOPE, DOPS, PI(4,5)P2 50:20:20:10) | |||||||||||||||
![]() | Sharpened helical map Type c plusPIP2/-sterol (D3, rise=14.55, twist=-83.25) | |||||||||||||||
![]() |
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![]() | BAR domain / lipid reconstitution / membrane microdomain / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / protein localization / endocytosis / mitochondrial outer membrane / lipid binding ...protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / protein localization / endocytosis / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | |||||||||||||||
![]() | Kefauver JM / Zou L / Desfosses A / Loewith RJ | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM architecture of a native stretch-sensitive membrane microdomain 著者: Kefauver JM / Hakala M / Zou L / Alba J / Espadas Moreno J / Tettamanti MG / Estrozi L / Vanni S / Roux A / Desfosses A / Loewith R | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 943.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 211 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 1000 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 488.9 MB 493.3 MB 490.7 MB 490.7 MB 492.4 MB 927.2 MB 927.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qbbMC ![]() 8qb7C ![]() 8qb8C ![]() 8qb9C ![]() 8qbdC ![]() 8qbeC ![]() 8qbfC ![]() 8qbgC ![]() 8r1lC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened helical map Type c plusPIP2/-sterol (D3, rise=14.55, twist=-83.25) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened helical map Type d plusPIP2/-sterol (D1, rise=5.078,...
ファイル | emd_18309_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened helical map Type d plusPIP2/-sterol (D1, rise=5.078, twist=-136.523) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened helical map Type b plusPIP2/-sterol (D1, rise=5.420,...
ファイル | emd_18309_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened helical map Type b plusPIP2/-sterol (D1, rise=5.420, twist=133.600) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened helical map Type a plusPIP2/-sterol (D4, rise=21.004,...
ファイル | emd_18309_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened helical map Type a plusPIP2/-sterol (D4, rise=21.004, twist=39.094) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened helical map Type e plusPIP2/-sterol (D1, rise=4.714,...
ファイル | emd_18309_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened helical map Type e plusPIP2/-sterol (D1, rise=4.714, twist=-81.141) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened helical map Type c plusPIP2/-sterol (D3, rise=14.55,...
ファイル | emd_18309_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened helical map Type c plusPIP2/-sterol (D3, rise=14.55, twist=-83.25) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Helical map Type c plusPIP2/-sterol - half map A
ファイル | emd_18309_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Helical map Type c plusPIP2/-sterol - half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Helical map Type c plusPIP2/-sterol - half map B
ファイル | emd_18309_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Helical map Type c plusPIP2/-sterol - half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/-st...
全体 | 名称: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/-sterol lipid mixture (DOPC,DOPE,DOPS,PI(4,5)P2 50:20:20:10) |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/-st...
超分子 | 名称: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/-sterol lipid mixture (DOPC,DOPE,DOPS,PI(4,5)P2 50:20:20:10) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
分子 | 名称: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.393043 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHRTYSLRNS RAPTASQLQN PPPPPSTTKG RFFGKGGLAY SFRRSAAGAF GPELSRKLSQ LVKIEKNVLR SMELTANERR DAAKQLSIW GLENDDDVSD ITDKLGVLIY EVSELDDQFI DRYDQYRLTL KSIRDIEGSV QPSRDRKDKI TDKIAYLKYK D PQSPKIEV ...文字列: MHRTYSLRNS RAPTASQLQN PPPPPSTTKG RFFGKGGLAY SFRRSAAGAF GPELSRKLSQ LVKIEKNVLR SMELTANERR DAAKQLSIW GLENDDDVSD ITDKLGVLIY EVSELDDQFI DRYDQYRLTL KSIRDIEGSV QPSRDRKDKI TDKIAYLKYK D PQSPKIEV LEQELVRAEA ESLVAEAQLS NITRSKLRAA FNYQFDSIIE HSEKIALIAG YGKALLELLD DSPVTPGETR PA YDGYEAS KQIIIDAESA LNEWTLDSAQ VKPTLSFKQD YEDFEPEEGE EEEEEDGQGR WSEDEQEDGQ IEEPEQEEEG AVE EHEQVG HQQSESLPQQ TTA UniProtKB: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1 |
-分子 #2: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: I3P |
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分子量 | 理論値: 420.096 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-I3P: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM KoAc, 2 mM MgAc |
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.547 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -83.25 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85456 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |