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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18151 | |||||||||
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タイトル | Focused map on the body of the SSU of the Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the C. albicans ribosome focused on the body of the SSU | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome / Candida albicans / cephaeline | |||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kolosova O / Zgadzay Y / Stetsenko A / Atamas A / Jenner L / Guskov A / Yusupov M | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biopolym Cell / 年: 2023 タイトル: Structural characterization of cephaeline binding to the eukaryotic ribosome using Cryo-Electron Microscopy 著者: Kolosova O / Zgadzay Y / Stetsenko A / Atamas A / Wu C / Jenner L / Sachs SM / Guskov A / Yusupov M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18151.map.gz | 394.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18151-v30.xml emd-18151.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18151_fsc.xml | 22 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18151.png | 206.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18151.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_18151_half_map_1.map.gz emd_18151_half_map_2.map.gz | 387.3 MB 387.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18151 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18151 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18151_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18151_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18151_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18151_validation.cif.gz | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18151 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18151 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the C. albicans ribosome focused on the body of the SSU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18151_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18151_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline
全体 | 名称: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline |
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要素 |
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-超分子 #1: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline
超分子 | 名称: The Candida albicans ribosome in complew with cephaeline タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Candida albicans (酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |