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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | ATP-bound IstB in complex to duplex DNA | |||||||||
![]() | Sharpened Map | |||||||||
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![]() | DNA Transposition / transposon / transpososome / AAA+ ATPases / target DNA / IS21 / IstB / Insertion sequence / DNA BINDING PROTEIN / cryo-electron microscopy. | |||||||||
機能・相同性 | DNA replication protein DnaC/insertion sequence putative ATP-binding protein / IstB-like ATP-binding protein / IstB-like ATP binding protein / ClpA/B family / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
![]() | de la Gandara A / Spinola-Amilibia M / Araujo-Bazan L / Nunez-Ramirez R / Berger JM / Arias-Palomo E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for transposase activation by a dedicated AAA+ ATPase. 著者: Álvaro de la Gándara / Mercedes Spínola-Amilibia / Lidia Araújo-Bazán / Rafael Núñez-Ramírez / James M Berger / Ernesto Arias-Palomo / ![]() ![]() 要旨: Transposases drive chromosomal rearrangements and the dissemination of drug-resistance genes and toxins. Although some transposases act alone, many rely on dedicated AAA+ ATPase subunits that ...Transposases drive chromosomal rearrangements and the dissemination of drug-resistance genes and toxins. Although some transposases act alone, many rely on dedicated AAA+ ATPase subunits that regulate site selectivity and catalytic function through poorly understood mechanisms. Using IS21 as a model transposase system, we show how an ATPase regulator uses nucleotide-controlled assembly and DNA deformation to enable structure-based site selectivity, transposase recruitment, and activation and integration. Solution and cryogenic electron microscopy studies show that the IstB ATPase self-assembles into an autoinhibited pentamer of dimers that tightly curves target DNA into a half-coil. Two of these decamers dimerize, which stabilizes the target nucleic acid into a kinked S-shaped configuration that engages the IstA transposase at the interface between the two IstB oligomers to form an approximately 1 MDa transpososome complex. Specific interactions stimulate regulator ATPase activity and trigger a large conformational change on the transposase that positions the catalytic site to perform DNA strand transfer. These studies help explain how AAA+ ATPase regulators-which are used by classical transposition systems such as Tn7, Mu and CRISPR-associated elements-can remodel their substrate DNA and cognate transposases to promote function. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 85.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 69.6 MB 2.5 MB 70 MB 70 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 905.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 905.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8q3wMC ![]() 18144 ![]() 8q4dC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened Map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : IstB transposition regulator AAA+ ATPase bound to target DNA
全体 | 名称: IstB transposition regulator AAA+ ATPase bound to target DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: IstB transposition regulator AAA+ ATPase bound to target DNA
超分子 | 名称: IstB transposition regulator AAA+ ATPase bound to target DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Complex of IstB transposition regulator AAA+ ATPase bound to target DNA |
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分子量 | 理論値: 337 KDa |
-超分子 #2: Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein
超分子 | 名称: Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: DNA (48-MER) Target DNA FW and Rv
超分子 | 名称: DNA (48-MER) Target DNA FW and Rv / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein
分子 | 名称: Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.602275 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPNMKERIHE YCHRLHLPVM AERWSAMAEY ASTHNISYSE FLFRLLEAEI VEKQARSIQT LIKLSKLPYR KTIDTFDFTA QPSVDERRI RELLTLSFID RKENILFLGP PGIGKTHLAI SIGMEAIARG YKTYFITAHD LVNQLRRADQ EGKLEKKLRV F VKPTVLII ...文字列: GPNMKERIHE YCHRLHLPVM AERWSAMAEY ASTHNISYSE FLFRLLEAEI VEKQARSIQT LIKLSKLPYR KTIDTFDFTA QPSVDERRI RELLTLSFID RKENILFLGP PGIGKTHLAI SIGMEAIARG YKTYFITAHD LVNQLRRADQ EGKLEKKLRV F VKPTVLII DEMGYLKLDP NSAHYLFQVI ARRYEHAPII LTSNKSFGEW GEIVGDSVLA TAMLDRLLHH SIIFNLKGES YR LREKRLQ EEKQKDQ UniProtKB: Insertion sequence IS5376 putative ATP-binding protein |
-分子 #2: DNA (48-MER) Target DNA FW
分子 | 名称: DNA (48-MER) Target DNA FW / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.401746 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC) ...文字列: (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DG) |
-分子 #3: DNA (48-MER) Traget DNA Rv
分子 | 名称: DNA (48-MER) Traget DNA Rv / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.584918 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DC) ...文字列: (DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA) |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 95.21 |
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得られたモデル | ![]() PDB-8q3w: |