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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1809 | |||||||||
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タイトル | Yeast 80S ribosome stalled by a stem-loop containing mRNA in complex with Dom34p and N-terminally truncated Hbs1p. | |||||||||
![]() | This is a 3D reconstruction of a yeast 80S ribosome stalled by stable stem-loop- containing mRNA in complex with proteins Dom34p and N-terminally-truncated Hbs1p (Hbs1-delta1-152). | |||||||||
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![]() | Ribosome / stalling / mRNA / P-site tRNA / no-go mRNA decay | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
![]() | Becker T / Armache JP / Anger AM / Jarasch A / Villa E / Sieber H / AbdelMotaal B / Berninghausen O / Mielke T / Beckmann R | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the no-go mRNA decay complex Dom34-Hbs1 bound to a stalled 80S ribosome. 著者: Thomas Becker / Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Heidemarie Sieber / Basma Abdel Motaal / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / ![]() 要旨: No-go decay (NGD) is a mRNA quality-control mechanism in eukaryotic cells that leads to degradation of mRNAs stalled during translational elongation. The key factors triggering NGD are Dom34 and Hbs1. ...No-go decay (NGD) is a mRNA quality-control mechanism in eukaryotic cells that leads to degradation of mRNAs stalled during translational elongation. The key factors triggering NGD are Dom34 and Hbs1. We used cryo-EM to visualize NGD intermediates resulting from binding of the Dom34-Hbs1 complex to stalled ribosomes. At subnanometer resolution, all domains of Dom34 and Hbs1 were identified, allowing the docking of crystal structures and homology models. Moreover, the close structural similarity of Dom34 and Hbs1 to eukaryotic release factors (eRFs) enabled us to propose a model for the ribosome-bound eRF1-eRF3 complex. Collectively, our data provide structural insights into how stalled mRNA is recognized on the ribosome and how the eRF complex can simultaneously recognize stop codons and catalyze peptide release. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 166.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 208.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 207.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | This is a 3D reconstruction of a yeast 80S ribosome stalled by stable stem-loop- containing mRNA in complex with proteins Dom34p and N-terminally-truncated Hbs1p (Hbs1-delta1-152). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : sSem-loop stalled yeast 80S ribosome/Dom34-delta(1-152)Hbs1 complex
全体 | 名称: sSem-loop stalled yeast 80S ribosome/Dom34-delta(1-152)Hbs1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: sSem-loop stalled yeast 80S ribosome/Dom34-delta(1-152)Hbs1 complex
超分子 | 名称: sSem-loop stalled yeast 80S ribosome/Dom34-delta(1-152)Hbs1 complex タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Single particle / 集合状態: One ribosome / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 3.3 MDa / 理論値: 3.3 MDa |
-超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Yeast 80S ribosome 詳細: The mRNA stem-loop structure is not visible in the Cryo-EM reconstruction indicating its flexibility. Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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分子量 | 実験値: 3.2 MDa / 理論値: 3.2 MDa |
-分子 #1: Hbs1p
分子 | 名称: Hbs1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hbs1p 詳細: Hbs1 is N-terminally truncated lacking the first 152 amino acids. コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 69 KDa / 理論値: 68 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #2: Dom34p
分子 | 名称: Dom34p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Dom34p / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 44 KDa / 理論値: 44 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: 20 mM Tris/HCl, pH 7.0, 80 mM NaCl, 97 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1.5 mM DTT, 0.02% Nikkol, 1.8% Glycerol, 0.01 mg/ml Cycloheximide, 0.5 mM GDPNP |
グリッド | 詳細: Quantifoil Grid with 2 nm carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot 手法: Blotted for 10 seconds before plunging, used 2 layer of filter paper |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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温度 | 平均: 84 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 実像数: 97 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Images recorded on CCD. / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 90000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 90000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: FEI Polara Cartridge System / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction on the level of 3D volumes (SPIDER TF CTS command) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 71400 |