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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17971 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of horse Nhe9 bound to PI(3,5)P2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Na+/H+ exchanger / membrane protein / SLC9A9 / ion transporter / PI(3 / 5)P2 / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane ...potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Kokane S / Meier P / Gulati A / Delemotte L / Drew D | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PIP2 mediated oligomerization of the endosomal sodium/proton exchanger NHE9 著者: Kokane S / Meier P / Gulati A / Matsuoka R / Pipatpolkai T / Delemotte L / Drew D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17971.map.gz | 50.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17971-v30.xml emd-17971.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17971_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17971.png | 112.2 KB | ||
マスクデータ | emd_17971_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17971.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_17971_half_map_1.map.gz emd_17971_half_map_2.map.gz | 95.4 MB 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17971 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17971_validation.pdf.gz | 834 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17971_full_validation.pdf.gz | 833.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17971_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17971_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17971 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17971 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pvrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9746 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17971_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17971_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17971_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimeric Horse Nhe9 with PI(3,5)P2
全体 | 名称: Dimeric Horse Nhe9 with PI(3,5)P2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimeric Horse Nhe9 with PI(3,5)P2
超分子 | 名称: Dimeric Horse Nhe9 with PI(3,5)P2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
分子量 | 理論値: 64 KDa |
-分子 #1: Sodium/hydrogen exchanger 9
分子 | 名称: Sodium/hydrogen exchanger 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
分子量 | 理論値: 64.856055 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSEKDEYQFQ HQGAVELLVF NFLLILTILT IWLFKNHRFR FLHETGGAMV YGLIMGLILR YATAPTDIES GTVYDCGKLA FSPSTLLIN ITDQVYEYKY KREISQHNIN PHLGNAILEK MTFDPEIFFN VLCPPIIFHA GYSLKKRHFF QNLGSILTYA F LGTAISCI ...文字列: MSEKDEYQFQ HQGAVELLVF NFLLILTILT IWLFKNHRFR FLHETGGAMV YGLIMGLILR YATAPTDIES GTVYDCGKLA FSPSTLLIN ITDQVYEYKY KREISQHNIN PHLGNAILEK MTFDPEIFFN VLCPPIIFHA GYSLKKRHFF QNLGSILTYA F LGTAISCI VIGLIMYGFV KAMVYAGQLK NGDFHFTDCL FFGSLMSATD PVTVLAIFHE LHVDPDLYTL LFGESVLNDA VA IVLTYSI SIYSPKENPN AFDAAAFFQS VGNFLGIFAG SFAMGSAYAV VTALLTKFTK LCEFPMLETG LFFLLSWSAF LSA EAAGLT GIVAVLFCGV TQAHYTYNNL SLDSKMRTKQ LFEFMNFLAE NVIFCYMGLA LFTFQNHIFN ALFILGAFLA IFVA RACNI YPLSFLLNLG RKHKIPWNFQ HMMMFSGLRG ACAFALAIRD TESQPKQMMF STTLLLVFFT VWVFGGGTTP MLTWL QIRV GVDLDEDLKE RPSSHQEANN LEKSTTKTES AWLFRMWYGF DHKYLKPILT HSGPPLTTTL PEWCGPISRL LTSPQA YGE QLKEGENLYF Q UniProtKB: Sodium/hydrogen exchanger 9 |
-分子 #2: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bi...
分子 | 名称: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: EUJ |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ChemComp-EUJ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 68.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |