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- EMDB-1792: EM map of TP901-1 BppU-BppL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1792
タイトルEM map of TP901-1 BppU-BppL complex
マップデータEM map of TP9101-1 BppU-BppL complex
試料
  • 試料: BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1
  • タンパク質・ペプチド: BppU
  • タンパク質・ペプチド: BppL
キーワードBacteriophage / TP9101-1 / BppU / BppL / ORF 48 / ORF 49
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.8 Å
データ登録者Bron P
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Structure and molecular assignment of lactococcal phage TP901-1 baseplate.
著者: Cecilia Bebeacua / Patrick Bron / Livia Lai / Christina Skovgaard Vegge / Lone Brøndsted / Silvia Spinelli / Valérie Campanacci / David Veesler / Marin van Heel / Christian Cambillau /
要旨: P335 lactococcal phages infect the gram(+) bacterium Lactococcus lactis using a large multiprotein complex located at the distal part of the tail and termed baseplate (BP). The BP harbors the ...P335 lactococcal phages infect the gram(+) bacterium Lactococcus lactis using a large multiprotein complex located at the distal part of the tail and termed baseplate (BP). The BP harbors the receptor-binding proteins (RBPs), which allow the specific recognition of saccharidic receptors localized on the host cell surface. We report here the electron microscopic structure of the phage TP901-1 wild-type BP as well as those of two mutants bppL (-) and bppU(-), lacking BppL (the RBPs) or both peripheral BP components (BppL and BppU), respectively. We also achieved an electron microscopic reconstruction of a partial BP complex, formed by BppU and BppL. This complex exhibits a tripod shape and is composed of nine BppLs and three BppUs. These structures, combined with light-scattering measurements, led us to propose that the TP901-1 BP harbors six tripods at its periphery, located around the central tube formed by ORF46 (Dit) hexamers, at its proximal end, and a ORF47 (Tal) trimer at its distal extremity. A total of 54 BppLs (18 RBPs) are thus available to mediate host anchoring with a large apparent avidity. TP901-1 BP exhibits an infection-ready conformation and differs strikingly from the lactococcal phage p2 BP, bearing only 6 RBPs, and which needs a conformational change to reach its activated state. The comparison of several Siphoviridae structures uncovers a close organization of their central BP core whereas striking differences occur at the periphery, leading to diverse mechanisms of host recognition.
履歴
登録2010年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of TP9101-1 BppU-BppL complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 90 pix.
= 360. Å		4 Å/pix.
x 90 pix.
= 360. Å		4 Å/pix.
x 90 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 15.0 / ムービー #1: 15
最小 - 最大-26.59852982 - 85.599136349999995
平均 (標準偏差)0.0 (±5.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-44-45-45
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-45-44-45
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-26.59985.5990.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1

全体名称: BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1
要素
  • 試料: BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1
  • タンパク質・ペプチド: BppU
  • タンパク質・ペプチド: BppL

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超分子 #1000: BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1

超分子名称: BppU/BppL complex from Lactococcal Phage TP901-1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: one trimer of BppU and three trimers of BppL / Number unique components: 2

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分子 #1: BppU

分子名称: BppU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORF48 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #2: BppL

分子名称: BppL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ORF49 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 1 mM PMSF
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% uranyl acetate for 1 min.
グリッド詳細: 400 mesh cupper griid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Low-dose imaging
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 8 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC V / 使用した粒子像数: 8314

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2f0c

詳細The trimers were separately fitted by manual docking and refined using the docking program integrated into Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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