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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1779 | |||||||||
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タイトル | EM structure of bacteriophage SPP1 distal tail protein (GP 19.1): a baseplate hub paradigm in gram positive infecting phages | |||||||||
![]() | EM map of Dit (GP19.1) from SPP1 Bacteriophage | |||||||||
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![]() | Dit / GP 19.1 / SPP1 / Bacteriophage | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.5 Å | |||||||||
![]() | Veesler D / Robin G / Lichiere J / Auzat I / Tavares P / Bron P / Campanacci V / Cambillau C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bacteriophage SPP1 distal tail protein (gp19.1): a baseplate hub paradigm in gram-positive infecting phages. 著者: David Veesler / Gautier Robin / Julie Lichière / Isabelle Auzat / Paulo Tavares / Patrick Bron / Valérie Campanacci / Christian Cambillau / ![]() 要旨: Siphophage SPP1 infects the gram-positive bacterium Bacillus subtilis using its long non-contractile tail and tail-tip. Electron microscopy (EM) previously allowed a low resolution assignment of most ...Siphophage SPP1 infects the gram-positive bacterium Bacillus subtilis using its long non-contractile tail and tail-tip. Electron microscopy (EM) previously allowed a low resolution assignment of most orf products belonging to these regions. We report here the structure of the SPP1 distal tail protein (Dit, gp19.1). The combination of x-ray crystallography, EM, and light scattering established that Dit is a back-to-back dimer of hexamers. However, Dit fitting in the virion EM maps was only possible with a hexamer located between the tail-tube and the tail-tip. Structure comparison revealed high similarity between Dit and a central component of lactophage baseplates. Sequence similarity search expanded its relatedness to several phage proteins, suggesting that Dit is a docking platform for the tail adsorption apparatus in Siphoviridae infecting gram-positive bacteria and that its architecture is a paradigm for these hub proteins. Dit structural similarity extends also to non-contractile and contractile phage tail proteins (gpV(N) and XkdM) as well as to components of the bacterial type 6 secretion system, supporting an evolutionary connection between all these devices. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 95.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 211.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 210.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | EM map of Dit (GP19.1) from SPP1 Bacteriophage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : GP 19.1 protein from B. subtilis phage SPP1 Bacteriophage
全体 | 名称: GP 19.1 protein from B. subtilis phage SPP1 Bacteriophage |
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要素 |
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-超分子 #1000: GP 19.1 protein from B. subtilis phage SPP1 Bacteriophage
超分子 | 名称: GP 19.1 protein from B. subtilis phage SPP1 Bacteriophage タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Dodecameric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 325.629 KDa / 理論値: 28.489 KDa 手法: Molar mass and hydrodynamic radius determination by SEC, MALS,UV,QELS and RI. |
-分子 #1: GP19.1
分子 | 名称: GP19.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dit / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecameric / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.010 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES, 150 mM NaCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: 3 microLitres of freshly prepared protein were applied on a glow-discharged carbon-coated grid. The excess of Dit solution was blotted and 4 microliters of 1% Uranyl- Acetate was applied ...詳細: 3 microLitres of freshly prepared protein were applied on a glow-discharged carbon-coated grid. The excess of Dit solution was blotted and 4 microliters of 1% Uranyl- Acetate was applied twice on the grid and incubated for 1 min. Grids were then dried and kept in a desiccator cabinet until use |
グリッド | 詳細: 400-Mesh Carbon-Coated Copper Grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Low-dose imaging |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 8 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 45710 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC V / 使用した粒子像数: 9027 |