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- EMDB-1767: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1767
タイトルAAP-stalled wheat germ 80S ribosome
マップデータThis is a cryo-EM map of a AAP (arginine attenuator peptide)-stalled wheat germ 80S ribosome.
試料
  • 試料: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: T. aestivum 80S ribosome
キーワードAntibiotic / ribosome / translation / stalling / arginine attennuator
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Bhushan S / Meyer H / Starosta A / Becker T / Mielke T / Berninghausen O / Sattler M / Wilson D / Beckmann R
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2010
タイトル: Structural basis for translational stalling by human cytomegalovirus and fungal arginine attenuator peptide.
著者: Shashi Bhushan / Helge Meyer / Agata L Starosta / Thomas Becker / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Michael Sattler / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: Specific regulatory nascent chains establish direct interactions with the ribosomal tunnel, leading to translational stalling. Despite a wealth of biochemical data, structural insight into the ...Specific regulatory nascent chains establish direct interactions with the ribosomal tunnel, leading to translational stalling. Despite a wealth of biochemical data, structural insight into the mechanism of translational stalling in eukaryotes is still lacking. Here we use cryo-electron microscopy to visualize eukaryotic ribosomes stalled during the translation of two diverse regulatory peptides: the fungal arginine attenuator peptide (AAP) and the human cytomegalovirus (hCMV) gp48 upstream open reading frame 2 (uORF2). The C terminus of the AAP appears to be compacted adjacent to the peptidyl transferase center (PTC). Both nascent chains interact with ribosomal proteins L4 and L17 at tunnel constriction in a distinct fashion. Significant changes at the PTC were observed: the eukaryotic-specific loop of ribosomal protein L10e establishes direct contact with the CCA end of the peptidyl-tRNA (P-tRNA), which may be critical for silencing of the PTC during translational stalling. Our findings provide direct structural insight into two distinct eukaryotic stalling processes.
履歴
登録2010年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月23日-
マップ公開2010年10月13日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1767.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cryo-EM map of a AAP (arginine attenuator peptide)-stalled wheat germ 80S ribosome.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.172353 - 0.413648
平均 (標準偏差)0.00218062 (±0.0302681)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.1720.4140.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AAP-stalled wheat germ 80S ribosome

全体名称: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome
要素
  • 試料: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome
  • 複合体: T. aestivum 80S ribosome

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超分子 #1000: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome

超分子名称: AAP-stalled wheat germ 80S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Single particle / 集合状態: One ribosome / Number unique components: 1
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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超分子 #1: T. aestivum 80S ribosome

超分子名称: T. aestivum 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Wheat germ ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: Bread wheat
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 30 mM HEPES/KOH, pH 7.5 180 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/ml cycloheximide, 5 mM Arginine, 1 mM DTT,3.5 % (w/v) glycerol 0.3 % (w/v) digitonin
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil Grid with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Scanned at 5334 dpi on a Heidelberg Primescan Drum Scanner
Od range: 1.2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara Cartridge System / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The nascent polypeptide chain was saturated with mammlian Sec61 (see Becker et al., Science 2009) to avoid orientational bias on the grid.
CTF補正詳細: SPIDER TF CTS
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 165000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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