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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17611 | |||||||||
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タイトル | In-situ structure of the heptameric HEF trimers from influenza C viral particles | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Class 1 fusion protein / membrane fusion / viral assembly / heptameric / VIRUS | |||||||||
生物種 | Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu ZB / Rosenthal PB | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Topological defects in the spherical virus crystal 著者: Liu ZB / Rosenthal PB | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17611.map.gz | 58.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17611-v30.xml emd-17611.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17611_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17611.png | 33 KB | ||
マスクデータ | emd_17611_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17611.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_17611_half_map_1.map.gz emd_17611_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17611 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17611_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17611_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17611_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17611_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17611 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17611_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17611_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17611_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66)
全体 | 名称: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66)
超分子 | 名称: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Purified viruses / NCBI-ID: 100673 / 生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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分子量 | 理論値: 1.45 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AMYLAMINE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III | ||||||||||||
詳細 | Heterogeneous mix of viral particles, viral like particles and cellular vesicles |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 1 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 2.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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