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万見
- EMDB-1748: Asymmetric organization of connexin26 gap junction channels -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1748
タイトルAsymmetric organization of connexin26 gap junction channels
マップデータThree dimensional structure of Cx26M34A at 6 angstrom resolution
試料
  • 試料: Human connexin26 gap junction channel
  • 細胞器官・細胞要素: Gap junction
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction ...Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction / gap junction channel activity / astrocyte projection / Gap junction assembly / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / inner ear development / decidualization / lateral plasma membrane / response to retinoic acid / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to progesterone / response to ischemia / sensory perception of sound / transmembrane transport / cell-cell signaling / response to estradiol / cell body / cellular response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction beta-2 protein (Cx26) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction beta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Oshima A / Tani K / Toloue MM / Hiroaki Y / Smock A / Inukai S / Cone A / Nicholson BJ / Sosinsky GE / Fujiyoshi Y
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Asymmetric configurations and N-terminal rearrangements in connexin26 gap junction channels.
著者: Atsunori Oshima / Kazutoshi Tani / Masoud M Toloue / Yoko Hiroaki / Amy Smock / Sayaka Inukai / Angela Cone / Bruce J Nicholson / Gina E Sosinsky / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Gap junction channels are unique in that they possess multiple mechanisms for channel closure, several of which involve the N terminus as a key component in gating, and possibly assembly. Here, we ...Gap junction channels are unique in that they possess multiple mechanisms for channel closure, several of which involve the N terminus as a key component in gating, and possibly assembly. Here, we present electron crystallographic structures of a mutant human connexin26 (Cx26M34A) and an N-terminal deletion of this mutant (Cx26M34Adel2-7) at 6-Å and 10-Å resolutions, respectively. The three-dimensional map of Cx26M34A was improved by data from 60° tilt images and revealed a breakdown of the hexagonal symmetry in a connexin hemichannel, particularly in the cytoplasmic domain regions at the ends of the transmembrane helices. The Cx26M34A structure contained an asymmetric density in the channel vestibule ("plug") that was decreased in the Cx26M34Adel2-7 structure, indicating that the N terminus significantly contributes to form this plug feature. Functional analysis of the Cx26M34A channels revealed that these channels are predominantly closed, with the residual electrical conductance showing normal voltage gating. N-terminal deletion mutants with and without the M34A mutation showed no electrical activity in paired Xenopus oocytes and significantly decreased dye permeability in HeLa cells. Comparing this closed structure with the recently published X-ray structure of wild-type Cx26, which is proposed to be in an open state, revealed a radial outward shift in the transmembrane helices in the closed state, presumably to accommodate the N-terminal plug occluding the pore. Because both Cx26del2-7 and Cx26M34Adel2-7 channels are closed, the N terminus appears to have a prominent role in stabilizing the open configuration.
履歴
登録2010年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年6月16日-
マップ公開2011年1月7日-
更新2013年10月2日-
現状2013年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iz1
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iz1
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iz1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1748.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three dimensional structure of Cx26M34A at 6 angstrom resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 151 pix.
= 300. Å		2.01 Å/pix.
x 57 pix.
= 112.56 Å		1.98 Å/pix.
x 57 pix.
= 110.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 1.98 Å / Y: 2.01 Å / Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0023 / ムービー #1: 0.0023
最小 - 最大-0.01201685 - 0.01460285
平均 (標準偏差)-0.00000235 (±0.00231881)
対称性空間群: 18
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-28-28-75
サイズ5757151
Spacing5656150
セルA: 110.880005 Å / B: 112.56 Å / C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.982.012
M x/y/z5656150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z110.880112.560300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-100
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-28-28-75
NC/NR/NS5757151
D min/max/mean-0.0120.015-0.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Three dimensional structure of Cx26M34A at 6 angstrom resolution

注釈Three dimensional structure of Cx26M34A at 6 angstrom resolution
ファイルemd_1748_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human connexin26 gap junction channel

全体名称: Human connexin26 gap junction channel
要素
  • 試料: Human connexin26 gap junction channel
  • 細胞器官・細胞要素: Gap junction

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超分子 #1000: Human connexin26 gap junction channel

超分子名称: Human connexin26 gap junction channel / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecameric / Number unique components: 1
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #1: Gap junction

超分子名称: Gap junction / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Connexin / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pBlueBac4.5

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 5.8
詳細: 10 mM MES, pH 5.8, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 2 mM DTT, 100 uM carbenoxolone, 0.005% NaN3, 1% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Embedded in ice with 10% trehalose
グリッド詳細: Molybdenum grid
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内温度: 100 K / 装置: LEICA KF80 / 詳細: Vitrification instrument: Reichert KF-80
手法: The grids were blotted with filter paper and fast frozen into liquid nitrogen
詳細Crystals grown in three lipid bilayers
結晶化詳細: Crystals grown in three lipid bilayers

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL KYOTO-3000SFF
温度最低: 4 K / 最高: 4 K / 平均: 4 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective astigmatism was corrected using a quadrupole stigmator at 250,000 magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 179 / 平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.939 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.458 µm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Top entry helium cooled cryo stage / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 60 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC
結晶パラメータ単位格子 - A: 112.4 Å / 単位格子 - B: 111.2 Å / 単位格子 - C: 300 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 面群: P 2 21 21
CTF補正詳細: Each image

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zw3


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Situs
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. The chain containing the amino acids from 18 to 217 corresponding to a connexin monomer was initially fitted manually into each subunit in the cryo-EM structure using program O.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Linear cross correlation
得られたモデル

PDB-3iz1:
C-alpha model fitted into the EM structure of Cx26M34A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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