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- EMDB-17422: Density for MetK encapsulated in the GroEL7-GroES7 cage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17422
タイトルDensity for MetK encapsulated in the GroEL7-GroES7 cage
マップデータDensity for MetK encapsulated into the GroEL7-GroES7 cage
試料
  • 複合体: GroEL14-GroES14-MetK2
    • タンパク質・ペプチド: MetK
キーワードChaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / potassium ion binding / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wagner J / Caravajal AI / Beck F / Bracher A / Wan W / Bohn S / Koerner R / Fernandez-Busnadiego R / Baumeister W / Hartl FU
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Visualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography.
著者: Jonathan Wagner / Alonso I Carvajal / Andreas Bracher / Florian Beck / William Wan / Stefan Bohn / Roman Körner / Wolfgang Baumeister / Ruben Fernandez-Busnadiego / F Ulrich Hartl /
要旨: Chaperonins are large barrel-shaped complexes that mediate ATP-dependent protein folding. The bacterial chaperonin GroEL forms juxtaposed rings that bind unfolded protein and the lid-shaped cofactor ...Chaperonins are large barrel-shaped complexes that mediate ATP-dependent protein folding. The bacterial chaperonin GroEL forms juxtaposed rings that bind unfolded protein and the lid-shaped cofactor GroES at their apertures. In vitro analyses of the chaperonin reaction have shown that substrate protein folds, unimpaired by aggregation, while transiently encapsulated in the GroEL central cavity by GroES. To determine the functional stoichiometry of GroEL, GroES and client protein in situ, here we visualized chaperonin complexes in their natural cellular environment using cryo-electron tomography. We find that, under various growth conditions, around 55-70% of GroEL binds GroES asymmetrically on one ring, with the remainder populating symmetrical complexes. Bound substrate protein is detected on the free ring of the asymmetrical complex, defining the substrate acceptor state. In situ analysis of GroEL-GroES chambers, validated by high-resolution structures obtained in vitro, showed the presence of encapsulated substrate protein in a folded state before release into the cytosol. Based on a comprehensive quantification and conformational analysis of chaperonin complexes, we propose a GroEL-GroES reaction cycle that consists of linked asymmetrical and symmetrical subreactions mediating protein folding. Our findings illuminate the native conformational and functional chaperonin cycle directly within cells.
履歴
登録2023年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17422.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density for MetK encapsulated into the GroEL7-GroES7 cage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 196 pix.
= 213.64 Å		1.09 Å/pix.
x 196 pix.
= 213.64 Å		1.09 Å/pix.
x 196 pix.
= 213.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.373
最小 - 最大-1.6722784 - 2.8195589
平均 (標準偏差)-0.0028655261 (±0.053255085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 213.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17422_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GroEL14-GroES14-MetK2

全体名称: GroEL14-GroES14-MetK2
要素
  • 複合体: GroEL14-GroES14-MetK2
    • タンパク質・ペプチド: MetK

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超分子 #1: GroEL14-GroES14-MetK2

超分子名称: GroEL14-GroES14-MetK2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: with bound ADP-BeF3 Mg2+ K+
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.03 MDa

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分子 #1: MetK

分子名称: MetK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionine adenosyltransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEIT RNTVREIGYV HSDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD Q GLMFGYAT NETDVLMPAP ITYAHRLVQR QAEVRKNGTL PWLRPDAKSQ ...文字列:
MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEIT RNTVREIGYV HSDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD Q GLMFGYAT NETDVLMPAP ITYAHRLVQR QAEVRKNGTL PWLRPDAKSQ VTFQYDDGKI VG IDAVVLS TQHSEEIDQK SLQEAVMEEI IKPILPAEWL TSATKFFINP TGRFVIGGPM GDC GLTGRK IIVDTYGGMA RHGGGAFSGK DPSKVDRSAA YAARYVAKNI VAAGLADRCE IQVS YAIGV AEPTSIMVET FGTEKVPSEQ LTLLVREFFD LRPYGLIQML DLLHPIYKET AAYGH FGRE HFPWEKTDKA QLLRDAAGLK

UniProtKB: S-adenosylmethionine synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC7H15NO4SMOPS
200.0 mMKClPotassium chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
5.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
30.0 mMNaFSodium fluoride
5.0 mMBeSO4Beryllium sulfate
1.0 mMC10H16N5O13P3Adenosine triphosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 5.9 mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside were added before vitrification.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSparc ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 322880
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1sx3

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5opx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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