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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 | |||||||||
![]() | Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 | |||||||||
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![]() | Cyanide degrading enzyme / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||
![]() | Mulelu AE / Reitz J / van Rooyen JM / Scheffer M / Frangakis AS / Dlamini LS / Woodward JD / Benedik MJ / Sewell BT | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Role of Histidine Residues in the Oligomerization of Cyanide Dihydratase from Bacillus pumilus C1 著者: Mulelu AE / Reitz J / van Rooyen J / Scheffer M / Frangakis AS / Dlamini LS / Woodward JD / Benedik MJ / Sewell BT | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p4iMC ![]() 8c5iC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Wildtype cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1
全体 | 名称: Wildtype cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Wildtype cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1
超分子 | 名称: Wildtype cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Homo-oligomeric 18mer expressed recombinantly without a purification tag. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 0.666 kDa/nm |
-分子 #1: Cyanide dihydratase
分子 | 名称: Cyanide dihydratase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.941418 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SIYPKFRAAA VQAAPIYLNL EASVEKSCEL IDEAASNGAK LVAFPEAFLP GYPWFAFIGH PEYTRKFYHE LYKNAVEIPS LAIQKISEA AKRNETYVCI SCSEKDGGSL YLAQLWFNPN GDLIGKHRKM RASVAERLIW GDGSGSMMPV FQTEIGNLGG L MCWEHQVP ...文字列: SIYPKFRAAA VQAAPIYLNL EASVEKSCEL IDEAASNGAK LVAFPEAFLP GYPWFAFIGH PEYTRKFYHE LYKNAVEIPS LAIQKISEA AKRNETYVCI SCSEKDGGSL YLAQLWFNPN GDLIGKHRKM RASVAERLIW GDGSGSMMPV FQTEIGNLGG L MCWEHQVP LDLMAMNAQN EQVHVASWPG YFDDEISSRY YAIATQTFVL MTSSIYTEEM KEMICLTQEQ RDYFETFKSG HT CIYGPDG EPISDMVPAE TEGIAYAEID VERVIDYKYY IDPAGHYSNQ SLSMNFNQQP TPVVKHLNHQ KNEVFTYEDI UniProtKB: Cyanide dihydratase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.4 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C6H8O7 / 構成要素 - 名称: citrate |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 59.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.9 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -77 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120943 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8p4i: |