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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | In situ subtomogram average of the Prototype Foamy Virus capsid, wild-type Gag | |||||||||
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![]() | capsid / Gag / foamy virus / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å | |||||||||
![]() | Calcraft T / Nans A / Rosenthal PB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: In situ cryoEM structures of PFV 著者: Calcraft T / Lindemann D / Rosenthal PB | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 772.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 21.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 824 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 404.4 MB 404.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17309 ![]() 17311 ![]() 17312 ![]() 17313 ![]() 17314 ![]() 17315 ![]() 17316 ![]() 17317 ![]() 17318 ![]() 17320 ![]() 17321 ![]() 17322 ![]() 8ozhC ![]() 8ozjC ![]() 8ozkC ![]() 8ozlC ![]() 8ozmC ![]() 8oznC ![]() 8ozpC ![]() 8ozqC C: 同じ文献を引用 ( |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Eastern chimpanzee simian foamy virus
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern chimpanzee simian foamy virus
超分子 | 名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2170195 / 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 13 |
-分子 #1: Gag protein
分子 | 名称: Gag protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MASGSNVEEY ELDVEALVVI LRDRNIPRNP LHGEVIGLRL TEGWWGQIER FQMVRLILQN DDNEPLQRPR YEVIQRAVNP HTMFMISGPL AELQLAFQDL DLPEGPLRFG PLANGHYVQG DPYSSSYRPV TMAETAQMTR DELEDVLNTQ SEIEIQMINL LELYEVETRA ...文字列: MASGSNVEEY ELDVEALVVI LRDRNIPRNP LHGEVIGLRL TEGWWGQIER FQMVRLILQN DDNEPLQRPR YEVIQRAVNP HTMFMISGPL AELQLAFQDL DLPEGPLRFG PLANGHYVQG DPYSSSYRPV TMAETAQMTR DELEDVLNTQ SEIEIQMINL LELYEVETRA LRRQLAERSS TGQGGISPGA PRSRPPVSSF SGLPSLPSIP GIHPRAPSPP RATSTPGNIP WSLGDDNPPS SSFPGPSQPR VSFHPGNPFV EEEGHRPRSQ SRERRREILP APVPSAPPMI QYIPVPPPPP IGTVIPIQHI RSVTGEPPRN PREIPIWLGR NAPAIDGVFP VTTPDLRCRI INAILGGNIG LSLTPGDCLT WDSAVATLFI RTHGTFPMHQ LGNVIKGIVD QEGVATAYTL GMMLSGQNYQ LVSGIIRGYL PGQAVVTALQ QRLDQEIDDQ TRAETFIQHL NAVYEILGLN ARGQSIRASV TPQPRPSRGR GRGQNTSRPS QGPANSGRGR QRPASGQSNR GSSTQNQNQD NLNQGGYNLR PRTYQPQRYG GGRGRRWNDN TNNQESRPSD QGSQTPRPNQ AGSGVRGNQS QTPRPAAGRG GRGNHNRNQR SSGAGDSRAV NTVTQSATSS TDESSSAVTA ASGGDQRD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 2.62 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |