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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17201 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 AAA+/ssDNA) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 AAA /ssDNA) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Replisome / DONSON / DNA replication / Initiation / REPLICATION | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenkyn-Bedford M / Yeeles JTP | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: DNSN-1 recruits GINS for CMG helicase assembly during DNA replication initiation in . 著者: Yisui Xia / Remi Sonneville / Michael Jenkyn-Bedford / Liqin Ji / Constance Alabert / Ye Hong / Joseph T P Yeeles / Karim P M Labib / 要旨: Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that ...Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that are not present in yeast. In this work, we show that DNSN-1, the ortholog of human DONSON, functions during helicase assembly in a complex with MUS-101/TOPBP1. DNSN-1 is required to recruit the GINS complex to chromatin, and a cryo-electron microscopy structure indicates that DNSN-1 positions GINS on the MCM-2-7 helicase motor (comprising the six MCM-2 to MCM-7 proteins), by direct binding of DNSN-1 to GINS and MCM-3, using interfaces that we show are important for initiation and essential for viability. These findings identify DNSN-1 as a missing link in our understanding of DNA replication initiation, suggesting that initiation defects underlie the human disease syndrome that results from DONSON mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17201.map.gz | 70 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17201-v30.xml emd-17201.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17201.png | 112 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17201.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_17201_half_map_1.map.gz emd_17201_half_map_2.map.gz | 87.5 MB 87.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17201 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17201 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17201_validation.pdf.gz | 690.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17201_full_validation.pdf.gz | 689.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17201_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17201_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17201 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17201 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 AAA /ssDNA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.295 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map 1. Cryo-EM density map of the C....
ファイル | emd_17201_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1. Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 AAA /ssDNA) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2. Cryo-EM density map of the C....
ファイル | emd_17201_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2. Cryo-EM density map of the C. elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA (Multi-body Refinement MCM-2-7 AAA /ssDNA) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG heli...
全体 | 名称: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG heli...
超分子 | 名称: In vitro reconstituted complex of Caenorhabditis elegans CMG helicase bound by TIM-1/TIPN-1 and a homodimer of DNSN-1, on a synthetic forked DNA substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16 詳細: All Caenorhabditis elegans proteins recombinantly expressed in either Saccharomyces cerevisiae (CMG helicase, TIM-1/TIPN-1) or Escherichia coli Rosetta (DE3) Competent cells (DNSN-1) |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 詳細: PELCO easyGlow. 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual plunger. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 10825 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 40.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |