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- EMDB-17044: Cryo-EM structure of P5A-ATPase CtSpf1 (E2.Pi state with endogeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17044
タイトルCryo-EM structure of P5A-ATPase CtSpf1 (E2.Pi state with endogenous helix cargo bound)
マップデータ
試料
  • 複合体: CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state
    • 複合体: Unknown helix
      • タンパク質・ペプチド: Unknown helix
    • 複合体: Cation-transporting ATPase-like protein
      • タンパク質・ペプチド: Cation-transporting ATPase-like protein
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードtranslocase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein dislocase activity / P-type ion transporter activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / intracellular calcium ion homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / P5A-ATPase, transmembrane helical hairpin / P-type ATPase, subfamily V / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily ...: / : / P5A-ATPase, transmembrane helical hairpin / P-type ATPase, subfamily V / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-transporting ATPase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Li P / Gourdon P
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 4件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation2020.0194 スウェーデン
Swedish Research Council2022-01315 スウェーデン
The Crafoord Foundation20200739 スウェーデン
LundbeckfondenR346-2020-2019 デンマーク
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structure and function of P5A-ATPases.
著者: Ping Li / Viktoria Bågenholm / Per Hägglund / Karin Lindkvist-Petersson / Kaituo Wang / Pontus Gourdon /
要旨: Endoplasmic reticulum (ER) membrane resident P5A-ATPases broadly affect protein biogenesis and quality control, and yet their molecular function remains debated. Here, we report cryo-EM structures of ...Endoplasmic reticulum (ER) membrane resident P5A-ATPases broadly affect protein biogenesis and quality control, and yet their molecular function remains debated. Here, we report cryo-EM structures of a P5A-ATPase, CtSpf1, covering multiple transport intermediates of the E1 → E1-ATP → E1P-ADP → E1P → E2P → E2.P → E2 → E1 cycle. In the E2P and E2.P states a cleft spans the entire membrane, holding a polypeptide cargo molecule. The cargo includes an ER luminal extension, pinpointed as the C-terminus in the E2.P state, which reenters the membrane in E2P. The E1 structure harbors a cytosol-facing cavity that is blocked by an insertion we refer to as the Plug-domain. The Plug-domain is nestled to key ATPase features and is displaced in the E1P-ADP and E1P states. Collectively, our findings are compatible with a broad range of proteins as cargo, with the P5A-ATPases serving a role in membrane removal of helices, although insertion/secretion cannot be excluded, as well as with a mechanistic role of the Plug-domain.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Li P / Gourdon P
履歴
登録2023年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 270.848 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.7246241 - 1.1276898
平均 (標準偏差)0.0009527291 (±0.025518171)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 270.84802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17044_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17044_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state

全体名称: CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state
要素
  • 複合体: CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state
    • 複合体: Unknown helix
      • タンパク質・ペプチド: Unknown helix
    • 複合体: Cation-transporting ATPase-like protein
      • タンパク質・ペプチド: Cation-transporting ATPase-like protein
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state

超分子名称: CtSpf1 with AlF4 bound E2.Pi state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Unknown helix

超分子名称: Unknown helix / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: Cation-transporting ATPase-like protein

超分子名称: Cation-transporting ATPase-like protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: Unknown helix

分子名称: Unknown helix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 2.656265 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #2: Cation-transporting ATPase-like protein

分子名称: Cation-transporting ATPase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 149.103156 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAPLVDNPQI KSAELLRPLP LYQHAYVWPY VIVWPVFLRV YLTQELYDKY IGAQEWTFVW IISIVTFQTL TWLCTHWSVN LNALFTAKK ASSIEDAQLI KVIPVANAGA ADICKLVRDK VGDNKTNISF LFQKRRFLWY PERKAFSTLE FDIDAEPKPT L SKFQLSRG ...文字列:
MAPLVDNPQI KSAELLRPLP LYQHAYVWPY VIVWPVFLRV YLTQELYDKY IGAQEWTFVW IISIVTFQTL TWLCTHWSVN LNALFTAKK ASSIEDAQLI KVIPVANAGA ADICKLVRDK VGDNKTNISF LFQKRRFLWY PERKAFSTLE FDIDAEPKPT L SKFQLSRG IESEDELKRL EQHYGTNTFD IPVPTFTELF KEHAVAPFFV FQVFCVGLWL LDEYWYYSLF TLVMLVVFES TV VWQRQRT LTEFRSMSIK PYPIYVYRLG KWTEIQSDKL LPGDLVSVTR TKEDSGVACD MILVEGTAIV NEAMLSGEST PLL KDSIQL RPGDAVLEVD GLDKNSLLWG GTKVLQITHG TAEEERPKPA SGIPPPPDNG AMAVVTKTGF ETSQGSLVRT MIYS TERVS ANNTEALLFI LFLLVFALAA SWYVWDEGVR KDRKRSKLLL DCILIITSVV PPELPMELSL AVNTSLSALA KFAIF CTEP FRIPFAGRID VACFDKTGTL TGEDLVVEGI AGLGLGHSGT DTPKEADGAH TRMVSVHDAG METTLVLATA HALVKL DEG EIVGDPMEKA TLNALGWVLG KNDTLTSKPG NAASSGILGT VQIKRRFQFS SALKRQSSVA TITATEVKTG RKLRGSF VG VKGAPETIMK MLVTVPEHYE ETYKYFTRRG SRVLALAYKQ LTTEGELGAN KINDLKRESV EADLHFAGFL VLQCPLKE D AKQAVRMLNE SSHRVVMITG DNPLTAVHVA KEVEIVDRDV LILDAPEHSV YGEESLVWRS VDDKIRIDVD PTKPIDPEI LKTKDLCVTG YALNKFKGQV GWKSLLRYTW VYARVSPKQK EDILLGLKDM GYYTLMAGDG TNDVGALKQA HVGVALLNGT QEDLNRIAE HTRNQKMKEL YQKQVDLMAR WGQPPPPVPA MIAHLYPPGP SNPHYQKAME REAQKRGVTV EQLAKVNGTN V TSNPAGVQ QQSGQDAKKA KQVEAAKKAA NFADKLTSSL MEAEMDDEPP TLKLGDASVA APFTSKLRNV MAIPNILRQG RC TLVATIQ MYKILALNCL ISAYSLSVLY LEGIKFGDGQ ITISGMLMSV CFLSISRARS VEGLSKERPQ PNIFNFYIIG SIL GQFAVH VATLIYIAQL CDQIEPRTEV IDLEAEFKPS LLNSAVYLLQ LIQQISTFAV NYQGRPFRES LSENKGMFYG IVGV TAIAF ACSTEMLPEL NEAMKLVPFN ENFKTIMTTV MIIDFVACYV IEWVLKKLFS DLRARDIAER RPDQLERERV RKEKE AREK EEEEERKERE RIEAFERRLE EKRTRLVEAA AQREQQQQQW AQRR

UniProtKB: Cation-transporting ATPase-like protein

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分子 #3: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185340
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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