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- EMDB-1704: Sub-tomogram average of Tula Hantavirus membrane glycoprotein lattice -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1704
タイトルSub-tomogram average of Tula Hantavirus membrane glycoprotein lattice
マップデータSub-tomogram average of Tula Hantavirus membrane glycoprotein lattice
試料
  • 試料: Tula hantavirus
  • ウイルス: Hantavirus (ウイルス)
キーワードTula / hantavirus / bunyavirus / bunyaviridae / glycoprotein N / glycoprotein G / membrane
生物種Hantavirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Huiskonen JT / Hepojoki J / Laurinmaki P / Vaheri A / Lankinen H / Butcher SJ / Grunewald K
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Electron cryotomography of Tula hantavirus suggests a unique assembly paradigm for enveloped viruses.
著者: Juha T Huiskonen / Jussi Hepojoki / Pasi Laurinmäki / Antti Vaheri / Hilkka Lankinen / Sarah J Butcher / Kay Grünewald /
要旨: Hantaviruses (family Bunyaviridae) are rodent-borne emerging viruses that cause a serious, worldwide threat to human health. Hantavirus diseases include hemorrhagic fever with renal syndrome and ...Hantaviruses (family Bunyaviridae) are rodent-borne emerging viruses that cause a serious, worldwide threat to human health. Hantavirus diseases include hemorrhagic fever with renal syndrome and hantavirus cardiopulmonary syndrome. Virions are enveloped and contain a tripartite single-stranded negative-sense RNA genome. Two types of glycoproteins, G(N) and G(C), are embedded in the viral membrane and form protrusions, or "spikes." The membrane encloses a ribonucleoprotein core, which consists of the RNA segments, the nucleocapsid protein, and the RNA-dependent RNA polymerase. Detailed information on hantavirus virion structure and glycoprotein spike composition is scarce. Here, we have studied the structures of Tula hantavirus virions using electron cryomicroscopy and tomography. Three-dimensional density maps show how the hantavirus surface glycoproteins, membrane, and ribonucleoprotein are organized. The structure of the G(N)-G(C) spike complex was solved to 3.6-nm resolution by averaging tomographic subvolumes. Each spike complex is a square-shaped assembly with 4-fold symmetry. Spike complexes formed ordered patches on the viral membrane by means of specific lateral interactions. These interactions may be sufficient for creating membrane curvature during virus budding. In conclusion, the structure and assembly principles of Tula hantavirus exemplify a unique assembly paradigm for enveloped viruses.
履歴
登録2010年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年3月19日-
マップ公開2010年6月1日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1704.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of Tula Hantavirus membrane glycoprotein lattice
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.02406 - 2.14897
平均 (標準偏差)0.19917 (±0.28403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-45-45-45
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 401.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.464.464.46
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.400401.400401.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-45-45-45
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-1.0242.1490.199

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tula hantavirus

全体名称: Tula hantavirus
要素
  • 試料: Tula hantavirus
  • ウイルス: Hantavirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Tula hantavirus

超分子名称: Tula hantavirus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Hantavirus

超分子名称: Hantavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Tula hantavirus / NCBI-ID: 11598 / 生物種: Hantavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Tula hantavirus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Glycoprotein shell

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 135 mM NaCl
グリッド詳細: Cflat R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: MPI custom plunger / 手法: Blot 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度平均: 77 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 67300 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Polara / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 61. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft, jsubtomo
詳細: Sub-tomogram average calculated using 2,353 aligned spikes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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