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万見
- EMDB-17035: Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17035
タイトルSubsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
マップデータSubsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: RSV recombinant nucleocapsid
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードN-RNA / RSV / nucleoprotein / nucleocapsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gonnin L / Desfosses A / Eleouet JF / Galloux M / Gutsche I
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR DecRisp ANR-19-CE11-0017-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural landscape of the respiratory syncytial virus nucleocapsids.
著者: Lorène Gonnin / Ambroise Desfosses / Maria Bacia-Verloop / Didier Chevret / Marie Galloux / Jean-François Éléouët / Irina Gutsche /
要旨: Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and ...Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and a scaffold for the virion assembly. This cryo-electron microscopy analysis reveals the non-canonical arrangement of the HRSV nucleocapsid helix, composed of 16 nucleoproteins per asymmetric unit, and the resulting systematic variations in the RNA accessibility. We demonstrate that this unique helical symmetry originates from longitudinal interactions by the C-terminal arm of the HRSV nucleoprotein. We explore the polymorphism of the nucleocapsid-like assemblies, report five structures of the full-length particles and two alternative arrangements formed by a C-terminally truncated nucleoprotein mutant, and demonstrate the functional importance of the identified longitudinal interfaces. We put all these findings in the context of the HRSV RNA synthesis machinery and delineate the structural basis for its further investigation.
履歴
登録2023年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 503.8 Å		1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 503.8 Å		1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 503.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.2832341 - 1.8835288
平均 (標準偏差)-0.00016830345 (±0.027739635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 503.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory...

ファイルemd_17035_half_map_1.map
注釈Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus. Half A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory...

ファイルemd_17035_half_map_2.map
注釈Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus. Half B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RSV recombinant nucleocapsid

全体名称: RSV recombinant nucleocapsid
要素
  • 細胞器官・細胞要素: RSV recombinant nucleocapsid
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

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超分子 #1: RSV recombinant nucleocapsid

超分子名称: RSV recombinant nucleocapsid / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 41.971152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ALSKVKLNDT LNKDQLLSSS KYTIQRSTGD SIDTPNYDVQ KHINKLCGML LITEDANHKF TGLIGMLYAM SRLGREDTIK ILRDAGYHV KANGVDVTTH RQDINGKEMK FEVLTLASLT TEIQINIEIE SRKSYKKMLK EMGEVAPEYR HDSPDCGMII L CIAALVIT ...文字列:
ALSKVKLNDT LNKDQLLSSS KYTIQRSTGD SIDTPNYDVQ KHINKLCGML LITEDANHKF TGLIGMLYAM SRLGREDTIK ILRDAGYHV KANGVDVTTH RQDINGKEMK FEVLTLASLT TEIQINIEIE SRKSYKKMLK EMGEVAPEYR HDSPDCGMII L CIAALVIT KLAAGDRSGL TAVIRRANNV LKNEMKRYKG LLPKDIANSF YEVFEKHPHF IDVFVHFGIA QSSTRGGSRV EG IFAGLFM NAYGAGQVML RWGVLAKSVK NIMLGHASVQ AEMEQVVEVY EYAQKLGGEA GFYHILNNPK ASLLSLTQFP HFS SVVLGN AAGLGIMGEY RGTPRNQDLY DAAKAYAEQL KENGVINYSV LDLTAEELEA IK

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 2.091315 KDa
配列文字列:
CCCCCCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 389540
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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