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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17034 | |||||||||
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タイトル | Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respiratory Syncytial Virus | |||||||||
マップデータ | Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the Respiratory Syncytial Virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | N-RNA / nucleoprotein / nucleocapsidn RSV / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A strain Long (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Gonnin L / Desfosses A / Gutsche I | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural landscape of the respiratory syncytial virus nucleocapsids. 著者: Lorène Gonnin / Ambroise Desfosses / Maria Bacia-Verloop / Didier Chevret / Marie Galloux / Jean-François Éléouët / Irina Gutsche / 要旨: Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and ...Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and a scaffold for the virion assembly. This cryo-electron microscopy analysis reveals the non-canonical arrangement of the HRSV nucleocapsid helix, composed of 16 nucleoproteins per asymmetric unit, and the resulting systematic variations in the RNA accessibility. We demonstrate that this unique helical symmetry originates from longitudinal interactions by the C-terminal arm of the HRSV nucleoprotein. We explore the polymorphism of the nucleocapsid-like assemblies, report five structures of the full-length particles and two alternative arrangements formed by a C-terminally truncated nucleoprotein mutant, and demonstrate the functional importance of the identified longitudinal interfaces. We put all these findings in the context of the HRSV RNA synthesis machinery and delineate the structural basis for its further investigation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17034.map.gz | 32.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17034-v30.xml emd-17034.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17034.png | 192.5 KB | ||
その他 | emd_17034_half_map_1.map.gz emd_17034_half_map_2.map.gz | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17034 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17034_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17034_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17034_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17034_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17034 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17034 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the Respiratory Syncytial Virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the...
ファイル | emd_17034_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the Respiratory Syncytial Virus. Half A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the...
ファイル | emd_17034_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the Respiratory Syncytial Virus. Half B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respirator...
全体 | 名称: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respiratory Syncytial Virus |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respirator...
超分子 | 名称: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respiratory Syncytial Virus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Helical nucleocapsid formed by the C-terminallt truncated nucleoprotein (N1-370) of the human respiratory syncytial virus upon overexpression in insect cells and non specific encapsidation of cellular RNA |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A strain Long (ウイルス) |
-分子 #1: Truncated nucleoprotein of the human respiratory syncytial virus ...
分子 | 名称: Truncated nucleoprotein of the human respiratory syncytial virus A strain Long タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: C-terminally truncated mutant of the nucleoprotein N of human RSV (N1-370) 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A strain Long (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYHV KANGVDVTTH RQDINGKEMK FEVLTLASLT TEIQINIEIE SRKSYKKMLK EMGEVAPEYR HDSPDCGMII LCIAALVITK ...文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYHV KANGVDVTTH RQDINGKEMK FEVLTLASLT TEIQINIEIE SRKSYKKMLK EMGEVAPEYR HDSPDCGMII LCIAALVITK LAAGDRSGLT AVIRRANNVL KNEMKRYKGL LPKDIANSFY EVFEKHPHFI DVFVHFGIAQ SSTRGGSRVE GIFAGLFMNA YGAGQVMLRW GVLAKSVKNI MLGHASVQAE MEQVVEVYEY AQKLGGEAGF YHILNNPKAS LLSLTQFPHF SSVVLGNAAG LGIMGEYRGT PRNQDLYDAA KAYAEQLKEN GVINYSVLDL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.58 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -36 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 329706 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |