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- EMDB-1696: Outer Dynein arms with a Microtubule Doublet in the absence of nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1696
タイトルOuter Dynein arms with a Microtubule Doublet in the absence of nucleotides
マップデータThis is an image of outer dynein arms on a microtubule doublet in flagella
試料
  • 試料: Outer dynein arm, microtubule doublet
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella
キーワードDynein / flagella / tubulin / microtubule / motility
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.0 Å
データ登録者Movassagh T / Bui KH / Sakakibara H / Oiwa K / Ishikawa T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Nucleotide-induced global conformational changes of flagellar dynein arms revealed by in situ analysis.
著者: Tandis Movassagh / Khanh Huy Bui / Hitoshi Sakakibara / Kazuhiro Oiwa / Takashi Ishikawa /
要旨: Outer and inner dynein arms generate force for the flagellar/ciliary bending motion. Although nucleotide-induced structural change of dynein heavy chains (the ATP-driven motor) was proven in vitro, ...Outer and inner dynein arms generate force for the flagellar/ciliary bending motion. Although nucleotide-induced structural change of dynein heavy chains (the ATP-driven motor) was proven in vitro, our lack of knowledge in situ has precluded an understanding of the bending mechanism. Here we reveal nucleotide-induced global structural changes of the outer and inner dynein arms of Chlamydomonas reinhardtii flagella in situ using electron cryotomography. The ATPase domains of the dynein heavy chains move toward the distal end, and the N-terminal tail bends sharply during product release. This motion could drive the adjacent microtubule to cause a sliding motion. In contrast to in vitro results, in the presence of nucleotides, outer dynein arms coexist as clusters of apo or nucleotide-bound forms in situ. This implies a cooperative switching, which may be related to the mechanism of bending.
履歴
登録2010年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年5月13日-
マップ公開2010年5月13日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1696apo.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of outer dynein arms on a microtubule doublet in flagella
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.85 Å/pix.
x 54 pix.
= 369.9 Å		6.85 Å/pix.
x 128 pix.
= 808.3 Å		6.85 Å/pix.
x 118 pix.
= 876.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-5.78843 - 9.157579999999999
平均 (標準偏差)0.176986 (±1.62343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ12811854
Spacing12811854
セルA: 876.8 Å / B: 808.3 Å / C: 369.9 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.856.856.85
M x/y/z12811854
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z876.800808.300369.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS11812854
D min/max/mean-5.7889.1580.177

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer dynein arm, microtubule doublet

全体名称: Outer dynein arm, microtubule doublet
要素
  • 試料: Outer dynein arm, microtubule doublet
  • 細胞器官・細胞要素: Flagella

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超分子 #1000: Outer dynein arm, microtubule doublet

超分子名称: Outer dynein arm, microtubule doublet / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was flagella in situ
集合状態: One heterotrimer binds to one microtubule doublet
Number unique components: 1

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超分子 #1: Flagella

超分子名称: Flagella / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Outer dynein arm and Microtubule doublet / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
別称: Green algae / 細胞: Chlamydomonas reinhardtii / Organelle: Flagella / 細胞中の位置: Axoneme

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES (pH 7.4), 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 1 mM EGTA, 50 mM Potassium Acetate, 0.5% (w/v) Polyethylene Glycol (MW 20,000)
グリッド詳細: 300 mesh lacey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 10.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.85 µm / 実像数: 1200 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average number of projections used in the 3D reconstructions: 6000. Average number of class averages: 1.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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