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万見
- EMDB-16913: Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16913
タイトルStructure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry)
マップデータ
試料
  • 複合体: MlaCD (2:6 stoichiometry)
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter substrate-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type organic solvent transporter
キーワードOuter membrane / phospholipids / gram-negative bacteria / lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / phospholipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / Mce/MlaD / MlaD protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC-type organic solvent transporter / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å
データ登録者Wotherspoon P / Bui S / Sridhar P / Bergeron JRC / Knowles TJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the MlaC-MlaD complex reveals novel insights into periplasmic phospholipid transport processes
著者: Wotherspoon P / Bui S / Sridhar P / Ratkeviciute G / Colburn J / Johnston H / Cooper BF / Bryant JA / Hughes GW / Stransfeld PJ / Bergeron JRC / Knowles TJ
履歴
登録2023年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.29244334 - 0.43565294
平均 (標準偏差)0.0010002712 (±0.012610169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 248.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MlaCD (2:6 stoichiometry)

全体名称: MlaCD (2:6 stoichiometry)
要素
  • 複合体: MlaCD (2:6 stoichiometry)
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter substrate-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: ABC-type organic solvent transporter

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超分子 #1: MlaCD (2:6 stoichiometry)

超分子名称: MlaCD (2:6 stoichiometry) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: ABC-type organic solvent transporter

分子名称: ABC-type organic solvent transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 19.593133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQTKKNEIWV GIFLLAALLA ALFVCLKAAN VTSIRTEPTY TLYATFDNIG GLKARSPVSI GGVVVGRVAD ITLDPKTYLP RVTLEIEQR YNHIPDTSSL SIRTSGLLGE QYLALNVGFE DPELGTAILK DGDTIQDTKS AMVLEDLIGQ FLYGSKGDDN K NSGDAPAA APGNNETTEP VGTTK

UniProtKB: ABC-type organic solvent transporter

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分子 #2: ABC transporter substrate-binding protein

分子名称: ABC transporter substrate-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.989559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFKRLMMVAL LVIAPLSAAT AADQTNPYKL MDEAAQKTFD RLKNEQPQIR ANPDYLRTIV DQELLPYVQV KYAGALVLGQ YYKSATPAQ REAYFAAFRE YLKQAYGQAL AMYHGQTYQI APEQPLGDKT IVPIRVTIID PNGRPPVRLD FQWRKNSQTG N WQAYDMIA ...文字列:
MFKRLMMVAL LVIAPLSAAT AADQTNPYKL MDEAAQKTFD RLKNEQPQIR ANPDYLRTIV DQELLPYVQV KYAGALVLGQ YYKSATPAQ REAYFAAFRE YLKQAYGQAL AMYHGQTYQI APEQPLGDKT IVPIRVTIID PNGRPPVRLD FQWRKNSQTG N WQAYDMIA EGVSMITTKQ NEWGTLLRTK GIDGLTAQLK SISQQKITLE EKK

UniProtKB: ABC transporter substrate-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58259
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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