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- EMDB-16824: Cryo-EM structure of a pre-dimerized human IL-23 complete extrace... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16824
タイトルCryo-EM structure of a pre-dimerized human IL-23 complete extracellular signaling complex.
マップデータMain map: Unfiltered, non-sharpened map of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex used for model refinement in Phenix. Additional map: deepEMhancer sharpened map.
試料
  • 複合体: Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-23 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-23 receptor,Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / Cytokine / Receptor / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...prolactin receptor activity / late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / cellular response to hydroperoxide / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / defense response to tumor cell / positive regulation of NK T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-12 signaling / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / response to UV-B / positive regulation of neutrophil chemotaxis / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / syntaxin-1 binding / Reduction of cytosolic Ca++ levels / T-helper 1 type immune response / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / defense response to protozoan / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / cytokine binding / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / Uptake and function of anthrax toxins / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Long-term potentiation / protein phosphatase activator activity / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DARPP-32 events / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of protein secretion / detection of calcium ion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of cardiac muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Death-associated protein kinase 1 / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Death-associated protein kinase 1 / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Roc domain profile. / Roc domain / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Four-helical cytokine-like, core / : / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / EF-hand domain pair / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / EF-hand, calcium binding motif / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-12 receptor subunit beta-1 / Death-associated protein kinase 1 / Interleukin-23 receptor / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bloch Y / Felix J / Savvides SN
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0B4918N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of complete extracellular receptor assemblies mediated by IL-12 and IL-23.
著者: Yehudi Bloch / Jan Felix / Romain Merceron / Mathias Provost / Royan Alipour Symakani / Robin De Backer / Elisabeth Lambert / Ahmad R Mehdipour / Savvas N Savvides /
要旨: Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into ...Cell-surface receptor complexes mediated by pro-inflammatory interleukin (IL)-12 and IL-23, both validated therapeutic targets, are incompletely understood due to the lack of structural insights into their complete extracellular assemblies. Furthermore, there is a paucity of structural details describing the IL-12-receptor interaction interfaces, in contrast to IL-23-receptor complexes. Here we report structures of fully assembled mouse IL-12/human IL-23-receptor complexes comprising the complete extracellular segments of the cognate receptors determined by electron cryo-microscopy. The structures reveal key commonalities but also surprisingly diverse features. Most notably, whereas IL-12 and IL-23 both utilize a conspicuously presented aromatic residue on their α-subunit as a hotspot to interact with the N-terminal Ig domain of their high-affinity receptors, only IL-12 juxtaposes receptor domains proximal to the cell membrane. Collectively, our findings will help to complete our understanding of cytokine-mediated assemblies of tall cytokine receptors and will enable a cytokine-specific interrogation of IL-12/IL-23 signaling in physiology and disease.
履歴
登録2023年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16824.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map: Unfiltered, non-sharpened map of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex used for model refinement in Phenix. Additional map: deepEMhancer sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 320 pix.
= 314.08 Å		0.98 Å/pix.
x 320 pix.
= 314.08 Å		0.98 Å/pix.
x 320 pix.
= 314.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9815 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.21190277 - 0.52166134
平均 (標準偏差)0.00028738737 (±0.010982596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 314.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16824_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex,...

ファイルemd_16824_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex, used for model building in Coot and visualization.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex....

ファイルemd_16824_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex....

ファイルemd_16824_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the human IL23:IL12Rbeta1-DAPK1:IL23R-Calmodulin complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.

全体名称: Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.
要素
  • 複合体: Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-23 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-23 receptor,Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.

超分子名称: Human IL-23 in complex with hIL-12Rbeta1-DAPK1 and hIL-23R-Calmodulin.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 168 KDa

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分子 #1: Interleukin-12 subunit beta

分子名称: Interleukin-12 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-glycosylation mutant: Asparagine 303 (N303) is mutated to Aspartic acid (D303).
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.74093 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGI WSTDILKDQK EPKNKTFLRC EAKNYSGRFT CWWLTTISTD LTFSVKSSRG SSDPQGVTCG AATLSAERVR G DNKEYEYS ...文字列:
IWELKKDVYV VELDWYPDAP GEMVVLTCDT PEEDGITWTL DQSSEVLGSG KTLTIQVKEF GDAGQYTCHK GGEVLSHSLL LLHKKEDGI WSTDILKDQK EPKNKTFLRC EAKNYSGRFT CWWLTTISTD LTFSVKSSRG SSDPQGVTCG AATLSAERVR G DNKEYEYS VECQEDSACP AAEESLPIEV MVDAVHKLKY ENYTSSFFIR DIIKPDPPKN LQLKPLKNSR QVEVSWEYPD TW STPHSYF SLTFCVQVQG KSKREKKDRV FTDKTSATVI CRKDASISVR AQDRYYSSSW SEWASVPCS

UniProtKB: Interleukin-12 subunit beta

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分子 #2: Interleukin-23 subunit alpha

分子名称: Interleukin-23 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.650117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RAVPGGSSPA WTQCQQLSQK LCTLAWSAHP LVGHMDLREE GDEETTNDVP HIQCGDGCDP QGLRDNSQFC LQRIHQGLIF YEKLLGSDI FTGEPSLLPD SPVGQLHASL LGLSQLLQPE GHHWETQQIP SLSPSQPWQR LLLRFKILRS LQAFVAVAAR V FAHGAATL SPGDEVDGHH HHHHHHHH

UniProtKB: Interleukin-23 subunit alpha

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分子 #3: Interleukin-23 receptor,Calmodulin-1

分子名称: Interleukin-23 receptor,Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.991391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GITNINCSGH IWVEPATIFK MGMNISIYCQ AAIKNCQPRK LHFYKNGIKE RFQITRINKT TARLWYKNFL EPHASMYCTA ECPKHFQET LICGKDISSG YPPDIPDEVT CVIYEYSGNM TCTWNAGKLT YIDTKYVVHV KSLETEEEQQ YLTSSYINIS T DSLQGGKK ...文字列:
GITNINCSGH IWVEPATIFK MGMNISIYCQ AAIKNCQPRK LHFYKNGIKE RFQITRINKT TARLWYKNFL EPHASMYCTA ECPKHFQET LICGKDISSG YPPDIPDEVT CVIYEYSGNM TCTWNAGKLT YIDTKYVVHV KSLETEEEQQ YLTSSYINIS T DSLQGGKK YLVWVQAANA LGMEESKQLQ IHLDDIVIPS AAVISRAETI NATVPKTIIY WDSQTTIEKV SCEMRYKATT NQ TWNVKEF DTNFTYVQQS EFYLEPNIKY VFQVRCQETG KRYWQPWSSL FFHKTPETVP QVTSKAFQHD TWNSGLTVAS IST GHLTSD NRGDGTGGSG GSGGLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTI DFPEF LTMMARKMKD TDSEEEIREA FRVFDKDGNG YISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVQ MMTA K

UniProtKB: Interleukin-23 receptor, Calmodulin-1

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分子 #4: Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein k...

分子名称: Interleukin-12 receptor subunit beta-1,Death-associated protein kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.187316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CRTSECCFQD PPYPDADSGS ASGPRDLRCY RISSDRYECS WQYEGPTAGV SHFLRCCLSS GRCCYFAAGS ATRLQFSDQA GVSVLYTVT LWVESWARNQ TEKSPEVTLQ LYNSVKYEPP LGDIKVSKLA GQLRMEWETP DNQVGAEVQF RHRTPSSPWK L GDCGPQDD ...文字列:
CRTSECCFQD PPYPDADSGS ASGPRDLRCY RISSDRYECS WQYEGPTAGV SHFLRCCLSS GRCCYFAAGS ATRLQFSDQA GVSVLYTVT LWVESWARNQ TEKSPEVTLQ LYNSVKYEPP LGDIKVSKLA GQLRMEWETP DNQVGAEVQF RHRTPSSPWK L GDCGPQDD DTESCLCPLE MNVAQEFQLR RRQLGSQGSS WSKWSSPVCV PPENPPQPQV RFSVEQLGQD GRRRLTLKEQ PT QLELPEG CQGLAPGTEV TYRLQLHMLS CPCKAKATRT LHLGKMPYLS GAAYNVAVIS SNQFGPGLNQ TWHIPADTHT EPV ALNISV GTNGTTMYWP ARAQSMTYCI EWQPVGQDGG LATCSLTAPQ DPDPAGMATY SWSRESGAMG QEKCYYITIF ASAH PEKLT LWSTVLSTYH FGGNASAAGT PHHVSVKNHS LDSVSVDWAP SLLSTCPGVL KEYVVRCRDE DSKQVSEHPV QPTET QVTL SGLRAGVAYT VQVRADTAWL RGVWSQPQRF SIEGTGGSGG SGGAARKKWK QSVRLISLCQ RLS

UniProtKB: Interleukin-12 receptor subunit beta-1, Death-associated protein kinase 1

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
5.0 mMCaClcalcium chloride

詳細: HEPES-buffered saline (HBS) with added calcium chloride: 25 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: Leica EM GP2, 4.5 s. blotting time..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6660 / 平均露光時間: 3.37 sec. / 平均電子線量: 61.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2053974
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 315005
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8oe4:
Cryo-EM structure of a pre-dimerized human IL-23 complete extracellular signaling complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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