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万見
- EMDB-1671: The structure of a rabbit ribosome with an A-P' hybrid state tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1671
タイトルThe structure of a rabbit ribosome with an A-P' hybrid state tRNA and EF-2
マップデータThis is a reconstruction of a rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot in an mRNA with distorted A-P' hybrid state tRNA and EF-2.
試料
  • 試料: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing mRNA with an A-P' hybrid-state tRNA and EF2
  • 細胞器官・細胞要素: Ribosome
  • 細胞器官・細胞要素: Elongation factor 2
  • RNA: Infectious bronchitis virus mRNA
  • RNA: tRNA
キーワードRibosome / mRNA / tRNA / stem-loop
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.3 Å
データ登録者Flanagan IV JF / Namy O / Brierley I / Gilbert RJC
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Direct observation of distinct A/P hybrid-state tRNAs in translocating ribosomes.
著者: John F Flanagan / Olivier Namy / Ian Brierley / Robert J C Gilbert /
要旨: Transfer RNAs (tRNAs) link the genetic code in the form of messenger RNA (mRNA) to protein sequence. Translocation of tRNAs through the ribosome from aminoacyl (A) site to peptidyl (P) site and from ...Transfer RNAs (tRNAs) link the genetic code in the form of messenger RNA (mRNA) to protein sequence. Translocation of tRNAs through the ribosome from aminoacyl (A) site to peptidyl (P) site and from P site to exit site is catalyzed in eukaryotes by the translocase elongation factor 2 (EF-2) and in prokaryotes by its homolog EF-G. During tRNA movement one or more "hybrid" states (A/P) is occupied, but molecular details of them and of the translocation process are limited. Here we show by cryo-electron microscopy that a population of mammalian ribosomes stalled at an mRNA pseudoknot structure contains structurally distorted tRNAs in two different A/P hybrid states. In one (A/P'), the tRNA is in contact with the translocase EF-2, which induces it. In the other (A/P''), the translocase is absent. The existence of these alternative A/P intermediate states has relevance to our understanding of the mechanics and kinetics of translocation.
履歴
登録2009年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月9日-
マップ公開2010年4月9日-
更新2010年4月9日-
現状2010年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1671.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a reconstruction of a rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot in an mRNA with distorted A-P' hybrid state tRNA and EF-2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 18.0 / ムービー #1: 18
最小 - 最大-114.019999999999996 - 202.069999999999993
平均 (標準偏差)2.38515 (±12.117599999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.333.333.33
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.240426.240426.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-114.020202.0702.385

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing m...

全体名称: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing mRNA with an A-P' hybrid-state tRNA and EF2
要素
  • 試料: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing mRNA with an A-P' hybrid-state tRNA and EF2
  • 細胞器官・細胞要素: Ribosome
  • 細胞器官・細胞要素: Elongation factor 2
  • RNA: Infectious bronchitis virus mRNA
  • RNA: tRNA

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超分子 #1000: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing m...

超分子名称: Rabbit reticulocyte ribosome stalled on a pseudoknot-containing mRNA with an A-P' hybrid-state tRNA and EF2
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Ribosome, mRNA, tRNA and EF2 / Number unique components: 4

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超分子 #1: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome
詳細: The sample was purified by affinity chromatography using a tag on the mRNA.
コピー数: 1 / 集合状態: 40S and 60S / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 細胞: Reticulocyte

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超分子 #2: Elongation factor 2

超分子名称: Elongation factor 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / Name.synonym: EF2
詳細: The sample was purified by affinity chromatography using a tag on the mRNA.
コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 細胞: Reticulocyte

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分子 #1: Infectious bronchitis virus mRNA

分子名称: Infectious bronchitis virus mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: mRNA / 詳細: The sample was purified by affinity chromatography. / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)

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分子 #2: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: tRNA
詳細: The sample was purified by affinity chromatography using a tag on the mRNA.
分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
詳細: 25mM Hepes-KOH pH 7.8, 5mM MgOAc, 1mM cycloheximide, 150mM KOAc
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with lacey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Homemade plunger / 手法: Blot with Whatman number 1 paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 115 K
アライメント法Legacy - 非点収差: At 200,000 magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 107 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.92 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Per micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, WellMAP
詳細: Maps were calculated using 20215 out of 64413 particles selected by the A-P-state tRNA and EF2 presence. Presence of the tRNA was proved using multivariate statistical analysis focused ...詳細: Maps were calculated using 20215 out of 64413 particles selected by the A-P-state tRNA and EF2 presence. Presence of the tRNA was proved using multivariate statistical analysis focused classification of particles without previous alignment to a tRNA-containing ribosome.
使用した粒子像数: 20215
最終 角度割当詳細: Spider convention

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zkq
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: URO
詳細Protocol: Rigid body in segments. Subregions were defined as described in the paper accompanying this deposition.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1evv

ソフトウェア名称: URO, Refmac, NMFF
詳細Protocol: Rigid body, Refmac and normal modes fitting. The tRNA crystal structure was regularized in Refmac (CCP4) and then subjected to normal modes-assisted flexible fitting using the program NMFF (Tama et al.)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1s1h
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: URO, Refmac, NMFF
詳細Protocol: Rigid body, Refmac and normal modes fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

2zkr
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: URO
詳細Protocol: Rigid body in segments. Subregions were defined as described in the paper accompanying this deposition.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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