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万見
- EMDB-1647: Specific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core do... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1647
タイトルSpecific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core domain of the bacterial flagellar hook for the universal joint function
マップデータThis is a cryoEM map of the bacterial flagellar hook
試料
  • 試料: Bacterial flagellar hook
  • タンパク質・ペプチド: Bacterial flagellar hook
キーワードBacterial flagellum / flagellar hook / universal joint / electron cryomicroscopy / 3D image reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal ...Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Fujii T / Kato T / Namba K
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Specific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core domain of the bacterial flagellar hook for the universal joint function.
著者: Takashi Fujii / Takayuki Kato / Keiichi Namba /
要旨: The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to ...The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to work as a universal joint. A partial atomic model of the hook revealed a sliding intersubunit domain interaction along the protofilament to produce bending flexibility. However, it remained unclear how the tightly packed inner core domains can still permit axial extension and compression. We report advances in cryoEM image analysis for high-resolution, high-throughput structural analysis and a density map of the hook that reveals most of the secondary structures, including the terminal alpha helices forming a coiled coil. The orientations and axial packing interactions of these two alpha helices are distinctly different from those of the filament, allowing them to have a room for axial compression and extension for bending flexibility without impairing the mechanical stability of the hook.
履歴
登録2009年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年8月28日-
マップ公開2009年11月17日-
更新2014年4月30日-
現状2014年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3a69
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3a69
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jzt
  • 表面レベル: 0.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6jzt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1647.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cryoEM map of the bacterial flagellar hook
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.68 Å/pix.
x 200 pix.
= 336. Å		1.68 Å/pix.
x 200 pix.
= 336. Å		1.68 Å/pix.
x 200 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34 / ムービー #1: 0.34
最小 - 最大-1.55684316 - 2.13712454
平均 (標準偏差)0.00052996 (±0.2299886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.681.681.68
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-1.5572.1370.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial flagellar hook

全体名称: Bacterial flagellar hook
要素
  • 試料: Bacterial flagellar hook
  • タンパク質・ペプチド: Bacterial flagellar hook

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超分子 #1000: Bacterial flagellar hook

超分子名称: Bacterial flagellar hook / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Bacterial flagellar hook / Number unique components: 1

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分子 #1: Bacterial flagellar hook

分子名称: Bacterial flagellar hook / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Bacterial flagellar hook / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon molybdenum grid R0.6/1.0
凍結凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 4.6 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Vitorobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度平均: 50 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
日付2008年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 89285 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Top entry liquid helium-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.12 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64.78 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
CTF補正詳細: Each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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