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- EMDB-1644: Structure of the bacterial flagellar motor from Borrelia -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1644
タイトルStructure of the bacterial flagellar motor from Borrelia
マップデータThis is a 16 fold rotatopnally averaged structure of the bacterial flagellar motor from Borrelia
試料
  • 試料: Cryo preserved Borrelia spirochetes
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial flagellar motor
キーワードBacterial flagellar motor / cryo-electron tomography / spirochete
生物種Borrelia burgdorferi group (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 46.0 Å
データ登録者Kudryasheva M / Cyrklaff M / Wallich R / Baumeister W / Frischknecht F
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010
タイトル: Distinct in situ structures of the Borrelia flagellar motor.
著者: Mikhail Kudryashev / Marek Cyrklaff / Reinhard Wallich / Wolfgang Baumeister / Friedrich Frischknecht /
要旨: Bacteria can be propelled in liquids by flagellar filaments that are attached to and moved by flagellar motors. These motors are rotary nanomachines that use the electrochemical potential from ion ...Bacteria can be propelled in liquids by flagellar filaments that are attached to and moved by flagellar motors. These motors are rotary nanomachines that use the electrochemical potential from ion gradients. The motor can spin in both directions with specific proteins regulating the direction in response to chemotactic stimuli. Here we investigated the structure of flagellar motors of Borrelia spirochetes, the causative agents of Lyme disease in humans. We revealed the structure of the motor complex at 4.6-nm resolution by sub-volume averaging of cryo-electron tomograms and subsequently imposing rotational symmetry. This allowed direct visualisation of individual motor components, the connection between the stator and the peptidoglycan as well as filamentous linkers between the stator and the rod. Two different motor assemblies seem to co-exist at a single bacterial pole. While most motors were completely assembled, a smaller fraction appeared to lack part of the C-ring, which plays a role in protein export and switching the directionality of rotation. Our data suggest a novel mechanism that bacteria may use to control the direction of movement.
履歴
登録2009年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年8月20日-
マップ公開2009年8月20日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

_For_EMDB.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 16 fold rotatopnally averaged structure of the bacterial flagellar motor from Borrelia
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 128 pix.
= 104.96 Å		0.82 Å/pix.
x 128 pix.
= 104.96 Å		0.82 Å/pix.
x 128 pix.
= 104.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報0.820.820.82
CCP4マップ ヘッダ情報0.820.820.82
EM Navigator ムービー #18.28.28.2
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-4.27202 - 4.28789
平均 (標準偏差)0.0602355 (±0.403399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 104.96 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z104.960104.960104.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.2724.2880.060

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo preserved Borrelia spirochetes

全体名称: Cryo preserved Borrelia spirochetes
要素
  • 試料: Cryo preserved Borrelia spirochetes
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial flagellar motor

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超分子 #1000: Cryo preserved Borrelia spirochetes

超分子名称: Cryo preserved Borrelia spirochetes / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Tomographic subvolume averaging from cryo electron tomography
Number unique components: 25

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超分子 #1: Bacterial flagellar motor

超分子名称: Bacterial flagellar motor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Flagellar motor / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Borrelia burgdorferi group (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 46.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EM-package, TOM for matlab
詳細: The final map is calculated from 107 single motors, 16 fold rotational symmetry applied
CTF補正詳細: no

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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