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- EMDB-16344: Cryo-EM structure of CDK2-CyclinA in complex with p27 from the SC... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16344
タイトルCryo-EM structure of CDK2-CyclinA in complex with p27 from the SCFSKP2 E3 ligase Complex
マップデータfull map
試料
  • 複合体: Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-A2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
キーワードcell cycle / cyclin-dependent kinase / signalling / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / animal organ regeneration / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / cellular response to estradiol stimulus / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Orc1 removal from chromatin / potassium ion transport / Meiotic recombination / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / Regulation of TP53 Degradation / cellular senescence / nuclear envelope / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / Ub-specific processing proteases / regulation of cell cycle / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rowland RJ / Salamina M / Endicott JA / Noble ME
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 and MR/V029142/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 in complex with CDK2-cyclin A-p27KIP1.
著者: Rhianna J Rowland / Richard Heath / Daniel Maskell / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / James N Blaza / Jane A Endicott / Martin E M Noble / Marco Salamina /
要旨: p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals ...p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals its recruitment to the SCF (S-phase kinase associated protein 1 (SKP1)-cullin-SKP2) E3 ubiquitin ligase complex for proteasomal degradation. The nature of p27 binding to SKP2 and CKS1 was revealed by the SKP1-SKP2-CKS1-p27 phosphopeptide crystal structure. Subsequently, a model for the hexameric CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex was proposed by overlaying an independently determined CDK2-cyclin A-p27 structure. Here we describe the experimentally determined structure of the isolated CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex at 3.4 Å global resolution using cryogenic electron microscopy. This structure supports previous analysis in which p27 was found to be structurally dynamic, transitioning from disordered to nascent secondary structure on target binding. We employed 3D variability analysis to further explore the conformational space of the hexameric complex and uncovered a previously unidentified hinge motion centred on CKS1. This flexibility gives rise to open and closed conformations of the hexameric complex that we propose may contribute to p27 regulation by facilitating recognition with SCF. This 3D variability analysis further informed particle subtraction and local refinement approaches to enhance the local resolution of the complex.
履歴
登録2022年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.5772796 - 1.8392177
平均 (標準偏差)-0.00065121794 (±0.029441096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16344_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_16344_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_16344_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex

全体名称: Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex
要素
  • 複合体: Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase 2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-A2
    • タンパク質・ペプチド: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

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超分子 #1: Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex

超分子名称: Complex of CDK2-CyclinA-p27(kip1)from the SCFSKP2 E3 ligase complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74 KDa

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分子 #1: Cyclin-dependent kinase 2

分子名称: Cyclin-dependent kinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Thr160 phosphorylated CDK2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclin-dependent kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.943312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO) ...文字列:
MENFQKVEKI GEGTYGVVYK ARNKLTGEVV ALKKIRLDTE TEGVPSTAIR EISLLKELNH PNIVKLLDVI HTENKLYLVF EFLHQDLKK FMDASALTGI PLPLIKSYLF QLLQGLAFCH SHRVLHRDLK PQNLLINTEG AIKLADFGLA RAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWY RAPEILLGCK YYSTAVDIWS LGCIFAEMVT RRALFPGDSE IDQLFRIFRT LGTPDEVVWP GVTSMPD YK PSFPKWARQD FSKVVPPLDE DGRSLLSQML HYDPNKRISA KAALAHPFFQ DVTKPVPHLR

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase 2

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分子 #2: Cyclin-A2

分子名称: Cyclin-A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.609574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTRAAL AVLKSGNPRG LAQQQRPKTR RVAPLKDLPV NDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK IEREDALAFN SAISLPGPRK PLVPLDYPMD GSFESPHTMD M SIILEDEK ...文字列:
MLGNSAPGPA TREAGSALLA LQQTALQEDQ ENINPEKAAP VQQPRTRAAL AVLKSGNPRG LAQQQRPKTR RVAPLKDLPV NDEHVTVPP WKANSKQPAF TIHVDEAEKE AQKKPAESQK IEREDALAFN SAISLPGPRK PLVPLDYPMD GSFESPHTMD M SIILEDEK PVSVNEVPDY HEDIHTYLRE MEVKCKPKVG YMKKQPDITN SMRAILVDWL VEVGEEYKLQ NETLHLAVNY ID RFLSSMS VLRGKLQLVG TAAMLLASKF EEIYPPEVAE FVYITDDTYT KKQVLRMEHL VLKVLTFDLA APTVNQFLTQ YFL HQQPAN CKVESLAMFL GELSLIDADP YLKYLPSVIA GAAFHLALYT VTGQSWPESL IRKTGYTLES LKPCLMDLHQ TYLK APQHA QQSIREKYKN SKYHGVSLLN PPETLNL

UniProtKB: Cyclin-A2

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分子 #3: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

分子名称: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.678531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSNVRVSNGS PSLERMDARQ AEHPKPSACR NLFGPVDHEE LTRDLEKHCR DMEEASQRKW NFDFQNHKPL EGKYEWQEVE KGSLPEFYY RPPRPPKGAC KVPAQESQDG SGSRPAAPLI GAPANSEDTH LVDPKTDPSD SQTGLAEQCA GIRKRPATD

UniProtKB: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1110356
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1jsu

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: local refinement / 使用した粒子像数: 136325
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: homogeneous refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting was performed in chimera followed by real space refinement in Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 121
得られたモデル

PDB-8bzo:
Cryo-EM structure of CDK2-CyclinA in complex with p27 from the SCFSKP2 E3 ligase Complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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