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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16260 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Negative stain EM structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (subdomain coil 1-2) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | actin-binding protein (アクチン結合タンパク質) / armadillo repeat (アルマジロリピート) / solenoid (ソレノイド) / pleckstrin-homology domain / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen Q / Rosenthal P | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, ノルウェー, 英国, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector suggests a role as an elastic element to assist myosin A in generating force for gliding motility 著者: Hung YF / Chen Q / Pires I / Rosenthal P / Kursula I | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16260.map.gz | 1.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16260-v30.xml emd-16260.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16260_fsc.xml | 3.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16260.png | 23.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16260.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_16260_half_map_1.map.gz emd_16260_half_map_2.map.gz | 3.6 MB 3.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16260 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16260 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16260_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16260_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2)
全体 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2)
超分子 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
-分子 #1: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2)
分子 | 名称: Toxoplasma gondii glideosome-associated connector (coil 1-2) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: KRNPDAGVAT AVQSVIQHQT FKR(MSE)LLFGLR SLADFCSPSN QLYQENALDA LDRGVLSAIQ TAVTT FSDD DDL(MSE)LCASRV LWA(MSE)SVAIKE E(MSE)DPAHIARV HSEGSPVIVA VVNSSPTDPQ TIEDS(MSE)NFVD NLKRAGAPV DGASLAGG(MSE)L ...文字列: KRNPDAGVAT AVQSVIQHQT FKR(MSE)LLFGLR SLADFCSPSN QLYQENALDA LDRGVLSAIQ TAVTT FSDD DDL(MSE)LCASRV LWA(MSE)SVAIKE E(MSE)DPAHIARV HSEGSPVIVA VVNSSPTDPQ TIEDS(MSE)NFVD NLKRAGAPV DGASLAGG(MSE)L SIFTKTALD(MSE) KTAKRVTAAL AIAAETAEGS TALYNAGGTS VLLTYCLDQG DLS DAGVE(MSE) VEGAFDTVRY (MSE)AGYQCTDAT TLPQCIAL(MSE)D KYRGRKSASA KGSSALAA(MSE)I GPEQLQKC L NTLKTAEAGS AEYDEALVTL GS(MSE)SYISSFT DEIVRAGGVP LLIELINSGL PQ(MSE)EGNPEKI AS(MSE)ISGA AK (MSE)LARIASNPV NVDAIVQAGG VATLCTAVSY CTES(MSE)EALGA LC(MSE)ALVPLAS RESLAHEIVQ YQTFAT VLP ILYQNVESPE IAALA(MSE)ELVA TGSQHEEIQE H(MSE)LQNQAAEI CSLCCQYHTA DASYQQHAIS ALNRLVPRL TTLHGVSEYG GIQGVIASLN ANVNNEQVAL LAVQLLDNFS EVSDAKTY(MSE)S DGTCVDAVLA A(MSE)LEHEGNDL LI SAGVHCL ARIATEDDCA RHLNVLDTAI QTARGNPDGV YRVLAAISGL SRVPSLRQIF EEKNASDTIL AGISSWIECS RFE GQNRII KAALKTVKN(MSE) KISGDGDLTS CFAA(MSE)CDVAC LPQVKRVVEL EEPDNNILVA DTAAFRDLAA T(MSE) RITGAEN LERCIESVLR V(MSE)RKYPDSRR AQLNCLETLN YLAQCDGGEG VAILSRTGGL NAVVQYLTRA P(MSE)YLD AQIA GFTVLATSAK IDSNVGETLR KCNCLQALKV A(MSE)RTHAKSKE LKRTIAPLVA LL(MSE)PTDALET EIQELLNE C ASACEKNNFP HLHENLAALN ELLISSEGAK IAARLGIGAH (MSE)CKYQEYISA HEQDALAVTD YDILGKDLFD ATVSE CAHA (MSE)EQVASTRSG RNALIKAGNV ATLISLYESL KAPQSQYSEE AAIHCLEALR ILLKSDKRSA ELAFERNFVS TL CVGIDSF PHSAPVLGAT CACLAA(MSE)ATT PERVQ(MSE)LTAQ PAFESLLQKL VFVIQNDPSK DNKLVA(MSE)RAL Q ELVEITND AT(MSE)ANKIAEA GAVTALFRII DEYGDDEQLT VQAAEVLALL GAFEDLRRFY DNDVRFPAQV LTAALTKQ K NNETAVVHLL DVLNKLATSE DRAVLRELGV (MSE)EQVADA(MSE)RV HSESEAVTRL GGELFAK(MSE)GA DEQIKSL (MSE)L QIIETVESGA EDTAQTVDIL CGRLAVFLAA PLEDPRDALQ HTEKCLGSLV ATLQTYPGSE RLEGNVALVC RRLC DRCFD DADDPYGAWA VAASG(MSE)LAQF AG(MSE)VAGETVL ANKKFLGPAY RTFTACCANA YC(MSE)PT(MSE)VEV APSFLPQTYT LLE(MSE)HKNDAE TVARVLEFLR YFAEDPTACG LIVQN(MSE)SGSS GDVVALTVLL (MSE)QQHQNND A VVCAG(MSE)EFLG ALAYTLSQAG YEPLPTLADG SVLRDCDAL(MSE) GSNSSSARQL AH(MSE)H(MSE)IEK(MSE) LLSKAYNDAL IQEQALKKLT (MSE)SLKAEDDKK RFSDEERAGL YAA(MSE)ACVLLA AGGAGLTGE(MSE) EKFNGFEV V LQAIEEFGEN PTVIKEVNRA LQGLS(MSE)ADVN (MSE)TARTVKEAV PKLCTEATTA IQTDAECADT FCDL(MSE)LQ LV SQEGNGRQLL QVYGLEETLQ GVENLAAYYG EDFGTQLSEK VA(MSE)IRQA(MSE)ED D |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: sodium silicotungstate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |