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万見
- EMDB-1624: Three-dimensional structure of the recombinant, virus-like partic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1624
タイトルThree-dimensional structure of the recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
マップデータPenaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
試料
  • 試料: recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
  • ウイルス: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (ウイルス)
キーワードvirus-like particle / VLP / parvovirus / Densovirinae / shrimp pathogen / protein capsid
生物種Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.17 Å
データ登録者Kaufmann B / Bowman VD / Li Y / Szelei J / Tijssen P / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Structure of Penaeus stylirostris densovirus, a shrimp pathogen.
著者: Bärbel Kaufmann / Valorie D Bowman / Yi Li / Jozsef Szelei / Peter J Waddell / Peter Tijssen / Michael G Rossmann /
要旨: Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV), a pathogen of penaeid shrimp, causes significant damage to farmed and wild shrimp populations. In contrast to other parvoviruses, PstDNV probably has only ...Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV), a pathogen of penaeid shrimp, causes significant damage to farmed and wild shrimp populations. In contrast to other parvoviruses, PstDNV probably has only one type of capsid protein that lacks the phospholipase A2 activity that has been implicated as a requirement during parvoviral host cell infection. The structure of recombinant virus-like particles, composed of 60 copies of the 37.5-kDa coat protein, the smallest parvoviral capsid protein reported thus far, was determined to 2.5-Å resolution by X-ray crystallography. The structure represents the first near-atomic resolution structure within the genus Brevidensovirus. The capsid protein has a β-barrel "jelly roll" motif similar to that found in many icosahedral viruses, including other parvoviruses. The N-terminal portion of the PstDNV coat protein adopts a "domain-swapped" conformation relative to its twofold-related neighbor similar to the insect parvovirus Galleria mellonella densovirus (GmDNV) but in stark contrast to vertebrate parvoviruses. However, most of the surface loops have little structural resemblance to any of the known parvoviral capsid proteins.
履歴
登録2009年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年6月19日-
マップ公開2010年11月5日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1624_EMD-162...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 241 pix.
= 358.849 Å		1.49 Å/pix.
x 241 pix.
= 358.849 Å		1.49 Å/pix.
x 241 pix.
= 358.849 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.489 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-11.04978371 - 13.950583460000001
平均 (標準偏差)0.10299776 (±2.20425153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ241241241
Spacing241241241
セルA=B=C: 358.849 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4891.4891.489
M x/y/z241241241
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.849358.849358.849
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS241241241
D min/max/mean-11.05013.9510.103

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovir...

全体名称: recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
要素
  • 試料: recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
  • ウイルス: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (ウイルス)

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超分子 #1000: recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovir...

超分子名称: recombinant, virus-like particle of Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) or infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: virus-like particles (VLP) self-assembled 60 copies of the recombinant 37.5-kD viral coat protein only
集合状態: 60 viral coat protein subunits form T1 icosahedral protein shell
Number unique components: 1
分子量理論値: 2.25 MDa

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超分子 #1: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus

超分子名称: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus
タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV)
詳細: Virus-like particles (VLP) self-assembled from 60 monomers of the recombinant 37.5-kD viral coat protein
NCBI-ID: 111792
生物種: Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV)
宿主生物種: Litopenaeus stylirostris (甲殻類) / 別称: INVERTEBRATES
分子量理論値: 2.25 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 225 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1. mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 1mM MgCl2, 1mM CaCl2
グリッド詳細: Holey carbon 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezeing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT at 200K mag
詳細low dose imaging
日付2005年9月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 9 / 平均電子線量: 18.41 e/Å2 / Od range: 1.24 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.241 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.362 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: -0

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program. Selection of particles was subsequently refined interactively at the computer terminal.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM
詳細: final map includes data to 6.1 Ang resolution (fsc 0.2 cut-off)
使用した粒子像数: 9009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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