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万見
- EMDB-16203: Cryo electron tomogram of Streptomyces coelicolor - Ghost cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16203
タイトルCryo electron tomogram of Streptomyces coelicolor - Ghost cells
マップデータ
試料
  • 複合体: The contractile injection system in Streptomyces coelicolor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Contractile injection system / cryoET
生物種Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Casu B / Sallmen JW / Schlimpert S / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015349/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Cytoplasmic contractile injection systems mediate cell death in Streptomyces.
著者: Bastien Casu / Joseph W Sallmen / Susan Schlimpert / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative ...Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative gene clusters in Gram-positive organisms remain poorly studied. Here we characterize a CIS in the Gram-positive multicellular model organism Streptomyces coelicolor and show that, in contrast to most other CIS, S. coelicolor CIS (CIS) mediate cell death in response to stress and impact cellular development. CIS are expressed in the cytoplasm of vegetative hyphae and are not released into the medium. Our cryo-electron microscopy structure enabled the engineering of non-contractile and fluorescently tagged CIS assemblies. Cryo-electron tomography showed that CIS contraction is linked to reduced cellular integrity. Fluorescence light microscopy furthermore revealed that functional CIS mediate cell death upon encountering different types of stress. The absence of functional CIS had an impact on hyphal differentiation and secondary metabolite production. Finally, we identified three putative effector proteins, which when absent, phenocopied other CIS mutants. Our results provide new functional insights into CIS in Gram-positive organisms and a framework for studying novel intracellular roles, including regulated cell death and life-cycle progression in multicellular bacteria.
履歴
登録2022年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16203.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 933.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.6 Å/pix.
x 332 pix.
= 4515.2 Å		13.6 Å/pix.
x 1440 pix.
= 19584. Å		13.6 Å/pix.
x 1024 pix.
= 13926.4 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-428.0 - 272.0
平均 (標準偏差)1.8056574 (±11.767706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin208-208166
サイズ14401024332
Spacing10241440332
セルA: 13926.4 Å / B: 19584.0 Å / C: 4515.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The contractile injection system in Streptomyces coelicolor

全体名称: The contractile injection system in Streptomyces coelicolor
要素
  • 複合体: The contractile injection system in Streptomyces coelicolor

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超分子 #1: The contractile injection system in Streptomyces coelicolor

超分子名称: The contractile injection system in Streptomyces coelicolor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.1 e/Å2 / 詳細: 61 tilt series with around 130 accumulated dose.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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