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- EMDB-16154: Map of the GroEL-ES-ATP complex plunge-frozen 50 ms after mixing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16154
タイトルMap of the GroEL-ES-ATP complex plunge-frozen 50 ms after mixing with ATP
マップデータ
試料
  • 複合体: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings
キーワードGroEL / GroES / CHAPERONE
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Dhurandhar M / Torino S / Efremov R
資金援助European Union, ベルギー, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)726436European Union
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: Time-resolved cryo-EM using a combination of droplet microfluidics with on-demand jetting.
著者: Stefania Torino / Mugdha Dhurandhar / Annelore Stroobants / Raf Claessens / Rouslan G Efremov /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient functional conformations, which can be resolved using time-resolved cryo-EM (trEM). In trEM, reactions are arrested after a defined delay time by rapid vitrification of protein solution on the EM grid. Despite the increasing interest in trEM among the cryo-EM community, making trEM samples with a time resolution below 100 ms remains challenging. Here we report the design and the realization of a time-resolved cryo-plunger that combines a droplet-based microfluidic mixer with a laser-induced generator of microjets that allows rapid reaction initiation and plunge-freezing of cryo-EM grids. Using this approach, a time resolution of 5 ms was achieved and the protein density map was reconstructed to a resolution of 2.1 Å. trEM experiments on GroEL:GroES chaperonin complex resolved the kinetics of the complex formation and visualized putative short-lived conformations of GroEL-ATP complex.
履歴
登録2022年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 392 pix.
= 376.32 Å		0.96 Å/pix.
x 392 pix.
= 376.32 Å		0.96 Å/pix.
x 392 pix.
= 376.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0132
最小 - 最大-0.028941294 - 0.07191182
平均 (標準偏差)0.00016064393 (±0.003082478)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 376.31998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16154_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16154_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings

全体名称: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings
要素
  • 複合体: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings

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超分子 #1: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings

超分子名称: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 950 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris base
50.0 mMKCl
10.0 mMMgCl2
0.5 mMTCEP
2.0 mMATP
0.1 %CHAPS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4195 / 平均電子線量: 63.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 2170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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