[日本語] English
万見
- EMDB-1610: 7.5 Amstrong resolution cryo-electron microscopy reconstruction o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1610
タイトル7.5 Amstrong resolution cryo-electron microscopy reconstruction of Penicillium chrysogenum virus (PcV)
マップデータDensity map of Penicillium chrysogenum virus (PcV)full capsid
試料
  • 試料: Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles
  • ウイルス: Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)
キーワードPcV / dsRNA viruses / T2 capsid / structural duplication / full capsid
生物種Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Luque D / Gonzalez JM / Garriga D / Ghabrial SA / Trus B / Verdaguer N / Carrascosa JL / Caston JR
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: The T=1 capsid protein of Penicillium chrysogenum virus is formed by a repeated helix-rich core indicative of gene duplication.
著者: Daniel Luque / José M González / Damiá Garriga / Said A Ghabrial / Wendy M Havens / Benes Trus / Nuria Verdaguer / José L Carrascosa / José R Castón /
要旨: Penicillium chrysogenum virus (PcV), a member of the Chrysoviridae family, is a double-stranded RNA (dsRNA) fungal virus with a multipartite genome, with each RNA molecule encapsidated in a separate ...Penicillium chrysogenum virus (PcV), a member of the Chrysoviridae family, is a double-stranded RNA (dsRNA) fungal virus with a multipartite genome, with each RNA molecule encapsidated in a separate particle. Chrysoviruses lack an extracellular route and are transmitted during sporogenesis and cell fusion. The PcV capsid, based on a T=1 lattice containing 60 subunits of the 982-amino-acid capsid protein, remains structurally undisturbed throughout the viral cycle, participates in genome metabolism, and isolates the virus genome from host defense mechanisms. Using three-dimensional cryoelectron microscopy, we determined the structure of the PcV virion at 8.0 A resolution. The capsid protein has a high content of rod-like densities characteristic of alpha-helices, forming a repeated alpha-helical core indicative of gene duplication. Whereas the PcV capsid protein has two motifs with the same fold, most dsRNA virus capsid subunits consist of dimers of a single protein with similar folds. The spatial arrangement of the alpha-helical core resembles that found in the capsid protein of the L-A virus, a fungal totivirus with an undivided genome, suggesting a conserved basic fold. The encapsidated genome is organized in concentric shells; whereas the inner dsRNA shells are well defined, the outermost layer is dense due to numerous interactions with the inner capsid surface, specifically, six interacting areas per monomer. The outermost genome layer is arranged in an icosahedral cage, sufficiently well ordered to allow for modeling of an A-form dsRNA. The genome ordering might constitute a framework for dsRNA transcription at the capsid interior and/or have a structural role for capsid stability.
履歴
登録2009年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月15日-
マップ公開2010年11月15日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1610.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1610.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of Penicillium chrysogenum virus (PcV)full capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 341 pix.
= 477.4 Å		1.4 Å/pix.
x 341 pix.
= 477.4 Å		1.4 Å/pix.
x 341 pix.
= 477.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-1.62926 - 3.75725
平均 (標準偏差)0.186445 (±0.457735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ341341341
Spacing341341341
セルA=B=C: 477.4 Å
α=β=γ: 90 °

-
添付データ

-
セグメンテーションマップ: Penicillium chrysogenum virus (PcV) capsid subunit mask

注釈Penicillium chrysogenum virus (PcV) capsid subunit mask
ファイルemd_1610_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles

全体名称: Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles
要素
  • 試料: Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles
  • ウイルス: Penicillium chrysogenum virus (ウイルス)

-
超分子 #1000: Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles

超分子名称: Penicillium chrysogenum virus (PcV) full particles / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 6.5 MDa

-
超分子 #1: Penicillium chrysogenum virus

超分子名称: Penicillium chrysogenum virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PcV / NCBI-ID: 158372 / 生物種: Penicillium chrysogenum virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PcV
宿主生物種: Penicillium chrysogenum (菌類) / 別称: FUNGI
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 5 mM EDTA,150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples of empty- and full-enriched particles fractions were applied to one side of a holey carbon grid, blotted and plunged into liquid ethane
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 56 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2 EM3DR2 / 使用した粒子像数: 4156

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る