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- EMDB-1603: 12 Angstrom resolution cryo-electron microscopy reconstruction of... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1603
タイトル12 Angstrom resolution cryo-electron microscopy reconstruction of a recombinant active ribonucleoprotein particle of influenza virus (9-fold symmetrized).
マップデータDensity map of a influenza virus recombinant active RNP refined with 9-fold symmetry. Density corresponding to the polymerase has been smeared out due to the symmetrization.
試料
  • 試料: influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS STRAIN A/VICTORIA/3/75 (H3N1 AFRICAN GREEN MONKEY
  • タンパク質・ペプチド: nucleoprotein
  • RNA: RNA
キーワードInfluenza / RNA viruses / nucleoprotein / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / vRNA Synthesis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral Messenger RNA Synthesis / vRNP Assembly / helical viral capsid / Viral mRNA Translation / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Coloma R / Valpuesta JM / Arranz R / Carrascosa JL / Ortin J / Martin-Benito J
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2009
タイトル: The structure of a biologically active influenza virus ribonucleoprotein complex.
著者: Rocío Coloma / José M Valpuesta / Rocío Arranz / José L Carrascosa / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
要旨: The influenza viruses contain a segmented, single-stranded RNA genome of negative polarity. Each RNA segment is encapsidated by the nucleoprotein and the polymerase complex into ribonucleoprotein ...The influenza viruses contain a segmented, single-stranded RNA genome of negative polarity. Each RNA segment is encapsidated by the nucleoprotein and the polymerase complex into ribonucleoprotein particles (RNPs), which are responsible for virus transcription and replication. Despite their importance, information about the structure of these RNPs is scarce. We have determined the three-dimensional structure of a biologically active recombinant RNP by cryo-electron microscopy. The structure shows a nonameric nucleoprotein ring (at 12 Angstrom resolution) with two monomers connected to the polymerase complex (at 18 Angstrom resolution). Docking the atomic structures of the nucleoprotein and polymerase domains, as well as mutational analyses, has allowed us to define the interactions between the functional elements of the RNP and to propose the location of the viral RNA. Our results provide the first model for a functional negative-stranded RNA virus ribonucleoprotein complex. The structure reported here will serve as a framework to generate a quasi-atomic model of the molecular machine responsible for viral RNA synthesis and to test new models for virus RNA replication and transcription.
履歴
登録2009年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月23日-
マップ公開2009年6月29日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1603.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of a influenza virus recombinant active RNP refined with 9-fold symmetry. Density corresponding to the polymerase has been smeared out due to the symmetrization.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 160 pix.
= 448. Å		2.8 Å/pix.
x 160 pix.
= 448. Å		2.8 Å/pix.
x 160 pix.
= 448. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5
最小 - 最大-5.40916 - 14.1783
平均 (標準偏差)-0.000961337 (±0.885527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 448 Å
α=β=γ: 90 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS...

全体名称: influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS STRAIN A/VICTORIA/3/75 (H3N1 AFRICAN GREEN MONKEY
要素
  • 試料: influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS STRAIN A/VICTORIA/3/75 (H3N1 AFRICAN GREEN MONKEY
  • タンパク質・ペプチド: nucleoprotein
  • RNA: RNA

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超分子 #1000: influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS...

超分子名称: influenza virus ribonucleoprotein particle from INFLUENZA A VIRUS STRAIN A/VICTORIA/3/75 (H3N1 AFRICAN GREEN MONKEY
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Nine monomers of nucleoprotein bound to a single stranded RNA
Number unique components: 2
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: nucleoprotein

分子名称: nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: nucleoprotein / コピー数: 9 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
細胞中の位置: nucleus
分子量理論値: 56 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

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分子 #2: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 82 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl,100mM KCl,5mM MgCl2,0.5% Igepal,150mM imidazole
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to one side of a holey carbon grid, blotted and plunged into liquid ethane
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Leica plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 159 / 詳細: downsampling factor 2. / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each plate
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 9571

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2iqh


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: SITUS
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Volumetric
得られたモデル

PDB-2wfs:
Fitting of influenza virus NP structure into the 9-fold symmetryzed cryoEM reconstruction of an active RNP particle.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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