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万見
- EMDB-16004: Structure of hexameric subcomplexes (Truncation Delta2-6) of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16004
タイトルStructure of hexameric subcomplexes (Truncation Delta2-6) of the fractal citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942
マップデータ
試料
  • 複合体: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942
    • タンパク質・ペプチド: Citrate synthase
キーワードFractal complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase activity / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Lo YK / Bohn S / Sendker FL / Schuller JM / Hochberg G
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU3364/1-1 ドイツ
European Research Council (ERC)101040472 EVOCATIONEuropean Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolution of a protein Sierpinski fractal
著者: Sendker LF / Lo YK / Heimerl T / Bohn S / Pfister P / Mais N / Sadowska W / Peterson L / Benesch JLP / Marklund E / Bange G / Erb TJ / Schuller JM / Hochberg GKA
履歴
登録2022年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.16013925 - 0.2589481
平均 (標準偏差)0.00000893993 (±0.0060111005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16004_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16004_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synech...

全体名称: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942
要素
  • 複合体: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942
    • タンパク質・ペプチド: Citrate synthase

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超分子 #1: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synech...

超分子名称: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)

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分子 #1: Citrate synthase

分子名称: Citrate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
株: PCC 7942 / FACHB-805
分子量理論値: 43.879867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFRPGLEGVP ATLSSISFVD GQRGVLEYRG ISIEQLAQQS SFLETAYLLI WGHLPTQQEL TEFEHEIRYH RRIKFRIRDM MKCFPDSGH PMDALQASAA ALGLFYSRRA LDDPEYIRAA VVRLLAKIPT MVAAFQLIRK GNDPIQPRDE LDYAANFLYM L TEREPDPV ...文字列:
MFRPGLEGVP ATLSSISFVD GQRGVLEYRG ISIEQLAQQS SFLETAYLLI WGHLPTQQEL TEFEHEIRYH RRIKFRIRDM MKCFPDSGH PMDALQASAA ALGLFYSRRA LDDPEYIRAA VVRLLAKIPT MVAAFQLIRK GNDPIQPRDE LDYAANFLYM L TEREPDPV AARIFDICLT LHAEHTINAS TFSAMVTAST LTDPYAVVAS AVGTLAGPLH GGANEEVLDM LEAIGSVENV EP YLDHCIA TKTRIMGFGH RVYKVKDPRA VILQNLAEQL FDIFGHDPYY EIAVAVEKAA AERLSHKGIY PNVDFYSGLV YRK LGIPSD LFTPVFAIAR VAGWLAHWKE QLNENRIFRP TQIYTGSHNL DYTPIADRDL AIESDLEHHH HHH

UniProtKB: Citrate synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 774026
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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