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- EMDB-15974: TniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15974
タイトルTniQ-capped Tns-ATP-dsDNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • タンパク質・ペプチド: TniQ (Homology model)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / TniQ / TniQ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / TnsC / TniQ (Homology model)
機能・相同性情報
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Querques I / Schmitz M / Oberli S / Chanez C / Jinek M
資金援助European Union, スイス, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820152European Union
Swiss National Science Foundation31003A_182567 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 296-2020European Union
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55008735 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the assembly of the type V CRISPR-associated transposon complex.
著者: Michael Schmitz / Irma Querques / Seraina Oberli / Christelle Chanez / Martin Jinek /
要旨: CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the ...CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the pseudonuclease Cas12k, the AAA+ ATPase TnsC, the Zn-finger protein TniQ, and the transposase TnsB. Here we present a cryo-electron microscopic structure of a target DNA-bound Cas12k-transposon recruitment complex comprised of RNA-guided Cas12k, TniQ, a polymeric TnsC filament and, unexpectedly, the ribosomal protein S15. Complex assembly, mediated by a network of interactions involving the guide RNA, TniQ, and S15, results in R-loop completion. TniQ contacts two TnsC protomers at the Cas12k-proximal filament end, likely nucleating its polymerization. Transposition activity assays corroborate our structural findings, implying that S15 is a bona fide component of the type V crRNA-guided transposon machinery. Altogether, our work uncovers key mechanistic aspects underpinning RNA-mediated assembly of CRISPR-associated transposons to guide their development as programmable tools for site-specific insertion of large DNA payloads.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2023年1月4日-
現状2023年1月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0548
最小 - 最大-0.23598246 - 0.40904927
平均 (標準偏差)0.00022723203 (±0.0093433205)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 390.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15974_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15974_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA

全体名称: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
要素
  • 複合体: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • タンパク質・ペプチド: TniQ (Homology model)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3')
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA

超分子名称: Complex of TnsC and TniQ transposon proteins bound to ATP and dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: TniQ, TnsC, dsDNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)

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分子 #1: TnsC

分子名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 31.444617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV ...文字列:
MTEAQAIAKQ LGGVKPDDEW LQAEIARLKG KSIVPLQQVK TLHDWLDGKR KARKSCRVVG ESRTGKTVAC DAYRYRHKPQ QEAGRPPTV PVVYIRPHQK CGPKDLFKKI TEYLKYRVTK GTVSDFRDRT IEVLKGCGVE MLIIDEADRL KPETFADVRD I AEDLGIAV VLVGTDRLDA VIKRDEQVLE RFRAHLRFGK LSGEDFKNTV EMWEQMVLKL PVSSNLKSKE MLRILTSATE GY IGRLDEI LREAAIRSLS RGLKKIDKAV LQEVAKEYK

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分子 #2: TniQ (Homology model)

分子名称: TniQ (Homology model) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
分子量理論値: 19.01124 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIEAPDVKPW LFLIKPYEGE SLSHFLGRFR RANHLSASGL GTLAGIGAIV ARWERFHFNP RPSQQELEAI ASVVEVDAQR LAQMLPPAG VGMQHEPIRL CGACYAESPC HRIEWQYKSV WKCDRHQLKI LAKCPNCQAP FKMPALWEDG CCHRCRMPFA E MAKLQKV

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分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.898191 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.036 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7plh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35964
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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