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万見
- EMDB-15954: Structure of the IFT-A complex; IFT-A2 module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15954
タイトルStructure of the IFT-A complex; IFT-A2 module
マップデータIFT-A2 module, locally sharpened with LocScale
試料
  • 複合体: IFT-A complex; IFT-A2 module
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 43 homolog
キーワードcilia / intraflagellar transport / membrane protein import / complex / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / intraciliary anterograde transport / negative regulation of eating behavior / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport ...protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / intraciliary anterograde transport / negative regulation of eating behavior / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport / establishment of protein localization to organelle / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / ventricular system development / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic heart tube development / non-motile cilium / embryonic forelimb morphogenesis / limb development / smoothened signaling pathway / axoneme / Bergmann glial cell differentiation / centriolar satellite / cilium assembly / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / centriole / ciliary basal body / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / cilium / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoskeleton / intracellular signal transduction / centrosome / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat ...Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat protein 21B / Intraflagellar transport protein 43 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hesketh SJ / Mukhopadhyay AG / Nakamura D / Toropova K / Roberts AJ
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust217186/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007202/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: IFT-A structure reveals carriages for membrane protein transport into cilia.
著者: Sophie J Hesketh / Aakash G Mukhopadhyay / Dai Nakamura / Katerina Toropova / Anthony J Roberts /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) ...Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) and motor proteins, posing a formidable challenge to mechanistic understanding. Here, we reconstituted the complete human IFT-A complex and obtained its structure using cryo-EM. Combined with AlphaFold prediction and genome-editing studies, our results illuminate how IFT-A polymerizes, interacts with IFT-B, and uses an array of β-propeller and TPR domains to create "carriages" of the IFT train that engage TULP adaptor proteins. We show that IFT-A⋅TULP carriages are essential for cilia localization of diverse membrane proteins, as well as ICK-the key kinase regulating IFT train turnaround. These data establish a structural link between IFT-A's distinct functions, provide a blueprint for IFT-A in the train, and shed light on how IFT evolved from a proto-coatomer ancestor.
履歴
登録2022年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15954.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IFT-A2 module, locally sharpened with LocScale
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.29076707 - 0.70104915
平均 (標準偏差)0.00044692642 (±0.008609052)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15954_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: IFT-A2 module, unsharpened

ファイルemd_15954_additional_1.map
注釈IFT-A2 module, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IFT-A2 module, half map B

ファイルemd_15954_half_map_1.map
注釈IFT-A2 module, half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: IFT-A2 module, half map A

ファイルemd_15954_half_map_2.map
注釈IFT-A2 module, half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IFT-A complex; IFT-A2 module

全体名称: IFT-A complex; IFT-A2 module
要素
  • 複合体: IFT-A complex; IFT-A2 module
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 43 homolog

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超分子 #1: IFT-A complex; IFT-A2 module

超分子名称: IFT-A complex; IFT-A2 module / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141.7135 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK ...文字列:
MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK IERPGGSLSP IWSICWNPSS RWESFWMNRE NEDAEDVIV(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)IPS T LKSAVYSSQG SEAEEEEPEE EDDSPRDDNL EERNDILAVA DWGQKVSFYQ LSGKQIGKDR ALNFDPCCIS YFTKGEYIL LGGSDKQVSL FTKDGVRLGT VGEQNSWVWT CQAKPDSNYV VVGCQDGTIS FYQLIFSTVH GLYKDRYAYR DSMTDVIVQH LITEQKVRI KCKELVKKIA IYRNRLAIQL PEKILIYELY SEDLSDMHYR VKEKIIKKFE CNLLVVCANH IILCQEKRLQ C LSFSGVKE REWQMESLIR YIKVIGGPPG REGLLVGLKN GQILKIFVDN LFAIVLLKQA TAVRCLDMSA SRKKLAVVDE ND TCLVYDI DTKELLFQEP NANSVAWNTQ CEDMLCFSGG GYLNIKASTF PVHRQKLQGF VVGYNGSKIF CLHVFSISAV EVP QSAPMY QYLDRKLFKE AYQIACLGVT DTDWRELAME ALEGLDFETA KKAFIRVQDL RYLELISSIE ERKKRGETNN DLFL ADVFS YQGKFHEAAK LYKRSGHENL ALEMYTDLCM FEYAKDFLGS GDPKETKMLI TKQADWARNI KEPKAAVEMY ISAGE HVKA IEICGDHGWV DMLIDIARKL DKAEREPLLL CATYLKKLDS PGYAAETYLK MGDLKSLVQL HVETQRWDEA FALGEK HPE FKDDIYMPYA QWLAENDRFE EAQKAFHKAG RQREAVQVLE QLTNNAVAES RFNDAAYYYW MLSMQCLDIA QDPAQKD TM LGKFYHFQRL AELYHGYHAI HRHTEDPFSV HRPETLFNIS RFLLHSLPKD TPSGISKVKI LFTLAKQSKA LGAYRLAR H AYDKLRGLYI PARFQKSIEL GTLTIRAKPF HDSEELVPLC YRCSTNNPLL NNLGNVCINC RQPFIFSASS YDVLHLVEF YLEEGITDEE AISLIDLEVL RPKRDDRQLE IANNSSQILR LVETKDSIGD EDPFTAKLSF EQGGSEFVPV VVSRLVLRSM SRRDVLIKR WPPPLRWQYF RSLLPDASIT MCPSCFQMFH SEDYELLVLQ HGCCPYCRRC KDDPGP

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 122 homolog

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分子 #2: SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B

分子名称: SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170.652609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHR IIFLGKGTSA ADAVEVPAPA AVLGGPEPLM QATAWLNAYF HQPEAIEEFP VPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISYSHLAA LAGNPAATAA VKTALSGNPV PILIPCHRVV QGDLDVGGYE G GLAVKEWL ...文字列:
GDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHR IIFLGKGTSA ADAVEVPAPA AVLGGPEPLM QATAWLNAYF HQPEAIEEFP VPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISYSHLAA LAGNPAATAA VKTALSGNPV PILIPCHRVV QGDLDVGGYE G GLAVKEWL LAHEGHRLGK PGLGGSMDSQ ELKTLINYYC QERYFHHVLL VASEGIKRYG SDPVFRFYHA YGTLMEGKTQ EA LREFEAI KNKQDVSLCS LLALIYAHKM SPNPDREAIL ESDARVKEQR KGAGEKALYH AGLFLWHIGR HDKAREYIDR MIK ISDGSK QGHVLKAWLD ITRGKEPYTK KALKYFEEGL QDGNDTFALL GKAQCLEMRQ NYSGALETVN QIIVNFPSFL PAFV KKMKL QLALQDWDQT VETAQRLLLQ DSQNVEALRM QALYYVCREG DIEKASTKLE NLGNTLDAME PQNAQLFYNI TLAFS RTCG RSQLILQKIQ TLLERAFSLN PQQSEFATEL GYQMILQGRV KEALKWYKTA MTLDETSVSA LVGFIQCQLI EGQLQD ADQ QLEFLNEIQQ SIGKSAELIY LHAVLAMKKN KRQEEVINLL NDVLDTHFSQ LEGLPLGIQY FEKLNPDFLL EIVMEYL SF CPMQPASPGQ PLCPLLRRCI SVLETVVRTV PGLLQTVFLI AKVKYLSGDI EAAFNNLQHC LEHNPSYADA HLLLAQVY L SQEKVKLCSQ SLELCLSYDF KVRDYPLYHL IKAQSQKKMG EIADAIKTLH MAMSLPGMKR IGASTKSKDR KTEVDTSHR LSIFLELIDV HRLNGEQHEA TKVLQDAIHE FSGTSEEVRV TIANADLALA QGDIERALSI LQNVTAEQPY FIEAREKMAD IYLKHRKDK MLYITCFREI AERMANPRSF LLLGDAYMNI LEPEEAIVAY EQALNQNPKD GTLASKMGKA LIKTHNYSMA I TYYEAALK TGQKNYLCYD LAELLLKLKW YDKAEKVLQH ALAHEPVNEL SALMEDGRCQ VLLAKVYSKM EKLGDAITAL QQ ARELQAR VLKRVQMEQP DAVPAQKHLA AEICAEIAKH SVAQRDYEKA IKFYREALVH CETDNKIMLE LARLYLAQDD PDS CLRQCA LLLQSDQDNE AATMMMADLM FRKQDYEQAV FHLQQLLERK PDNYMTLSRL IDLLRRCGKL EDVPRFFSMA EKRN SRAKL EPGFQYCKGL YLWYTGEPND ALRHFNKARK DRDWGQNALY NMIEICLNPD NETVGGEVFE NLDGDLGNST EKQES VQLA VRTAEKLLKE LKPQTVQGHV QLRIMENYCL MATKQKSNVE QALNTFTEIA ASEKEHIPAL LGMATAYMIL KQTPRA RNQ LKRIAKMNWN AIDAEEFEKS WLLLADIYIQ SAKYDMAEDL LKRCLRHNRS CCKAYEYMGY IMEKEQAYTD AALNYEM AW KYSNRTNPAV GYKLAFNYLK AKRYVDSIDI CHQVLEAHPT YPKIRKDILD KARASLRP

UniProtKB: Tetratricopeptide repeat protein 21B

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分子 #3: WD repeat-containing protein 35

分子名称: WD repeat-containing protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.037969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: FQGMFFYLSK KISIPNNVKL QCVSWNKEQG FIACGGEDGL LKVLKLETQT DDAKLRGLAA PSNLSMNQTL EGHSGSVQVV TWNEQYQKL TTSDENGLII VWMLYKGSWI EEMINNRNKS VVRSMSWNAD GQKICIVYED GAVIVGSVDG NRIWGKDLKG I QLSHVTWS ...文字列:
FQGMFFYLSK KISIPNNVKL QCVSWNKEQG FIACGGEDGL LKVLKLETQT DDAKLRGLAA PSNLSMNQTL EGHSGSVQVV TWNEQYQKL TTSDENGLII VWMLYKGSWI EEMINNRNKS VVRSMSWNAD GQKICIVYED GAVIVGSVDG NRIWGKDLKG I QLSHVTWS ADSKVLLFGM ANGEIHIYDN QGNFMIKMKL SCLVNVTGAI SIAGIHWYHG TEGYVEPDCP CLAVCFDNGR CQ IMRHEND QNPVLIDTGM YVVGIQWNHM GSVLAVAGFQ KAAMQDKDVN IVQFYTPFGE HLGTLKVPGK EISALSWEGG GLK IALAVD SFIYFANIRP NYKWGYCSNT VVYAYTRPDR PEYCVVFWDT KNNEKYVKYV KGLISITTCG DFCILATKAD ENHP QEENE METFGATFVL VLCNSIGTPL DPKYIDIVPL FVAMTKTHVI AASKEAFYTW QYRVAKKLTA LEINQITRSR KEGRE RIYH VDDTPSGSMD GVLDYSKTIQ GTRDPICAIT ASDKILIVGR ESGTIQRYSL PNVGLIQKYS LNCRAYQLSL NCNSSR LAI IDISGVLTFF DLDARVTDST GQQVVGELLK LERRDVWDMK WAKDNPDLFA MMEKTRMYVF RNLDPEEPIQ TSGYICN FE DLEIKSVLLD EILKDPEHPN KDYLINFEIR SLRDSRALIE KVGIKDASQF IEDNPHPRLW RLLAEAALQK LDLYTAEQ A FVRCKDYQGI KFVKRLGKLL SESMKQAEVV GYFGRFEEAE RTYLEMDRRD LAIGLRLKLG DWFRVLQLLK TGSGDADDS LLEQANNAIG DYFADRQKWL NAVQYYVQGR NQERLAECYY MLEDYEGLEN LAISLPENHK LLPEIAQMFV RVGMCEQAVT AFLKCSQPK AAVDTCVHLN QWNKAVELAK NHSMKEIGSL LARYASHLLE KNKTLDAIEL YRKANYFFDA AKLMFKIADE E AKKGSKPL RVKKLYVLSA LLIEQYHEQM KNAQRGKVKG KSSEATSALA GLLEEEVLST TDRFTDNAWR GAEAYHFFIL AQ RQLYEGC VDTALKTALH LKDYEDIIPP VEIYSLLALC ACASRAFGTC SKAFIKLKSL ETLSSEQKQQ YEDLALEIFT KHT SKDNRK PELDSLMEGG EGKLPTCVAT GSPITEYQFW MCSVCKHGVL AQEISHYSFC PLCHSPVG

UniProtKB: WD repeat-containing protein 35

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分子 #4: Intraflagellar transport protein 43 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 43 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.615119 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMEDLLDLDE ELRYSLATSR AKMGRRAQQE SAQAENHLNG KNSSLTLTGE TSSAKLPRCR QGGWAGDSVK ASKFRRKASE EIEDFRLRP QSLNGSDYGG DIPIIPDLEE VQEEDFVLQV AAPPSIQIKR VMTYRDLDND LMKYSAIQTL DGEIDLKLLT K VLAPEHEV ...文字列:
GMEDLLDLDE ELRYSLATSR AKMGRRAQQE SAQAENHLNG KNSSLTLTGE TSSAKLPRCR QGGWAGDSVK ASKFRRKASE EIEDFRLRP QSLNGSDYGG DIPIIPDLEE VQEEDFVLQV AAPPSIQIKR VMTYRDLDND LMKYSAIQTL DGEIDLKLLT K VLAPEHEV REDDVGWDWD HLFTEVSSEV LTEWDPLQTE KEDPAGQARH T

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 43 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
詳細: Average electron dose for additional dataset was 49.5 (e-/A2)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated from the data
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Resolution range 3.2-8A / 使用した粒子像数: 242645
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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