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- PDB-8bbf: Structure of the IFT-A complex; IFT-A1 module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbf
タイトルStructure of the IFT-A complex; IFT-A1 module
要素
  • Intraflagellar transport protein 122 homolog
  • Intraflagellar transport protein 140 homolog
  • WD repeat-containing protein 19
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cilia / intraflagellar transport / membrane protein import / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / digestive system development / cone photoreceptor outer segment / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / photoreceptor cell outer segment organization / neural tube patterning ...smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / digestive system development / cone photoreceptor outer segment / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / photoreceptor cell outer segment organization / neural tube patterning / embryonic body morphogenesis / protein localization to ciliary membrane / establishment of protein localization to organelle / intraciliary retrograde transport / embryonic camera-type eye development / gonad development / spinal cord dorsal/ventral patterning / intraciliary transport / regulation of cilium assembly / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / camera-type eye morphogenesis / Intraflagellar transport / embryonic brain development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic heart tube development / embryonic forelimb morphogenesis / non-motile cilium / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / nervous system process / limb development / motile cilium / embryonic digit morphogenesis / receptor clustering / axoneme / cilium assembly / photoreceptor outer segment / Hedgehog 'off' state / centriole / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / cell morphogenesis / heart development / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / cilium / ciliary basal body / centrosome / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IFT144, first zinc finger domain / IFT122, C-terminal zinc ribbon domain / : / IFT122, zinc ribbon domain / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / : / : / : / WDR19 second beta-propeller ...IFT144, first zinc finger domain / IFT122, C-terminal zinc ribbon domain / : / IFT122, zinc ribbon domain / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / : / : / : / WDR19 second beta-propeller / IFT140 first beta-propeller / IFT140 second beta-propeller / WDR19 first beta-propeller / IF140 C-terminal TPR domain / : / : / IFT121, second zinc finger domain / IF140/IFT172 TPR domain / Intraflagellar transport protein 122 homolog / : / : / IFT122 second beta-propeller / IFT122 first beta-propeller / IFT122, TPR domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Hesketh, S.J. / Mukhopadhyay, A.G. / Nakamura, D. / Toropova, K. / Roberts, A.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust217186/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007202/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: IFT-A structure reveals carriages for membrane protein transport into cilia.
著者: Sophie J Hesketh / Aakash G Mukhopadhyay / Dai Nakamura / Katerina Toropova / Anthony J Roberts /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) ...Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) and motor proteins, posing a formidable challenge to mechanistic understanding. Here, we reconstituted the complete human IFT-A complex and obtained its structure using cryo-EM. Combined with AlphaFold prediction and genome-editing studies, our results illuminate how IFT-A polymerizes, interacts with IFT-B, and uses an array of β-propeller and TPR domains to create "carriages" of the IFT train that engage TULP adaptor proteins. We show that IFT-A⋅TULP carriages are essential for cilia localization of diverse membrane proteins, as well as ICK-the key kinase regulating IFT train turnaround. These data establish a structural link between IFT-A's distinct functions, provide a blueprint for IFT-A in the train, and shed light on how IFT evolved from a proto-coatomer ancestor.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 19
B: Intraflagellar transport protein 140 homolog
C: Intraflagellar transport protein 122 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,9753
ポリマ－462,9753
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5550 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area110670 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport 144 homolog


分子量: 153639.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR19, IFT144, KIAA1638
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NEZ3
#2: タンパク質 Intraflagellar transport protein 140 homolog / WD and tetratricopeptide repeats protein 2


分子量: 167328.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT140, KIAA0590, WDTC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96RY7
#3: タンパク質 Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 10 / WD repeat-containing protein 140


分子量: 142007.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT122, SPG, WDR10, WDR140
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HBG6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IFT-A complex; IFT-A1 module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
詳細: Average electron dose for additional dataset was 49.5 (e-/A2)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136617 / 詳細: Resolution range 7-15A / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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