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万見
- EMDB-15949: COPII inner coat reprocessed with relion4.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15949
タイトルCOPII inner coat reprocessed with relion4.0
マップデータCOPII inner coat
試料
  • 複合体: COPII coat assembled on membrane, inner coat
    • 複合体: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: inner COPII coat complex
    • 複合体: Protein transport protein SEC24
    • 複合体: Small COPII coat GTPase SAR1
キーワードCOPII / Sec23 Sec24 Sar1 / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-coated vesicle budding / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / nuclear envelope organization / COPII-mediated vesicle transport / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-coated vesicle budding / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / nuclear envelope organization / COPII-mediated vesicle transport / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / mitochondrial fission / mitochondrial membrane organization / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily ...small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SEC24 isoform 1 / Protein transport protein SEC23 / Small COPII coat GTPase SAR1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zanetti G / Pyle E
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)852915European Union
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0.
著者: Jasenko Zivanov / Joaquín Otón / Zunlong Ke / Andriko von Kügelgen / Euan Pyle / Kun Qu / Dustin Morado / Daniel Castaño-Díez / Giulia Zanetti / Tanmay A M Bharat / John A G Briggs / Sjors H W Scheres /
要旨: We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are ...We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are based on 3D data models, we propose to optimise a regularised likelihood target that approximates a function of the 2D experimental images. In addition, analogous to Bayesian polishing and contrast transfer function (CTF) refinement in single-particle analysis, we describe the approaches that exploit the increased signal-to-noise ratio in the averaged structure to optimise tilt-series alignments, beam-induced motions of the particles throughout the tilt-series acquisition, defoci of the individual particles, as well as higher-order optical aberrations of the microscope. Implementation of our approaches in the open-source software package RELION aims to facilitate their general use, particularly for those researchers who are already familiar with its single-particle analysis tools. We illustrate for three applications that our approaches allow structure determination from cryo-ET data to resolutions sufficient for de novo atomic modelling.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0
著者: Zivanov J / Oton J / Ke Z / von Kugelgen A / Pyle E / Qu K / Morado D / Castano-Diez D / Zanetti G / Bharat TAM / Briggs JAG / Scheres SHW
履歴
登録2022年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15949.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈COPII inner coat
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 196 pix.
= 254.8 Å		1.3 Å/pix.
x 196 pix.
= 254.8 Å		1.3 Å/pix.
x 196 pix.
= 254.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 17.0
最小 - 最大-55.158470000000001 - 91.151115000000004
平均 (標準偏差)0.000010426426 (±3.5622861)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 254.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15949_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half2

ファイルemd_15949_half_map_1.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half1

ファイルemd_15949_half_map_2.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : COPII coat assembled on membrane, inner coat

全体名称: COPII coat assembled on membrane, inner coat
要素
  • 複合体: COPII coat assembled on membrane, inner coat
    • 複合体: Protein transport protein SEC23
      • タンパク質・ペプチド: inner COPII coat complex
    • 複合体: Protein transport protein SEC24
    • 複合体: Small COPII coat GTPase SAR1

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超分子 #1: COPII coat assembled on membrane, inner coat

超分子名称: COPII coat assembled on membrane, inner coat / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Protein transport protein SEC23

超分子名称: Protein transport protein SEC23 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #3: Protein transport protein SEC24

超分子名称: Protein transport protein SEC24 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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超分子 #4: Small COPII coat GTPase SAR1

超分子名称: Small COPII coat GTPase SAR1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3, #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: inner COPII coat complex

分子名称: inner COPII coat complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLPP QYTNLSQENM PLELQSTTIE YITNKPVTVP PIFFFVVDLT SETENLDSLK ESIITSLSLL PPNALIGLIT YGNVVQLHDL ...文字列:
DFETNEDING VRFTWNVFPS TRSDANSNVV PVGCLYTPLK EYDELNVAPY NPVVCSGPHC KSILNPYCVI DPRNSSWSCP ICNSRNHLPP QYTNLSQENM PLELQSTTIE YITNKPVTVP PIFFFVVDLT SETENLDSLK ESIITSLSLL PPNALIGLIT YGNVVQLHDL SSETIDRCNV FRGDREYQLE ALTEMLTGQK PTGPGGAASH LPNAMNKVTP FSLNRFFLP LEQVEFKLNQ LLENLSPDQW SVPAGHRPLR ATGSALNIAS LLLQGCYKNI PARIILFASG PGTVAPGLIV NSELKDPLRS HHDIDSDHAQ HYKKACKFYN QIAQRVAANG HTVDIFAGCY DQIGMSEMKQ LTDSTGGVLL LTDAFSTAIF KQSYLRLFAK DEEGYLKMAF NGNMAVKTSK DLKVQGLIGH ASAVKKTDAN NISESEIGIG A TSTWKMAS LSPYHSYAIF FEIANTAANS NPMMSAPGSA DRPHLAYTQF ITTYQHSSGT NRIRVTTVAN QLLPFGTPAI AASFDQEAAA VLMARIAVHK AETDDGADVI RWLDRTLIKL CQKYADYNKD DPQSFRLAPN FSLYPQFTYY LRRSQFLSVF NNSPDETAFY RHIFTREDTT NSLIMIQPTL TSFSMEDDPQ PVLLDSISVK PNTILLLDTF FF ILIYHGE QIAQWRKAGY QDDPQYADFK ALLEEPKLEA AELLVDRFPL PRFIDTEAGG SQARFLLSKL NPSDNYQDMA RGGSTIVLTD DVSLQNFMTH LQQVAVSGQA MSHHKKRVY PQAQLQYGQN ATPLQQPAQF MPPQDPAAAG MSYGQMGMPP QGAVPSMGQQ QFLTPAQEQL HQQIDQATTS MNDMHLHNVP LVDPNAYMQP QVPVQMGTPL QQQQQPMAAP AYGQPSAAMG QNMRPMNQLY PIDLLTELPP PITDLTLPPP PLVIPPERML VPSELSNASP DYIRSTLNAV PKNSSLLKKS KLPFGLVIRP YQHLYDDIDP P PLNEDGLI VRCRRCRSYM NPFVTFIEQG RRWRCNFCRL ANDVPMQMDQ SDPNDPKSRY DRNEIKCAVM EYMAPKEYTL RQPPPATYCF LIDVSQSSIK SGLLATTINT LLQNLDSIPN HDERTRISIL CVDNAIHYFK IPLDSENNEE SADQINMMDI ADLEEPFLPR PNSMVVSLKA CRQNIETLLT KIPQIFQSNL ITNFALGPAL KSAYHLIGGV GG KIIVVSG TLPNLGIGKL QRRNESGVVN TSKETAQLLS CQDSFYKNFT IDCSKVQITV DLFLASEDYM DVASLSNLSR FTAGQTHFYP GFSGKNPNDI VKFSTEFAKH ISMDFCMETV MRARGSTGLR MSRFYGHFFN RSSDLCAFST MPRDQSYLFE VNVDESIMAD YCYVQVAVLL SLNNSQRRIR IITLAMPTTE SLAEVYASAD QLAIASFYNS KAV EKALNS SLDDARVLIN KSVQDILATY KKEIVVSNTA GGAPLRLCAN LRMFPLLMHS LTKHMAFRSG IVPSDHRASA LNNLESLPLK YLIKNIYPDV YSLHDMADEA GLPVQTEDGE ATGTIVLPQP INATSSLFER YGLYLIDNGN ELFLWMGGDA VPALVFDVFG TQDIFDIPIG KQEIPVVENS EFNQRVRNII NQLRNHDDVI TYQSLYIVRG ASLS EPVNH ASAREVATLR LWASSTLVED KILNNESYRE FLQIMKARIS K MAGWDIFG WFRDVLASLG LWNKHGKLLF LGLDNAGKTT LLHMLKNDRL ATLQPTWHPT SEELAIGNIK FTTFDLGGHI QARRLWKDYF PEVNGIVFLV DAADPERFDE ARVELDALFN IAELKDVPFV ILGNKIDAPN AVSEAELRSA LGLLNTTGSQ RIEGQRPVEV FMCSVVMRNG YLEAFQWLSQ YI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 100000
抽出トモグラム数: 149 / 使用した粒子像数: 800000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2qtv

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1pcx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5kyw

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8bsh:
COPII inner coat

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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