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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15946 | |||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco, class IV. | |||||||||
マップデータ | CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV. | |||||||||
試料 |
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キーワード | GroEL / GroES / Chaperone | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Gardner S / Saibil HR | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structural basis of substrate progression through the bacterial chaperonin cycle. 著者: Scott Gardner / Michele C Darrow / Natalya Lukoyanova / Konstantinos Thalassinos / Helen R Saibil / 要旨: The bacterial chaperonin GroEL-GroES promotes protein folding through ATP-regulated cycles of substrate protein binding, encapsulation, and release. Here, we have used cryoEM to determine structures ...The bacterial chaperonin GroEL-GroES promotes protein folding through ATP-regulated cycles of substrate protein binding, encapsulation, and release. Here, we have used cryoEM to determine structures of GroEL, GroEL-ADP·BeF, and GroEL-ADP·AlF-GroES all complexed with the model substrate Rubisco. Our structures provide a series of snapshots that show how the conformation and interactions of non-native Rubisco change as it proceeds through the GroEL-GroES reaction cycle. We observe specific charged and hydrophobic GroEL residues forming strong initial contacts with non-native Rubisco. Binding of ATP or ADP·BeF to GroEL-Rubisco results in the formation of an intermediate GroEL complex displaying striking asymmetry in the ATP/ADP·BeF-bound ring. In this ring, four GroEL subunits bind Rubisco and the other three are in the GroES-accepting conformation, suggesting how GroEL can recruit GroES without releasing bound substrate. Our cryoEM structures of stalled GroEL-ADP·AlF-Rubisco-GroES complexes show Rubisco folding intermediates interacting with GroEL-GroES via different sets of residues. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15946.map.gz | 20 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15946-v30.xml emd-15946.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15946_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15946.png | 98.7 KB | ||
マスクデータ | emd_15946_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15946.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_15946_half_map_1.map.gz emd_15946_half_map_2.map.gz | 318.7 MB 318.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15946 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15946_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15946_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15946_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15946_validation.cif.gz | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15946 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84938 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15946_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV.
ファイル | emd_15946_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV.
ファイル | emd_15946_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of GroEL-GroES-Rubisco, class IV. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco
全体 | 名称: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco |
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要素 |
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-超分子 #1: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco
超分子 | 名称: GroEL-GroES-ADP.AlF3-Rubisco / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 802 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: SPOTITON 詳細: The grid was prepared using a chameleon (SPT Labtech).. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 40.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |