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- EMDB-15937: Drosophila melanogaster complex I in the Twisted state (Dm2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15937
タイトルDrosophila melanogaster complex I in the Twisted state (Dm2)
マップデータGlobally sharpened consensus map generated using RELION Postprocess
試料
  • 複合体: Mitochondrial respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 42種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Respiratory electron transport / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein degradation / regulation of terminal button organization / Neutrophil degranulation / protein lipoylation ...Mitochondrial protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Respiratory electron transport / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein degradation / regulation of terminal button organization / Neutrophil degranulation / protein lipoylation / deoxynucleoside kinase activity / cellular respiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / ubiquinone binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl binding / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / determination of adult lifespan / response to reactive oxygen species / mitochondrial intermembrane space / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Soluble ligand binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 ...NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Soluble ligand binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / SLBB domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Complex 1 protein (LYR family) / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FI24283p1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L ...FI24283p1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / GH23780p / GEO11417p1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / GM23292p / Complex I-49kD / NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A / LD31474p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / RH45008p / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / fruit fly (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Agip ANA / Chung I / Sanchez-Martinez A / Whitworth AJ / Hirst J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00028/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of mitochondrial respiratory complex I from .
著者: Ahmed-Noor A Agip / Injae Chung / Alvaro Sanchez-Martinez / Alexander J Whitworth / Judy Hirst /
要旨: Respiratory complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from NADH oxidation by ubiquinone to drive protons across an energy-transducing membrane. is a ...Respiratory complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from NADH oxidation by ubiquinone to drive protons across an energy-transducing membrane. is a candidate model organism for complex I due to its high evolutionary conservation with the mammalian enzyme, well-developed genetic toolkit, and complex physiology for studies in specific cell types and tissues. Here, we isolate complex I from and determine its structure, revealing a 43-subunit assembly with high structural homology to its 45-subunit mammalian counterpart, including a hitherto unknown homologue to subunit NDUFA3. The major conformational state of the enzyme is the mammalian-type 'ready-to-go' active resting state, with a fully ordered and enclosed ubiquinone-binding site, but a subtly altered global conformation related to changes in subunit ND6. The mammalian-type 'deactive' pronounced resting state is not observed: in two minor states, the ubiquinone-binding site is unchanged, but a deactive-type π-bulge is present in ND6-TMH3. Our detailed structural knowledge of complex I provides a foundation for new approaches to disentangle mechanisms of complex I catalysis and regulation in bioenergetics and physiology.
履歴
登録2022年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年1月18日-
現状2023年1月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15937.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened consensus map generated using RELION Postprocess
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.016415473 - 0.09258795
平均 (標準偏差)-0.00017031669 (±0.0022799652)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 471.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15937_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened and unfiltered consensus map generated using RELION...

ファイルemd_15937_additional_1.map
注釈Unsharpened and unfiltered consensus map generated using RELION Postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 generated using RELION Postprocess (unsharpened...

ファイルemd_15937_half_map_1.map
注釈Half map 1 generated using RELION Postprocess (unsharpened and unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 generated using RELION Postprocess (unsharpened...

ファイルemd_15937_half_map_2.map
注釈Half map 2 generated using RELION Postprocess (unsharpened and unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial respiratory complex I

全体名称: Mitochondrial respiratory complex I
要素
  • 複合体: Mitochondrial respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: LD31474p
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Complex I-49kD
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit, isoform A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: RH45008p
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: GEO11417p1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate

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超分子 #1: Mitochondrial respiratory complex I

超分子名称: Mitochondrial respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#42
詳細: Native purification of mitochondrial complex I from Drosophila melanogaster (fruit fly) W1118.
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株: W1118
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.572529 KDa
配列文字列:
MFSIIFIALL ILLITTIVMF LASILSKKAL IDREKSSPFE CGFDPKSSSR LPFSLRFFLI TIIFLIFDVE IALILPMIII MKYSNIMIW TITSIIFILI LLIGLYHEWN QGMLNWSN

+
分子 #2: LD31474p

分子名称: LD31474p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 20.493963 KDa
配列文字列:
QQTLPVAEVA QNLPKKGYSP FGTKQSSVAE WSLARLDDLL NWGRKGSIWP LTFGLACCAV EMMHIAAPRY DMDRYGVVFR ASPRQADVI IVAGTLTNKM APALRKVYDQ MPEPRWVISM GSCANGGGYY HYSYSVVRGC DRIIPVDIYV PGCPPTAEAL M YGVLQLQK KVKRMKTLQM WYRK

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分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 24.435604 KDa
配列文字列: DKPTVRQPDA VARSHLSDFG RYVAECLPKY VQKVQLTAGD ELEVLIAPEG VVPVLQFLKD HHQAQFTNLV DIAGVDVPCR KNRFEVVYN LLSLRYNSRI RVKTYTDELT PLDSACEVHK AANWYEREIW DMYGVFFANH PDLRRILTDY GFEGHPQRRD F PLSGYVEL ...文字列:
DKPTVRQPDA VARSHLSDFG RYVAECLPKY VQKVQLTAGD ELEVLIAPEG VVPVLQFLKD HHQAQFTNLV DIAGVDVPCR KNRFEVVYN LLSLRYNSRI RVKTYTDELT PLDSACEVHK AANWYEREIW DMYGVFFANH PDLRRILTDY GFEGHPQRRD F PLSGYVEL RYDDEKKRVV CEPLELAQEF RKFDLSAPWE QFPNFRNANP P

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分子 #4: Complex I-49kD

分子名称: Complex I-49kD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 48.737969 KDa
配列文字列: KWYPDPEFMK QFSGPVMYPD EVTSLWTVPP WNSKVTPVEK SVRNLTLNFG PQHPAAHGVL RLVLELDGET VMRADPHIGL LH(2MR)GTEKLI EYKTYTQALP YFDRLDYVSM MCNEQCYSLA VEKLLNIDVP LRAKYIRTLF AEITRILNHI MAVGTHA LD ...文字列:
KWYPDPEFMK QFSGPVMYPD EVTSLWTVPP WNSKVTPVEK SVRNLTLNFG PQHPAAHGVL RLVLELDGET VMRADPHIGL LH(2MR)GTEKLI EYKTYTQALP YFDRLDYVSM MCNEQCYSLA VEKLLNIDVP LRAKYIRTLF AEITRILNHI MAVGTHA LD VGALTPFFWL FEEREKMMEF YERVSGARMH AAYIRPGGVS LDMPLGLMDD IYEFASKFAE RLDEVEDVLT TNRIWVQR T EDIGIVTAEE ALNYGFSGVM LRGSGIKWDL RKQQPYDAYN LVNFDVPIGT KGDCYDRYLC RVEEMRQSLR IIDQCLNQM PAGEIKTDDA KVAPPSRSEM KTSMEALIHH FKLFTQGYQV PPGATYTAIE APKGEFGVYL ISDGSSRPYR CKIKAPGFAH LAALEKIGK QHMLADVVAI IGTLDVVFGE IDR

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分子 #5: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A

分子名称: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 23.979373 KDa
配列文字列: DNLFVHRDTP EDNPNIPFEF TAENKKRVEA ILSIYPEGHK RGAMIPLLDL AQRQYGWLPI SAMHKVAEIL QLPNMRVYEV ATFYTMFMR KPTGKYHIQV CTTTPCWLRG SDDILETCKK QLGIGVGDTT KDRKFTISEV ECLGACVNAP MVAINDDYYE D LTSKDMQD ...文字列:
DNLFVHRDTP EDNPNIPFEF TAENKKRVEA ILSIYPEGHK RGAMIPLLDL AQRQYGWLPI SAMHKVAEIL QLPNMRVYEV ATFYTMFMR KPTGKYHIQV CTTTPCWLRG SDDILETCKK QLGIGVGDTT KDRKFTISEV ECLGACVNAP MVAINDDYYE D LTSKDMQD ILNDLKADKI SPPGPRNGRF ASEPKGEPTS LSEEPKGPGF GLQAGL

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分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 48.060184 KDa
配列文字列: PPPGTPPPQT KTKFGPLADE DRIFTNLYGR HDWRLKGALK RGDWYKTKEI VLKGADWIVN EIKTSGLRGR GGAGFPSGMK WSFMNKPGD GRPKYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRHDPHK LVEGCLIAGR AMGAQAAYIY IRGEFYNEAS NMQLAIAEAY Q AGLIGKNA ...文字列:
PPPGTPPPQT KTKFGPLADE DRIFTNLYGR HDWRLKGALK RGDWYKTKEI VLKGADWIVN EIKTSGLRGR GGAGFPSGMK WSFMNKPGD GRPKYLVVNA DEGEPGTCKD REIMRHDPHK LVEGCLIAGR AMGAQAAYIY IRGEFYNEAS NMQLAIAEAY Q AGLIGKNA CGTGYDFDVF MHRGAGAYIC GEETALIESL EGKQGKPRLK PPFPADVGVF GCPTTVTNVE TVAVAPTICR RG GVWFASF GRTRNSGTKL FNISGHVNRP CTVEEEMSIP LKELIERHCG GVTGGWDNLL GVIPGGSSTP IIPKNVCDDV IMD FDGLIA AQTSLGTAAI IVMDKSTDVI KAIARLISFY KHESCGQCTP CREGIGWMNK IMTRFVKGDA QPAEIDMLWE ISKQ IEGHT ICALGDGAAW PVQGLIRHFR PEIEKRMQLH AKRV

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分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 78.72425 KDa
配列文字列: MIRAPLVKAL GALGSPTHQM ASRAVRTSAM VAQTPAKAPE KIEVFVDDIP VQVVPGTTVL QAAAQIGVEI PRFCYHERLA VAGNCRMCL VEVEKSPKPV AACAMPVMKG WRIKTNSDLT RKAREGVMEF LLMNHPLDCP ICDQGGECDL QDQAMAFGSD R SRFTDINY ...文字列:
MIRAPLVKAL GALGSPTHQM ASRAVRTSAM VAQTPAKAPE KIEVFVDDIP VQVVPGTTVL QAAAQIGVEI PRFCYHERLA VAGNCRMCL VEVEKSPKPV AACAMPVMKG WRIKTNSDLT RKAREGVMEF LLMNHPLDCP ICDQGGECDL QDQAMAFGSD R SRFTDINY TGKRAVEDKD IGPLVKTIMT RCIHCTRCVR FASEIAGVDD LGTTGRGNDM QIGTYVEKLF LTELSGNVID LC PVGALTN KPYSFVARPW EIRKVSSIDV LDAVGSNIVV STRTNEVLRI LPRENEDVNE EWLADKSRFA CDGLKRQRLV APM VRMPNG ELQAVEWEGA LIAVAKAIKA AGGQIAGISG QLADLEAQVA LKDLLNRLGS EVVATEQGFI AGGTDNRANY LLNS TIAGL EEADAVLLVG TNPRYEAPLV NTRLRKAYVH NELQIASIGP KIDLSYDHEN LGADAALVKD VCSGAHAFSK VLEGA KKPA IIIGADLLER ADGAAIHATV AEYCKKLKKP NWNPFNVLQT NAAQVGALDV GYKAGAQTAV KAQPKVLFLL NADAGK VTR EQLPKDCFVV YIGSHGDNGA SIADAVLPGA AYTEKQGIYV NTEGRPQQTL PGVSPPGMAR EDWKILRALS EVVGKPL PY DNLDELRNRL EDVAPHLTRL GQLEPAGDAG AAGTISKSIG GGAIDIKLKE LRDYFMTDAI SRASPTMAKC ISAVNKQQ R ENEAKQSVAI

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 36.38352 KDa
配列文字列: MFYMEFILSL IGSLLLIICV LVSVAFLTLL ERKVLGYIQI RKGPNKVGLM GIPQPFCDAI KLFTKEQTYP LLSNYLSYYI SPIFSLFLS LFVWMCMPFF VKLYSFNLGG LFFLCCTSLG VYTVMVAGWS SNSNYALLGG LRAVAQTISY EVSLALILLS F IFLIGSYN ...文字列:
MFYMEFILSL IGSLLLIICV LVSVAFLTLL ERKVLGYIQI RKGPNKVGLM GIPQPFCDAI KLFTKEQTYP LLSNYLSYYI SPIFSLFLS LFVWMCMPFF VKLYSFNLGG LFFLCCTSLG VYTVMVAGWS SNSNYALLGG LRAVAQTISY EVSLALILLS F IFLIGSYN MIYFFFYQVY MWFLIILFPM ALVWVSISLA ETNRTPFDFA EGESELVSGF NVEYSSGGFA LIFMAEYASI LF MSMLFCV IFLGCDVFNL LFYMKLTFIS FVFIWVRGTL PRFRYDKLMY LAWKCFLSFS LNYLLFFIGF KILLFSLL

+
分子 #9: NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit

分子名称: NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 21.202973 KDa
配列文字列:
EPKDIVEVPK GYVYVNNKEL SMEFADITDR AASTMFFGEL LRGFAVTLAH IFKEPATINY PFEKGPLSPR FRGEHALRRY PSGEERCIA CKLCEAICPA QAITIEAEER ADGSRRTTRY DIDMTKCIYC GFCQEACPVD AIVEGPNFEF STETHEELLY N KEKLLCNG DKWESEIASN LQADHLYR

+
分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 19.309604 KDa
配列文字列:
MIQLMLYSLI ITTSIIFLNM IHPLALGLTL LIQTIFVCLL TGLMTKSFWY SYILFLIFLG GMLVLFIYVT SLASNEMFNL SMKLTLFSS LILIFMLILS FIMDKTSSSL FLMNNDMQSI INMNSYFMEN SLSLNKLYNF PTNFITILLM NYLLITLIVI V KITKLFK

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.032422 KDa
配列文字列:
MIMILYWSLP MILFILGLFC FVSNRKHLLS MLLSLEFIVL MLFFMLFIYL NMLNYESYFS MMFLTFSVCE GALGLSILVS MIRTHGNDY FQSF

+
分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 65.777867 KDa
配列文字列: MKYLSICSIS FVNLISMSLS CFLLSLYFLL NDMIYFIEWE LVSLNSMSIV MTFLFDWMSL LFMSFVLMIS SLVIFYSKEY MMNDNHINR FIMLVLMFVL SMMLLIISPN LISILLGWDG LGLVSYCLVI YFQNIKSYNA GMLTALSNRI GDVALLLSIA W MLNYGSWN ...文字列:
MKYLSICSIS FVNLISMSLS CFLLSLYFLL NDMIYFIEWE LVSLNSMSIV MTFLFDWMSL LFMSFVLMIS SLVIFYSKEY MMNDNHINR FIMLVLMFVL SMMLLIISPN LISILLGWDG LGLVSYCLVI YFQNIKSYNA GMLTALSNRI GDVALLLSIA W MLNYGSWN YIFYLEIMQN EFEMLMIGSL VMLAAMTKSA QIPFSSWLPA AMAAPTPVSA LVHSSTLVTA GVYLLIRFNI IL STSWLGQ LMLLLSGLTM FMAGLGANFE FDLKKIIALS TLSQLGLMMS ILSMGFLKLA MFHLLTHALF KALLFMCAGA IIH NMNNSQ DIRLMGGLSI HMPLTSACFN VSNLALCGMP FLAGFYSKDM ILEIVSISNV NMFSFFLYYF STGLTVSYSF RLVY YSMTG DLNCGSLNML NDESWIMLRG MMGLLIMSII GGSMLNWLIF PFPYMICLPI YMKLLTLFVC IVGGLFGYLI SLSNL FFLN KSLFMYNLST FLGSMWFMPY ISTYGMIFYP LNYGQLVVKS FDQGWSEYFG GQHLYQKLSM YSKTLFLMHN NSLKIY LLL FVFWILILLI LLFL

+
分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 51.473168 KDa
配列文字列: MLKIIFFLLF LIPFCFINNM YWMVQIMMFF ISFIFLLMNN FMNYWSEISY FLGCDMLSYG LILLSLWICS LMLLASEMIN KHNNYKNLF LLNIIILLLL LILTFSSMSL FMFYLFFESS LIPTLFLILG WGYQPERLQA GLYLLFYTLL VSLPMLIGIF Y LMNKIGSM ...文字列:
MLKIIFFLLF LIPFCFINNM YWMVQIMMFF ISFIFLLMNN FMNYWSEISY FLGCDMLSYG LILLSLWICS LMLLASEMIN KHNNYKNLF LLNIIILLLL LILTFSSMSL FMFYLFFESS LIPTLFLILG WGYQPERLQA GLYLLFYTLL VSLPMLIGIF Y LMNKIGSM NFYLMNNFMF NYDLLYFCLL CAFLVKMPMF LVHLWLPKAH VEAPVSGSMI LAGIMLKLGG YGMLRVISFL QL MNLKYSF VWISISLVGG VLVSLVCLRQ TDLKALIAYS SVAHMGIVLS GLLTMTYWGL CGSYTLMIAH GLCSSGLFCL ANV SYERLG SRSMLINKGL LNFMPSMTLW WFLLSSANMA APPTLNLLGE IYLLNSIVSW SWISMILLSF LSFFSAAYTL YLYS FSQHG KLFSGVYSFS SGKIREYLLM LLHWLPLNLL ILKSESFMLW L

+
分子 #14: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 39.839887 KDa
配列文字列: MFNNSSKILF ITIMIIGTLI TVTSNSWLGA WMGLEINLLS FIPLLSDNNN LMSTEASLKY FLTQVLASTV LLFSSILLML KNNMNNEIN ESFTSMIIMS ALLLKSGAAP FHFWFPNMME GLTWMNALML MTWQKIAPLM LISYLNIKYL LLISVILSVI I GAIGGLNQ ...文字列:
MFNNSSKILF ITIMIIGTLI TVTSNSWLGA WMGLEINLLS FIPLLSDNNN LMSTEASLKY FLTQVLASTV LLFSSILLML KNNMNNEIN ESFTSMIIMS ALLLKSGAAP FHFWFPNMME GLTWMNALML MTWQKIAPLM LISYLNIKYL LLISVILSVI I GAIGGLNQ TSLRKLMAFS SINHLGWMLS SLMISESIWL IYFFFYSFLS FVLTFMFNIF KLFHLNQLFS WFVNSKILKF TL FMNFLSL GGLPPFLGFL PKWLVIQQLT LCNQYFMLTL MMMSTLITLF FYLRICYSAF MMNYFENNWI MKMNMNSINY NMY MIMTFF SIFGLFLISL FYFMF

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 42.724574 KDa
配列文字列: ISGKTMRGGP RVPKAAPYPY KTKKYSVFNA IFDKTSKRFD ENSKVICVEG PIAAGKSKFA KELAEELDME YYPAVDLDLI YINSYGYDM RKLDPQLPPS CRSYDVRNFC LDPSHDLAAQ FQIRMYMLRY SQYIDALQHV LSTGQGVVLE RSPYSDFVFM E AMFRQGYL ...文字列:
ISGKTMRGGP RVPKAAPYPY KTKKYSVFNA IFDKTSKRFD ENSKVICVEG PIAAGKSKFA KELAEELDME YYPAVDLDLI YINSYGYDM RKLDPQLPPS CRSYDVRNFC LDPSHDLAAQ FQIRMYMLRY SQYIDALQHV LSTGQGVVLE RSPYSDFVFM E AMFRQGYL SRGARSVYNE LRQNTIGELL KPHLVIYLDL PVDAVKKQIK ARNVDYEVQS KVFSDAYLSD LEQLYKQQYL KD ISTHAEL LIYDWTAGGE TEVVVEDIER IDFNQFEADI HNKKMLDWRF PLEAEWCEAR IKYCHEKPDL MNYFNVPRFD VPE LVRSAD DGKVWRDVWF NAPGMKYRPG YNADMGDEGL LTKTKIGINQ GI

+
分子 #16: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit, isoform A

分子名称: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit, isoform A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 42.994168 KDa
配列文字列: PRPLKTTNPA AMKRGTGGRS SFNGIVATVF GATGFVGRYV CNKLGKSGTQ MILPYRGDDS DVIRLKVTGD LGQVLFHFYN LEDPASIRD AVKHSNVVIN LVGRDFETKN FKFKDVHVNG AERIARIARE AGVERFIHLS SLNVEANPKD LYVKGGSEWL K SKYEGELR ...文字列:
PRPLKTTNPA AMKRGTGGRS SFNGIVATVF GATGFVGRYV CNKLGKSGTQ MILPYRGDDS DVIRLKVTGD LGQVLFHFYN LEDPASIRD AVKHSNVVIN LVGRDFETKN FKFKDVHVNG AERIARIARE AGVERFIHLS SLNVEANPKD LYVKGGSEWL K SKYEGELR VRDAFPNATI IRPADIYGSE DRFLRYYAHI WRRQFRSMPL WHKGEKTVKQ PVYVSDVAQA IINAAKDPDS AG RIYQAVG PKRYQLSELV DWFHRLMRKD QKRWGYMRYD MRWDPTFLLK AKLNSFICPG TPIGGLHPAR IEREAVTDKV LTG VPTLED LGVTLTTMEQ QVPWELRPYR AALYYDAELG EFETPSPPKC IEARDELRLF A

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 14.960848 KDa
配列文字列:
NKLSGKITVP TAVNLSPISG VPEEHIRERR VRIHIPPKNA MQSGTDNVNT WQIEFDNRER WENPLMGWAS SGDPLSNMNV QFGSPEEAI TFCERNGWRW YVDGAAKPKK ERVKNYGINF AWNKRTRVST K

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 10.197637 KDa
配列文字列:
RGDIEKVTHT GQVFDKEDYR NARFVNAKRY VNENWGIKLI EEVPPKECTE RVVFCDGGDG PLGHPKVYIN LDKPGNHICG YCGLRFVKK

+
分子 #19: Acyl carrier protein, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 17.257992 KDa
配列文字列:
MSFTQIARSC SRLAATLAPR RVASGILIQS QASRMMHRIA VPSMTSQLSQ ECRGRWQTQL VRKYSAKPPL SLKLINERVL LVLKLYDKI DPSKLNVESH FINDLGLDSL DHVEVIMAME DEFGFEIPDS DAEKLLKPAD IIKYVADKED VYE

+
分子 #20: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit

分子名称: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.135179 KDa
配列文字列:
IKASTGLTGL AVSTNPHHTL SALYGKILRA VSKMPQDASY RKYTEQLVKQ RADSVAQHKD ITALEKAVGC GQVEELIVQA ENELILARK MLGWKPWEKL VQAAPAKQWD WPPAQIMEP

+
分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.805113 KDa
配列文字列:
AVQQVRPILS VDREEARKRA LNLYKAWYRQ IPYIVMDYDI PMTVEQCRDK LREEFVKHRN VTDIRVIDML VIKGQMELKE SVEIWKQKG HIMRYWKESQ DPKPTDFLSK FIQGV

+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 19.742227 KDa
配列文字列:
VITNNTTLPE ESELNVQELN LSSAALRAGA FHLGKQCEQA NNEFMLCRQE LDDPRACLAE GKAVTSCALD FFRKVKKTCH EEFTQYATC LDKSSGTMAF SHCRKTQGVF DKCIKDNFDW DRPSYGYFSR AKVIQSAREA PKKEEKVSYP DATPGLPEDY P KPPAKYGS RFHWLE

+
分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 18.101697 KDa
配列文字列:
LRSKYYDHPD GEDAFGKIVA TNKYAVSAGV AWSMFDVLTL SKPQGYLPTL GRFAYNTGPL MGMATAFTLT TLVATNARGK DDKINYLIG GFAAGGVFGA WKHNHVAGLC AGLFLGIAGV IKKMSIEQGW EFFPNTPIKQ YGGLNIAGND WTIMADPPKN W TTEKPKE

+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.961572 KDa
配列文字列:
PPKQDLPPPG GYKKIPFARV PPKSYFTGFT TIGTYVVVTA VGLGIYYLTA KKVKRDEIEM RSAQNVIFPI LVAERDREFL RQLRRNRDE EAELMKNVPG WEVGTWYGEP VFKTLPEDTL VTPIFKEFYA HSDWKSYAKR AHLKLWS

+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 8.587994 KDa
配列文字列:
MWFEILPGAV IITTLLSVPI YAMYGLDKLM IGNAFRRNMD ERFSRVMYQR DFRLTDNPYK MNGLDAIPDE KTN

+
分子 #26: RH45008p

分子名称: RH45008p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 7.376355 KDa
配列文字列:
SLLKRAWNEI PDIVGGSALA LAGIVMATIG VANYYAKDGD NRRYKLGYVV YRHDDPRALK VRNDED

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.794606 KDa
配列文字列:
SAVNDPLELL TNKGTHEPSF LSPIWNPIAC GVAGVGAAIF INWGFRKPVF SGIQKHIAFG AIGVGAGAYF DQKRNEYLAK RDAVLRHYI ELHPDDFPVK ERKTYGQVLE SWVPVR

+
分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.884772 KDa
配列文字列:
SLTPFLRLPL TDLTGCLINH QTYDKCGKFE MKMMECFEAY GLERGKRECA DLISDFQECV GMQKQLMRFH AMRNERYKQW LKGERKGQE FFADPPRVDA Y

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.232307 KDa
配列文字列:
MVLGLDKRAL WGALPLLGFA IGHFLDKKET ERMTMFRDKS ALYGRPAGSE GKAPSW

+
分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.287581 KDa
配列文字列:
LTTEDFANPS PKNWQSYGFD YKDQVEDRKA TKSTFFVTVT LCLVWGSFYW AYLPDTQFRN WAQREGFLEL RRRELAGVDL VSPNYVDPA SITLPSDEDL GDTEIII

+
分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 17.45177 KDa
配列文字列:
GHHQMIIKPS RFQWDKFKDL LHFYVMLGVI PVTALVLYAN IFVGPAQLAE IPEGYEPKHW EYEKHPISRF ISRYILNSDQ QNYEKSLHY LYEENEKAQI RLLEDEVRRK MSERNDYQAY YYRPSVAKYH RISKEAADEL EALRGD

+
分子 #32: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 18.467168 KDa
配列文字列:
GASETGGVKP MVIAGRMVRE RERLIGMSPE ERAWRKQWLK DQELHHGPRK VPALELELNN PIKRFYRAPL DKVCNVLEPV LGFQRAYTV RFWTGKALLA LTGIYAGAYY FKYNQNDWTR KGGWRVIHSR KQCVPGDEGY PKVSDRSAPS DYAARGFNES P L

+
分子 #33: GEO11417p1

分子名称: GEO11417p1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.878727 KDa
配列文字列:
KSHVVSYRNG PPPHSKATKI GALTVGGAMW WWVIWHLWHE PDHITGEFDY PNSRKWSNT

+
分子 #34: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 9.480889 KDa
配列文字列:
EPYTVPHAST YKVESVPQLV EVKEALGRQG LKDPWLRNEV WRYEPKAFGT HRSRLNTFLF RGLGVGFCAF LATVAVEYAL GIGK

+
分子 #35: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.935807 KDa
配列文字列:
GWNKDYKPGP YPQTEKERLA AAKKYYLLPE EYKPYADDGL GYGDYPKLGY GLGVEAKDSY YPWDYPEHKR NQHEPISADH DLYSEDRWS QAEPPRYSNA YYFACFLGVM SGCLALYYWL DDKKMYRPVA AKQYPSPGVK HYTFE

+
分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.61235 KDa
配列文字列:
EEQEFIKRKH EATLKLRQEF LKQSSNPYRH ATGEGGTVFD AGLARFQAMR VSNYEHFKPT GKSFRTGLFA VVLPIALYAW ALKAERDGR EEKYRTGQVA YKDRQFKFI

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.285512 KDa
配列文字列:
AQVPLAIVSH KRQVCSLYKR ALRNLESWYD RRNVYRYRAV QLRARFDENR SKDLGEGIRL LACGQRELFE TRHFQPRNFA NSAGGCAFE REVIPPDWVL DYWHPLEKAQ YPEYFAKREQ RKKEFVTWWE KQYGK

+
分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.388468 KDa
配列文字列:
GNALTHYMKP DVMPGPDVVP TFDPLLGFKS RKERVMIATQ EEMESAKLPL EFRDYCAHLA IAYQACRSDT FPFVYKCAHQ KHEYLTCEY EDYVLRMKEF ERERRLLERQ KRL

+
分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 18.050463 KDa
配列文字列:
PRSPMASFAE SVLNVIDGPI TWFRESIVEP NQQKQNWYHQ RFRRVPTIDQ CYTDDAVCRF EADQQFRRDR MVDNEIVNIL RQRFEDCTL YEAPDHMVKC RPLMDQYEKA TENWFIKYGD LGGYANAKTA YMKQKHRLIW ERRHGPVGSG MK

+
分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.983135 KDa
配列文字列:
LGINRLTKLF QMVREAGGLK QAYLKLYRND DLKIGTLVGI DKYGNKYFEN PYYFYGRNRW IEFAPHVNMD YDGSMIPAEW YGWMHYKTD LPPIRDGCRP KYKWIADHSE NLSGTKEAYY PYSTTPNKVE AWEPKA

+
分子 #41: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.562093 KDa
配列文字列:
MSALRRDVSP LIQRIRAFLL GREHNLALRF EDGLADRTQP QPEIPDGPSH LLSANYYCQR DGRREVLPPI DLVEQQKQLA AEGEAAKAP SSKLPTPGKV YAWD

+
分子 #42: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: fruit fly (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 6.512273 KDa
配列文字列:
SSPSVVGLTS NCVKPSSGPV GPGASATGGY KVPEYYSFNR FSYAEAEVEM AKYRCPQPSA LK

+
分子 #43: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #44: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 6 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #45: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #46: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #47: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #48: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 1 / 式: DGT
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-DGT:
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP

+
分子 #49: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #50: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #51: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...

分子名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 2 / 式: EHZ
分子量理論値: 584.703 Da
Chemical component information

ChemComp-EHZ:
~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HClTRIZMA base
150.0 mMNaClsodium chloride
0.05 %DDMn-Dodecyl beta-D-maltoside
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 7 days in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ...詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 7 days in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ethanol and dried prior to blotting
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 10 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3082 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 41.88 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 194538
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4345

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 12343
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zr2

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8ba0:
Drosophila melanogaster complex I in the Twisted state (Dm2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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