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万見
- EMDB-1587: ab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS (3D alignment by... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1587
タイトルab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS (3D alignment by differential Evolution with Spectral Self-adaptation), which is a new high-resolution single-particle orientation refinement method based on spectrally self-adapting common lines
マップデータab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS
試料
  • 試料: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy
  • 細胞器官・細胞要素: GroEL
キーワードGroEL / common lines / spectral self-adaptation
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Elmlund D / Elmlund H
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2009
タイトル: High-resolution single-particle orientation refinement based on spectrally self-adapting common lines.
著者: Dominika Elmlund / Hans Elmlund /
要旨: Three-dimensional (3D) structure determination from electron microscopic images of single molecules can be difficult for particles with low or no internal symmetry, and for images with low signal-to- ...Three-dimensional (3D) structure determination from electron microscopic images of single molecules can be difficult for particles with low or no internal symmetry, and for images with low signal-to-noise ratio (SNR), due to the existence of false maxima in the scoring function used for orientation search. In attempt to improve robustness of orientation parameter refinement towards noise and poor starting reconstruction quality, we have developed a method for common lines-based orientation search in Fourier space. The Fourier-space formulation enables inclusion of resolution (spatial frequency of the low-pass limit) as a variable that is adjusted in a particle-dependent, self-adaptive manner. The method allows for the underlying 3D structure to be estimated to high resolution, and requires only a crude, low-resolution reconstruction as starting-point for refinement. Benchmarking of the method is performed on experimental and synthetic data.
履歴
登録2008年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年12月15日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1oel
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1oel
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1587.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 140 pix.
= 228.2 Å		1.63 Å/pix.
x 140 pix.
= 228.2 Å		1.63 Å/pix.
x 140 pix.
= 228.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00689 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.0491726 - 0.0902491
平均 (標準偏差)0.000727468 (±0.00502245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 228.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.631.631.63
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z228.200228.200228.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.0490.0900.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular ...

全体名称: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy
要素
  • 試料: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy
  • 細胞器官・細胞要素: GroEL

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超分子 #1000: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular ...

超分子名称: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: All sample details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39
集合状態: 14-meric and d7 symmetric GroEL / Number unique components: 1

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超分子 #1: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細All imaging details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39
撮影詳細: All image processing details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細All experimental details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39
CTF補正詳細: each micrograph, phase flipping only
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Evol-Align

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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