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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1587 | |||||||||
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タイトル | ab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS (3D alignment by differential Evolution with Spectral Self-adaptation), which is a new high-resolution single-particle orientation refinement method based on spectrally self-adapting common lines | |||||||||
マップデータ | ab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS | |||||||||
試料 |
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キーワード | GroEL / common lines / spectral self-adaptation | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Elmlund D / Elmlund H | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2009 タイトル: High-resolution single-particle orientation refinement based on spectrally self-adapting common lines. 著者: Dominika Elmlund / Hans Elmlund / 要旨: Three-dimensional (3D) structure determination from electron microscopic images of single molecules can be difficult for particles with low or no internal symmetry, and for images with low signal-to- ...Three-dimensional (3D) structure determination from electron microscopic images of single molecules can be difficult for particles with low or no internal symmetry, and for images with low signal-to-noise ratio (SNR), due to the existence of false maxima in the scoring function used for orientation search. In attempt to improve robustness of orientation parameter refinement towards noise and poor starting reconstruction quality, we have developed a method for common lines-based orientation search in Fourier space. The Fourier-space formulation enables inclusion of resolution (spatial frequency of the low-pass limit) as a variable that is adjusted in a particle-dependent, self-adaptive manner. The method allows for the underlying 3D structure to be estimated to high resolution, and requires only a crude, low-resolution reconstruction as starting-point for refinement. Benchmarking of the method is performed on experimental and synthetic data. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1587.map.gz | 10.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1587-v30.xml emd-1587.xml | 7.2 KB 7.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1587.gif | 78.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1587 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1587_validation.pdf.gz | 249.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1587_full_validation.pdf.gz | 248.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1587_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ab initio 3D reconstruction of GroEL using 3DESS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.63 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular ...
全体 | 名称: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy |
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要素 |
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-超分子 #1000: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular ...
超分子 | 名称: GroEL data provided by National Resource for Automated Molecular Microscopy タイプ: sample / ID: 1000 詳細: All sample details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39 集合状態: 14-meric and d7 symmetric GroEL / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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詳細 | All imaging details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39 |
撮影 | 詳細: All image processing details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | All experimental details described in Stagg, S. M. et al. A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions, JSB 2008, 163(1), 29-39 |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph, phase flipping only |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Evol-Align |