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- EMDB-15866: Cryo-EM structure of succinate dehydrogenase complex (complex-II)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15866
タイトルCryo-EM structure of succinate dehydrogenase complex (complex-II) in respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
マップデータSharpened mask refined map
試料
  • 複合体: Succinate dehydrogenase complex (complex-II)
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...: / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain ...Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD binding domain / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphthamide synthesis protein / succinate dehydrogenase / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative ...Diphthamide synthesis protein / succinate dehydrogenase / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / NmrA-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Muhleip A / Kock Flygaard R / Baradaran R / Amunts A
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip A / Flygaard RK / Haapanen O / Baradaran R / Gruhl T / Tobiasson V / Marechal A / Sharma V / Amunts A
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15866.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened mask refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å		1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å		1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.2404299 - 6.277895
平均 (標準偏差)-0.0035404132 (±0.10862157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15866_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened mask refined map

ファイルemd_15866_additional_1.map
注釈Unsharpened mask refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_15866_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_15866_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Succinate dehydrogenase complex (complex-II)

全体名称: Succinate dehydrogenase complex (complex-II)
要素
  • 複合体: Succinate dehydrogenase complex (complex-II)
    • タンパク質・ペプチド: Diphthamide synthesis protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Transposase
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: DUF4885 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase (quinone)
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: SDHTT3
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: NmrA domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: SDHTT11
    • タンパク質・ペプチド: SDHD
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: Ubiquinone-8

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超分子 #1: Succinate dehydrogenase complex (complex-II)

超分子名称: Succinate dehydrogenase complex (complex-II) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Complex-II of the mitochondrial respiratory chain in Tetrahymena thermophila
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Organelle: Mitochondrion
分子量理論値: 305 KDa

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分子 #1: Diphthamide synthesis protein

分子名称: Diphthamide synthesis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 22.894336 KDa
配列文字列: MLTQRFYMIQ FTKEEQSSEE KYLKTREREE DRKKELMHPQ KVLNKKENKR KALLSKNQQN KKLIKYLNLN KRQEKLININ QEEMSILPP LQYTYSNEES LELLIHSIKG NKDCNSERKA FNLCRSTVLG KHVEPEKCLD KALVFVNCFQ KVRRDESAAC Q SAFNSTLE ...文字列:
MLTQRFYMIQ FTKEEQSSEE KYLKTREREE DRKKELMHPQ KVLNKKENKR KALLSKNQQN KKLIKYLNLN KRQEKLININ QEEMSILPP LQYTYSNEES LELLIHSIKG NKDCNSERKA FNLCRSTVLG KHVEPEKCLD KALVFVNCFQ KVRRDESAAC Q SAFNSTLE CGKKYSESTI SLGSSCQSQL DAYLNCK

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分子 #2: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 9.168366 KDa
配列文字列:
MARLWWTLDP SKYYLKQISS GGRNEILFTV LGVTAAYWYF GNKRCEHYWR RQIDNCQSWS RAQNINGNNL TVKQYF

+
分子 #3: Transposase

分子名称: Transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 11.027419 KDa
配列文字列:
MKLDQIISYY ITPVRRFDKN LTAEQIYEQY QQAAQFNEID AFTNIRFHRK FKEYIQTQEQ SDYLYEKAKQ ISTLAQKMFE KKFPEYYTQ

+
分子 #4: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitoch...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 70.082758 KDa
配列文字列: MFKYLSKIQR VTLHSKVSKN FAVLSKDHPE KGPSQGHLTD KYTVIDHTYD AIVVGAGGAG LRAAFGLVEE GFKTACITKL FPTRSHTVA AQGGINAALG NMTEDDWKWH FYDTVKGSDW LGDQDAIQYM TREAPAAVLE LESYGLPFSR TPEGKIYQRA F GGQSLKFG ...文字列:
MFKYLSKIQR VTLHSKVSKN FAVLSKDHPE KGPSQGHLTD KYTVIDHTYD AIVVGAGGAG LRAAFGLVEE GFKTACITKL FPTRSHTVA AQGGINAALG NMTEDDWKWH FYDTVKGSDW LGDQDAIQYM TREAPAAVLE LESYGLPFSR TPEGKIYQRA F GGQSLKFG KGGQARRTAC AADRTGHAML HTLFGRSLAY NCNFFIEYFV IDLIMDEEGA CRGVICMSMA DGSIHRIRAH YT VLAAGGY GRSYLSCTAA HTCTGDGMAL ATRAGLPLED PEFVQFHPTG IYGSGCLMTE GCRGEGGILV NSNGEAFMEK YAP TAKDLA SRDVVSRAMT IEILEGRGVG PKKDHIFLQL HHLSPETLHQ RLPGISETAR IFAGVDVTKE PAPVVPTVHY NMGG VPTNW KTEVITQDKN GKDKIVPGLL AAGENACASV HGANRLGANS LLDIVVFGRA AAKLVKEKLK PGTPHKDLPK NAGEQ ALAR LDKYRFANGE YTTHHVRTAM QETMQRHAAV FRIEKLMAEG VQKLDHIYEQ SKSLKTFDRG LVWNTDLIET LELENL LLC SKQTLLAGLL RKESRGAHAR DDFKERDDKN WMKHSLTWIK DVNTGKTEVT YRDVINHTLD SEVTPVPPAK RSY

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分子 #5: DUF4885 domain-containing protein

分子名称: DUF4885 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 12.979428 KDa
配列文字列:
MFSDFNMYEA KVFLKAVADA QNTFRQTAQQ ENQLARYESQ SQSLLNGSTS GAISITGDNI QQGRNFKALK EVKLFQYSNE IFKKYLAGF DSFSGDYTAF KKFLNESVKK IEQDA

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分子 #6: Succinate dehydrogenase (quinone)

分子名称: Succinate dehydrogenase (quinone) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 36.002402 KDa
配列文字列: MLRTIFKTRS LFNASVSRFG SGFDRIAESN DATSICLESI SGTIKGLQKA NYVVEHNPNL TSEEKKHLKQ FLVYRYNPAD PHDQPKYVS YWCDIKKFPP MFLDAILYIK NELDPTLSIR RSCREGICGS CAVNCDGLHT LACISGFNRD LSKPTIITPL G HMFILKDL ...文字列:
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+
分子 #7: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 35.124293 KDa
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+
分子 #8: SDHTT3

分子名称: SDHTT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 23.62773 KDa
配列文字列: MSLVSLFKNT FLKSRVIGLS FQAQRVMAQM AKTDFENPDE HFLLNDAMKY NELVFYGRLA ENWSINPELF GKAELAKYNE AKQTLIDFN QYHALVQNLH EFYWELKTIY LELSRGVATS NFHNKREVTH SIIESDIKNS IHKYIQLIDD LKDYPEWQHK V REEIGYYA ...文字列:
MSLVSLFKNT FLKSRVIGLS FQAQRVMAQM AKTDFENPDE HFLLNDAMKY NELVFYGRLA ENWSINPELF GKAELAKYNE AKQTLIDFN QYHALVQNLH EFYWELKTIY LELSRGVATS NFHNKREVTH SIIESDIKNS IHKYIQLIDD LKDYPEWQHK V REEIGYYA HMIYTSVNHD GNFPEIFKEF NKVDSLYYFK

+
分子 #9: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 11.188824 KDa
配列文字列:
MLDDTKYIQM AQKFPRNVSV QLNKKLFVTR TWFRNYYFVG VFGIFAYFIY NQPKIFAPFS GYPTTVAYKA QPDFLNDQVI FYSQQRQNT LKNF

+
分子 #10: NmrA domain-containing protein

分子名称: NmrA domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 36.376008 KDa
配列文字列: MSLLVVSGAN KVGQGIIRGL HSSGKYEKIV VADVFPKYYY LERYLRFKDT LTQNKTKLEE VKLTDKTDLE SAIKKASHVV YVTHDYYYN VPSKLNLIKH TATLSRSAGV KRLVNVTPVE NDHYGESQAV LAATQSENEA RVAFPGLVEL KTDLTFGQDS T VVSELLTR ...文字列:
MSLLVVSGAN KVGQGIIRGL HSSGKYEKIV VADVFPKYYY LERYLRFKDT LTQNKTKLEE VKLTDKTDLE SAIKKASHVV YVTHDYYYN VPSKLNLIKH TATLSRSAGV KRLVNVTPVE NDHYGESQAV LAATQSENEA RVAFPGLVEL KTDLTFGQDS T VVSELLTR LAYGKSIYFK PSAHRISPVH TLNVAEATQR ILENNSLQNL RYVARGTESF DWNTIISTLA AAIGKNANLN QN PLENIIS PLSDNIVSQT VHHHHYLNLT RFINQYQEPK QTEHHELTNL GVNNLVKFSE FYKPNSVSTQ DYQIKTGLSH WAH CL

+
分子 #11: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 11.957518 KDa
配列文字列:
MNHSCQKVFE GFVSALYDTS YFFRNFGPFK ATIHYATYAN YLAQNWAPRV SYIETSTPAY TLAKNKYAVY IVYGLIGGAL IHNYMLDNK AAQKSQQYYL KHRD

+
分子 #12: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 7.244434 KDa
配列文字列:
MRRIFWNFKT AFVGLPMFSL APKNILVYPI VVGVPLYTFI VLQNSVRGFA YFDEYDSDVK EN

+
分子 #13: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 7.03602 KDa
配列文字列:
MRTKLYNAAY FLLNNNESFG HSFGIRLKIV GLNTWIVGYA VSRYYFSSLR VKAAQDERFE

+
分子 #14: SDHTT11

分子名称: SDHTT11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 5.158135 KDa
配列文字列:
LPIRNIQFAR YHYLAAVTVF TYFATRCCLL DYKKYYPLAS VKK

+
分子 #15: SDHD

分子名称: SDHD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 5.566625 KDa
配列文字列:
MFKELIHIFR TYYITFRYLK KSNINFLKNL SYTLIAYYLI INFQ

+
分子 #16: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 7 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #17: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #18: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

+
分子 #19: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #20: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #21: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

+
分子 #22: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #23: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #24: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #25: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 25.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 138746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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