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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1583
タイトル3D structure of the C3bB complex provides insights into the activation and regulation of the complement alternative pathway convertase
マップデータStructure of the C3bB pro-convertase.
試料
  • 試料: C3bB
  • タンパク質・ペプチド: C3bB
キーワードC3bB / complement alternative pathway
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Torreira E / Tortajada A / Montes T / Rodriguez de Cordoba S / Llorca O
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2009
タイトル: 3D structure of the C3bB complex provides insights into the activation and regulation of the complement alternative pathway convertase.
著者: Eva Torreira / Agustín Tortajada / Tamara Montes / Santiago Rodríguez de Córdoba / Oscar Llorca /
要旨: Generation of the alternative pathway C3-convertase, the central amplification enzyme of the complement cascade, initiates by the binding of factor B (fB) to C3b to form the proconvertase, C3bB. C3bB ...Generation of the alternative pathway C3-convertase, the central amplification enzyme of the complement cascade, initiates by the binding of factor B (fB) to C3b to form the proconvertase, C3bB. C3bB is subsequently cleaved by factor D (fD) at a single site in fB, producing Ba and Bb fragments. Ba dissociates from the complex, while Bb remains bound to C3b, forming the active alternative pathway convertase, C3bBb. Using single-particle electron microscopy we have determined the 3-dimensional structures of the C3bB and the C3bBb complexes at approximately 27A resolution. The C3bB structure shows that fB undergoes a dramatic conformational change upon binding to C3b. However, the C3b-bound fB structure was easily interpreted after independently fitting the atomic structures of the isolated Bb and Ba fragments. Interestingly, the divalent cation-binding site in the von Willebrand type A domain in Bb faces the C345C domain of C3b, whereas the serine-protease domain of Bb points outwards. The structure also shows that the Ba fragment interacts with C3b separately from Bb at the level of the alpha'NT and CUB domains. Within this conformation, the long and flexible linker between Bb and Ba is likely exposed and accessible for cleavage by fD to form the active convertase, C3bBb. The architecture of the C3bB and C3bBb complexes reveals that C3b could promote cleavage and activation of fB by actively displacing the Ba domain from the von Willebrand type A domain in free fB. These structures provide a structural basis to understand fundamental aspects of the activation and regulation of the alternative pathway C3-convertase.
履歴
登録2008年11月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年12月3日-
マップ公開2009年4月1日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 4.665481014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 4.665481014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2i07
  • 表面レベル: 4.665481014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the C3bB pro-convertase.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.2 Å/pix.
x 72 pix.
= 302.4 Å
4.2 Å/pix.
x 72 pix.
= 302.4 Å
4.2 Å/pix.
x 72 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル1: 4.75 / ムービー #1: 4.665481
最小 - 最大-3.26826 - 12.711600000000001
平均 (標準偏差)0.152448 (±0.975135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-9-9-9
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 302.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.400302.400302.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-9-9-9
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-3.26812.7120.152

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C3bB

全体名称: C3bB
要素
  • 試料: C3bB
  • タンパク質・ペプチド: C3bB

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超分子 #1000: C3bB

超分子名称: C3bB / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One monomer of C3b binds to one monomer of Fb / Number unique components: 2
分子量実験値: 270 KDa / 理論値: 270 KDa

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分子 #1: C3bB

分子名称: C3bB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: complement pro-convertase / コピー数: 1 / 集合状態: dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 25mM TrisHCl pH8.0, 50mM NaCl, 5 mM NiCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% uranyl formate
グリッド詳細: 400 mesh Copper/Palladium grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10.5 µm
詳細: images scanned with a MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner at 2400 dpi and averaged to a final 4.2 angstroms pixel at the specimen
ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 倍率(公称値): 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 35

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
精密化空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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