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- PDB-2i07: Human Complement Component C3b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i07
タイトルHuman Complement Component C3b
要素(Complement C3b) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / C3b consists of 12 domains
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain ...Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Christodoulidou, A. / McCarthy, A. / Lambris, J.D. / Gros, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of C3b reveals conformational changes that underlie complement activity.
著者: Janssen, B.J. / Christodoulidou, A. / McCarthy, A. / Lambris, J.D. / Gros, P.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE RESIDUE 991 HAS BEEN CONVERTED FROM A GLN TO A GLU IN THE CONVERSION OF C3 TO C3B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3b
B: Complement C3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,2914
ポリマ－175,4842
非ポリマー8082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11040 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area69150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.910, 128.537, 147.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細There is one biological unit in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Complement C3b


分子量: 71409.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Secretion: Serum / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3b


分子量: 104074.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Secretion: Serum / 参照: UniProt: P01024
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.12 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG-MME 2000, sodium acetate, Bis-Tris propane, taurine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→45 Å / Num. all: 20515 / Num. obs: 20474 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 100 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 4→4.22 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2911 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A73, 2A74, 1C3D

2a73

2a74

1c3d


解像度: 4→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 153.838 / SU ML: 0.935 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32293 1045 5.1 %RANDOM
Rwork0.27259 ---
all0.275 20412 --
obs0.27524 20474 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 174.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20 Å20 Å2
2--14.01 Å20 Å2
3----15.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12104 0 53 0 12157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02212411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.741.97216839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.37851525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.0624.91558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.389152201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0921565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.35466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.58401
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.371
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it01.57635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0212420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it034776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it04.54419
LS精密化 シェル解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 76 -
Rwork0.334 1392 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.02962.52472.337214.49515.023214.7951-0.4928-0.32440.4810.07750.4057-1.06820.55552.83010.087-0.70480.6271-0.2013-0.61960.0796-0.526728.5596-19.4144-24.0512
27.82142.37495.623111.26027.74921.04350.1911-0.2655-1.04280.70340.43840.02681.9751.6657-0.6295-0.98830.22810.0466-0.822-0.0605-0.806922.9441-32.7926-58.7246
314.60822.0387-8.70191.0154-1.578317.0259-0.13030.4195-0.330.41760.03490.0657-0.1856-1.25240.0954-0.8844-0.0187-0.1012-0.496-0.2882-0.8022-10.629-27.6419-68.758
417.7914-0.585513.87521.68770.436631.1845-0.7266-0.3220.7730.34780.0770.4434-0.7189-2.27340.6496-0.72250.13690.2179-0.9311-0.1908-0.6087-9.4915-14.6489-36.4683
59.9873-0.4029-2.64837.08881.949822.2171-0.1761-0.71260.74270.37330.46650.6854-0.8127-1.1871-0.2904-1.00160.366-0.1019-1.0431-0.0487-0.710110.157-7.4673-25.8258
66.83440.96273.73675.01723.492717.1134-0.74050.46290.8922-0.33350.2626-0.0728-1.35380.7690.4779-0.8117-0.29090.0459-0.7220.1273-0.689419.8457-13.3218-68.5331
78.9144-5.963-0.0617.3612-0.6417.3499-0.2341.01390.0354-1.47240.3536-0.5028-0.3476-0.0696-0.1196-0.5913-0.26550.06970.303-0.2565-1.001210.6608-27.567-96.2175
815.0044-1.2639-3.83947.2053-0.946917.97490.02911.2691-0.4271-0.41860.1834-0.42510.5340.0698-0.2125-0.7769-0.3863-0.04240.1289-0.4384-0.6762-8.8463-37.8723-95.4345
97.0845-2.8766-6.65861.47664.728820.2564-0.11190.4596-1.19630.83740.34480.36863.0744-4.1328-0.233-0.3429-0.0691-0.0779-1.51030.0032-0.211412.6468-23.0398-30.9601
108.2897-1.81871.429.51131.701110.5972-0.2845-0.1556-0.6722-0.3702-0.0087-0.83071.52221.15710.29310.4930.69190.1956-0.16960.5274-0.413737.5579-53.6079-9.5397
1118.5444-1.2726-0.45089.3819-0.238512.6810.0756-0.20630.16510.0167-0.272-0.01690.16140.67240.19640.58440.36560.14660.3337-0.1113-0.31423.2411-53.4229-122.3984
1235.3734-12.279728.745122.8888-32.7255119.2556-0.39274.26842.2203-1.8213-1.7607-1.8543-0.16113.77142.1534-0.059-0.42340.31020.05280.0864-0.588117.9393-18.4906-100.9597
139.8005-0.46576.99695.1672-2.427817.27640.14190.6735-0.04971.0483-0.35670.4258-0.27212.09490.21480.95750.36020.11120.2558-0.43540.207830.0197-55.9808-63.0359
1463.5587-31.190830.572323.9731-13.602714.9318-2.0486-4.79460.6353-1.3752.3236-2.0082.7528-0.9026-0.2750.41390.2310.56781.5048-1.1785-0.263614.0855-48.3717-102.8476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1031 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1AC646 - 648
3X-RAY DIFFRACTION2AA104 - 204104 - 204
4X-RAY DIFFRACTION3AA205 - 329205 - 329
5X-RAY DIFFRACTION4AA330 - 424330 - 424
6X-RAY DIFFRACTION5AA425 - 535425 - 535
7X-RAY DIFFRACTION6AA536 - 590536 - 590
8X-RAY DIFFRACTION6BB745 - 80419 - 78
9X-RAY DIFFRACTION7BB805 - 91279 - 186
10X-RAY DIFFRACTION8BB1335 - 1476609 - 750
11X-RAY DIFFRACTION9AA591 - 642591 - 642
12X-RAY DIFFRACTION10BB969 - 1266243 - 540
13X-RAY DIFFRACTION11BB1496 - 1641770 - 915
14X-RAY DIFFRACTION12BB730 - 7444 - 18
15X-RAY DIFFRACTION13BB913 - 968187 - 242
16X-RAY DIFFRACTION13BB1267 - 1334541 - 608
17X-RAY DIFFRACTION13BD1
18X-RAY DIFFRACTION14BB1477 - 1495751 - 769

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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