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万見
- EMDB-15774: p97 with I3 substrate in channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15774
タイトルp97 with I3 substrate in channel
マップデータp97 map plus I3 substrate in channel
試料
  • 複合体: p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only
    • 複合体: p97, SDS22, PP1 gamma and I3
      • タンパク質・ペプチド: p97
      • タンパク質・ペプチド: SDS22
      • タンパク質・ペプチド: PP1 gamma
      • タンパク質・ペプチド: I3
    • 複合体: p37
      • タンパク質・ペプチド: p37
キーワードAAA+ ATPase / p97 / VCP / Cdc48 / unfoldase / protein phosphatase-1 / protein maturation / CHAPERONE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Saibil HR / van den Boom J / Marini G / Meyer H
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust106249/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structural basis of ubiquitin-independent PP1 complex disassembly by p97.
著者: Johannes van den Boom / Guendalina Marini / Hemmo Meyer / Helen R Saibil /
要旨: The AAA+-ATPase p97 (also called VCP or Cdc48) unfolds proteins and disassembles protein complexes in numerous cellular processes, but how substrate complexes are loaded onto p97 and disassembled is ...The AAA+-ATPase p97 (also called VCP or Cdc48) unfolds proteins and disassembles protein complexes in numerous cellular processes, but how substrate complexes are loaded onto p97 and disassembled is unclear. Here, we present cryo-EM structures of p97 in the process of disassembling a protein phosphatase-1 (PP1) complex by extracting an inhibitory subunit from PP1. We show that PP1 and its partners SDS22 and inhibitor-3 (I3) are loaded tightly onto p97, surprisingly via a direct contact of SDS22 with the p97 N-domain. Loading is assisted by the p37 adapter that bridges two adjacent p97 N-domains underneath the substrate complex. A stretch of I3 is threaded into the central channel of the spiral-shaped p97 hexamer, while other elements of I3 are still attached to PP1. Thus, our data show how p97 arranges a protein complex between the p97 N-domain and central channel, suggesting a hold-and-extract mechanism for p97-mediated disassembly.
履歴
登録2022年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年7月26日-
現状2023年7月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈p97 map plus I3 substrate in channel
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.0055460026 - 0.028486283
平均 (標準偏差)0.0000948166 (±0.00134716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 unmasked

ファイルemd_15774_half_map_1.map
注釈Half map 2 unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 unmasked

ファイルemd_15774_half_map_2.map
注釈Half map 1 unmasked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only

全体名称: p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only
要素
  • 複合体: p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only
    • 複合体: p97, SDS22, PP1 gamma and I3
      • タンパク質・ペプチド: p97
      • タンパク質・ペプチド: SDS22
      • タンパク質・ペプチド: PP1 gamma
      • タンパク質・ペプチド: I3
    • 複合体: p37
      • タンパク質・ペプチド: p37

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超分子 #1: p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only

超分子名称: p97 - substrate complex, map of p97 with part of I3 in channel only
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: p97, SDS22, PP1 gamma and I3

超分子名称: p97, SDS22, PP1 gamma and I3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: p37

超分子名称: p37 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: p97

分子名称: p97 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: vesicle-fusing ATPase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVRN NLRVRLGDVI SIQPCPDVKY GKRIHVLPID DTVEGITGNL FEVYLKPYFL EAYRPIRKGD IFLVRGGMRA VEFKVVETDP ...文字列:
MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVRN NLRVRLGDVI SIQPCPDVKY GKRIHVLPID DTVEGITGNL FEVYLKPYFL EAYRPIRKGD IFLVRGGMRA VEFKVVETDP SPYCIVAPDT VIHCEGEPIK REDEEESLNE VGYDDIGGCR KQLAQIKEMV ELPLRHPALF KAIGVKPPRG ILLYGPPGTG KTLIARAVAN ETGAFFFLIN GPEIMSKLAG ESESNLRKAF EEAEKNAPAI IFIDELDAIA PKREKTHGEV ERRIVSQLLT LMDGLKQRAH VIVMAATNRP NSIDPALRRF GRFDREVDIG IPDATGRLEI LQIHTKNMKL ADDVDLEQVA NETHGHVGAD LAALCSEAAL QAIRKKMDLI DLEDETIDAE VMNSLAVTMD DFRWALSQSN PSALRETVVE VPQVTWEDIG GLEDVKRELQ ELVQYPVEHP DKFLKFGMTP SKGVLFYGPP GCGKTLLAKA IANECQANFI SIKGPELLTM WFGESEANVR EIFDKARQAA PCVLFFDELD SIAKARGGNI GDGGGAADRV INQILTEMDG MSTKKNVFII GATNRPDIID PAILRPGRLD QLIYIPLPDE KSRVAILKAN LRKSPVAKDV DLEFLAKMTN GFSGADLTEI CQRACKLAIR ESIESEIRRE RERQTNPSAM EVEEDDPVPE IRRDHFEEAM RFARRSVSDN DIRKYEMFAQ TLQQSRGFGS FRFPSGNQGG AGPSQGSGGG TGGSVYTEDN DDDLYG

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分子 #2: SDS22

分子名称: SDS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAERGAGQQ QSQEMMEVDR RVESEESGDE EGKKHSSGIV ADLSEQSLKD GEERGEEDPE EEHELPVDME TINLDRDAED VDLNHYRIGK IEGFEVLKKV KTLCLRQNLI KCIENLEELQ SLRELDLYDN QIKKIENLEA LTELEILDIS FNLLRNIEGV DKLTRLKKLF ...文字列:
MAAERGAGQQ QSQEMMEVDR RVESEESGDE EGKKHSSGIV ADLSEQSLKD GEERGEEDPE EEHELPVDME TINLDRDAED VDLNHYRIGK IEGFEVLKKV KTLCLRQNLI KCIENLEELQ SLRELDLYDN QIKKIENLEA LTELEILDIS FNLLRNIEGV DKLTRLKKLF LVNNKISKIE NLSNLHQLQM LELGSNRIRA IENIDTLTNL ESLFLGKNKI TKLQNLDALT NLTVLSMQSN RLTKIEGLQN LVNLRELYLS HNGIEVIEGL ENNNKLTMLD IASNRIKKIE NISHLTELQE FWMNDNLLES WSDLDELKGA RSLETVYLER NPLQKDPQYR RKVMLALPSV RQIDATFVRF

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分子 #3: PP1 gamma

分子名称: PP1 gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADLDKLNID SIIQRLLEVR GSKPGKNVQL QENEIRGLCL KSREIFLSQP ILLELEAPLK ICGDIHGQYY DLLRLFEYGG FPPESNYLFL GDYVDRGKQS LETICLLLAY KIKYPENFFL LRGNHECASI NRIYGFYDEC KRRYNIKLWK TFTDCFNCLP IAAIVDEKIF ...文字列:
MADLDKLNID SIIQRLLEVR GSKPGKNVQL QENEIRGLCL KSREIFLSQP ILLELEAPLK ICGDIHGQYY DLLRLFEYGG FPPESNYLFL GDYVDRGKQS LETICLLLAY KIKYPENFFL LRGNHECASI NRIYGFYDEC KRRYNIKLWK TFTDCFNCLP IAAIVDEKIF CCHGGLSPDL QSMEQIRRIM RPTDVPDQGL LCDLLWSDPD KDVLGWGEND RGVSFTFGAE VVAKFLHKHD LDLICRAHQV VEDGYEFFAK RQLVTLFSAP NYCGEFDNAG AMMSVDETLM CSFQILKPAE KKKPNATRPV TPPRGMITKQ AKK

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分子 #4: I3

分子名称: I3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMA EAGAGLSETV TETTVTVTTE PENRSLTIKL RKRKPEKKVE WTSDTVDNEH MGRRSSKCCC IYEKPRAFGE SSTESDEEEE EGCGHTHCVR GHRKGRRRAT LGPTPTTPPQ PPDPSQPPPG PMQH

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分子 #5: p37

分子名称: p37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMAEGG RAEPEEQERG SSRPRPPSAR DLQLALAELY EDEMKCKSSK PDRSTPATCR SPRTPPHRLY SGDHKYDGLH IVQPPTGKIV NELFKEAREH GAVPLNEATR SSREDKTKSF TGGGYRLGNS FYKRSEYIYG ENQLQDVQVL LKLWRNGFSL DDGELRPYSD ...文字列:
GPLGSMAEGG RAEPEEQERG SSRPRPPSAR DLQLALAELY EDEMKCKSSK PDRSTPATCR SPRTPPHRLY SGDHKYDGLH IVQPPTGKIV NELFKEAREH GAVPLNEATR SSREDKTKSF TGGGYRLGNS FYKRSEYIYG ENQLQDVQVL LKLWRNGFSL DDGELRPYSD PTNAQFLESV KRGETPLELQ RLVHGAQVNL DMEDHQDQEY IKPRLRFKAF SGEGQKLGSL TPEIVSTPSS PEEEDKSILN AAVLIDDSMP TTKIQIRLAD GSRLVQRFNS THRILDVRDF IVRSRPEFAT TDFILVTSFP SKELTDETVT LQEADILNTV ILQQLK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2% glycerol, 1 mM DTT, 0.0005% NP40 and 2 mM ADP-BeFx
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6000000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 866937
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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